Однако мир в Иудее царил недолго. Официально воцарение Аристобула не устраивало сторонников Гиркана, среди которых выделялся его личный друг Антипатр, идумей, принявший иудейскую религию. Со времени Александра Йанная наиболее упорными врагами Иудеи были набатеи, так что эта страна стала естественным прибежищем всех противников правившего в Иерусалиме царя (Шифман, 1976. 24). Поэтому Антипатр и обратился именно к набатейскому царю Арете III с просьбой помочь Гиркану, обещая за это вернуть ему города, которые в свое время захватил Александр. Арета согласился, и Гиркан с Антипатром бежали к нему, а набатейская армия вторглась в Иудею и осадила Иерусалим. Не имея достаточных сил для сопротивления набатеям и сторонникам Гиркана, Аристобул обратился за помощью к римлянам.
В это время Помпей, успешно добивавший войско армянского царя Тиграна уже в самой Армении, решил вмешаться в сирийские дела. Он направил туда своего квестора (или уже проквестора) М. Эмилия Скавра с частью армии. Аристобул подкупил Скавра, и тот потребовал, чтобы Арета прекратил осаду Иерусалима и вообще очистил Иудею. Набатейский царь был умелым и здравомыслящим политиком. Он понял, что сил противостоять римлянам у него нет, и отступил от Иерусалима. Аристобул, желая окончательно решить проблему, двинулся вдогонку и разбил набатеев. Теперь дело решал Помпей. К этому времени он со всей своей армией прибыл в Сирию и захватил Дамаск. И оба брата решили добиваться благосклонности римского полководца.
После некоторых колебаний Помпей принял сторону Гиркана, который явно казался ему гораздо менее опасным, чем младший брат (WeiII, 1967, 431). Аристобул попытался лично убедить Помпея изменить свою позицию, но добился только собственного ареста, после чего римская армия подошла к Иерусалиму. Сторонники Гиркана сумели добиться того, чтобы им открыли ворота, но их противники укрепились в храме и не собирались сдаваться. Осада храма продолжалась больше двух месяцев. В результате римляне ворвались в храм. Многие его защитники пали в бою, причем их убийцами были не только римляне, но и соотечественники — сторонники Гиркана. Помпей торжественно вошел в захваченный храм и вступил в Святую Святых, особое помещение в храме, где, по преданию, обитал сам Бог и куда входить мог только первосвященник, да и то лишь в день пасхи. Помпей передал власть Гиркану. Обычно считается, что при этом Гиркан был лишен царского титула и сохранил только сан первосвященника (Beer, 1916, 2443; Грант, 1998, 243). Однако Иосиф Флавий (Ant. Iud., XIV, 5, 4–5) связывает ликвидацию иудейской монархии с деятельностью римского наместника Сирии Габиния в более позднее время. Видимо, Помпей все же сохранил за Гирканом, как и за некоторыми другими подчиненными правителями, официальное положение царя. При этом Иерусалиму была навязана дань, а его стены были срыты. Многие завоевания Александра Йанная, в частности приморские города, у Иудеи были отняты и включены в недавно образованную римскую провинцию Сирию (Ios. Ant. Iud., XIV, 1, 2–4, 4; Bel. Iud., 1, 6–7; App. Syr. 50). Территориальные захваты Помпея привели к тому, что фактически Иудея оказалась разделенной на две части — собственно Иудею и Галилею, связь между которыми была возможна только по Иордану и той части Заиорданья, которую Помпей милостиво оставил своей марионетке (Stem, М., 1981, 177). Свои действия марионеточный правитель Иудеи должен был согласовывать с римским наместником провинции Сирии.
Следующей целью Помпея была Набатея. Но, получив известие о гибели Митридата, на войну с которым он, собственно, и был послан, Помпей покинул Палестину и направился на север, оставив своим наместником того же Скавра, которому и поручил продолжение военных действий. Тот, развивая успех своего командующего, предпринял поход против набатеев, но победы не одержал, ибо местные природные условия оказались совершенно непреодолимыми для римских солдат и только своевременная продовольственная помощь Гиркана и Антипатра спасла их от голода. Тем не менее, Арета предпочел не рисковать и ценой уплаты 300 талантов добился отступления римской армии и сохранения независимости Набатеи (Ios. Ant. Iud., XIV, 5, 1; Bel. Iud., 1, 8, 1; Plut. Pomp., 41–42). Сам Скавр, однако, счел свой поход удачным и позже, будучи уже эдилом в Риме, выпустил монеты с изображением Ареты, умоляющего о милости (Dussaud, 1955, 149; Шифман, 1976, 25).