В провинции Габиний столкнулся со сложной ситуацией. Хотя Сирия была подчинена Риму сравнительно недавно, римские откупщики уже вовсю хозяйничали в ней. И Габинию пришлось принять ряд мер против их произвола (Cic. de prov. cons. 4, 9—12), дабы сохранить за своим патроном симпатии провинциалов. Правда, Цицерон (pro Sest., 43, 93) обвиняет Габиния в грабеже Сирии в собственных целях, но какова в этих обвинениях доля правды (хотя она, бесспорно, была), сказать трудно.
Габинию пришлось вмешаться и в дела Иудеи. Помпей, возвращаясь в Рим, увел с собой Аристобула и его детей: двух дочерей и двух сыновей — Александра и Антигона. Однако Александр сумел бежать и, вернувшись в Иудею, довольно скоро собрал вокруг себя большое число приверженцев. Он открыто выступил против Гиркана и стоявших за его спиной римлян. Такой поворот дел, разумеется, римлян не устраивал. Габиний с большой армией двинулся в Иудею, где к нему присоединились и войска Гиркана, часть которых находилась под командованием Антипатра. Потерпев поражение, Александр был вынужден пойти на переговоры, да и Габиний, по-видимому, не желал продолжения военных действий, угрожавших стабильности во вверенной ему провинции. В результате Александр отказался от претензий на власть во всей стране, но получил в свое управление часть ее.
Однако Габиний не ограничился этими действиями. Он произвел коренное изменение всего политического устройства Иудеи. Была ликвидирована царская власть, и за Гирканом была оставлена только должность первосвященника. Страна была разделена на пять округов, каждым из которых управлял особый совет — синедрион (Ios. Ant. Iud., XIV, 5, 2–4; Bel., Iud. 1, 8, 2–5). Таким образом, хотя Иудея и не была включена в состав Римской республики, как Сирия, на деле ее независимость, и прежде не очень-то значительная, стала совершенно призрачной. Это, естественно, вызвало в стране большое недовольство, которое использовал Аристобул, вместе с Антигоном бежавший из Рима. Однако Габиний сумел подавить и это восстание, Аристобул был возвращен в Рим и брошен в тюрьму. После этого Габиний предпринял поход в Египет для восстановления на троне дружески настроенного к Помпею Птолемея XII, причем активную помощь в этом ему оказал Антипатр. Антипатр также активно участвовал в подавлении нового восстания Александра, после чего фактически стал управлять Иудеей, хотя официальным ее главой оставался Гиркан (Ios. Ant. Iud., XIV, 6, 1–4; Bel. Iud., 1, 8, 6–7).
Укрепив римскую власть в Иудее, Габиний затем предпринял новый поход против набатеев. Видимо, обе стороны считали результат похода Скавра своей победой. А новый царь Малику, сменивший около 60 или 56 г. до н. э. Арету III, решил, вероятно, полностью освободиться от подчинения Риму (Шифман, 1976, 25; Negev, 1977, 542). Габиний одержал победу (Ios. Ant. lud., XIV, 6, 4), и Набатея, признала суверенитет Рима, как это видно на примере ситуации несколько более позднего времени, когда Малику пришлось, по требованию Цезаря, оказать ему помощь конницей, метательными машинами, хлебом и транспортом (Bel. Alex., 1). Поскольку ни о каком другом походе против набатеев, кроме экспедиции Габиния, неизвестно, то с большой долей вероятности можно говорить, что окончательное подчинение Набатеи было его заслугой.