В XVI–XVIII вв. в Европе складываются новые организационные и материальные возможности для развития естественных наук. Увеличивается число научных учреждений и обществ. В конце XVI начале XVII в. в Италии возникает несколько ученых ассоциаций, именовавшихся академиями, например знаменитая флорентийская Академия дель Чименто. Вскоре и в других странах Европы наряду с ростом числа университетов, которые в рассматриваемую эпоху, как правило, занимали весьма консервативные позиции, организуются научные учреждения нового типа — Академии наук. Так, в 1660 г. организуется и в 1662 г. официально открывается в Лондоне Королевское общество Английская Академия наук, в 1666 г. — Парижская, в 1700 г. — Берлинская, в 1724 г. Петербургская, в 1739 г. — Стокгольмская, в 1739 г. Мюнхенская Академия наук и т. д.
Во Франции XVII–XVIII вв. в «академии» превращается ряд научных обществ и кружков, существовавших в провинции. В конце XVI в. в Дании открывается знаменитая обсерватория Тихо Браге. Постепенно возникают обсерватории почти во всех странах Европы Парижская (1667), Гринвичская (1675), Московская (1701), Петербургская (1726), Пражская (1751), Вильнюсская (1753), Краковская (1791) и др.
В XVI–XVII вв. открываются многочисленные ботанические сады, перед которыми ставятся как чисто научные задачи, так и задачи, вытекающие из потребностей сельского хозяйства, медицины, промышленности. В 1627 г. закладывается знаменитый Ботанический сад в Париже, позже при нем были созданы зоологический сад и естественно-исторические музеи. В 1713 г. в Петербурге учреждается Ботанический сад, а в 1824 г. Ботанический музей Академии наук. В 1759 г. открылся ботанический сад в Кью (Англия). Развертывает свои работы ботанический сад в Упсале (Швеция), где трудится Линней. Для изучения и «освоения» индийской флоры в 1786 г. открывается Ботанический сад в Калькутте. Организуются крупные музеи. Одним из первых в Европе естественнонаучных музеев стала «Кунсткамера», учрежденная в 1714 г… Петром I. С 1753 г. в Лондоне начинает работать знаменитый Британский музей и т. д.
Начинают выходить труды многочисленных академии. Издается все возрастающее количество естественнонаучных сочинений на самые различные темы. Академии разных стран объявляют конкурсы на премии, что также способствует разработке определенных научных вопросов.
Создается или расширяется ряд крупных государственных библиотек. Существовавшая еще в XIV в. французская королевская библиотека переводится в. 1595 г. в Париж, где на ее основе возникает знаменитая «Национальная библиотека». В 1661 г. организуется Государственная библиотека в Берлине, в 1753 г. — библиотека Британского музея, в 1714 г. — библиотека, в Петербурге, ставшая основой академической библиотеки, а в 1795 г. — Петербургская публичная библиотека и т. д.
Развитию биологических наук в то время способствовали, во-первых, использование изобретенных в ту эпоху приборов (микроскоп, термометр, барометр и т. д.), во-вторых, многочисленные путешествия. За великими географическими открытиями XV — начала XVI в., связанными с именами Колумба, Васко да Гама, Магеллана и других, последовало множество путешествий. Голландские моряки в начале XVII в. открывают Австралию. В XVIII в. важнейшие географические открытия связаны с экспедициями Бугенвиля, Лаперуза, Ванкувера, Кука и др. Огромное значение приобретают предпринятые в России «Великая северная экспедиция» (1733–1743) и так называемые «академические экспедиции» (1768–1777). Участники русских экспедиций И.Г. Гмелин, С.П. Крашенинников, С.Г. Гмелин, Г.В. Степлер, В.Ф. Зуев, И.И. Лепехин, Н.Я. Озерецковский и другие сильно увеличили объем не только географических, но и биологических знаний.
Одновременно с бурным накоплением нового фактического материала идет разработка новых принципов познания. Их провозвестниками явились такие мыслители эпохи Возрождения, как Леонардо да Винчи, Джордано Бруно, Телезио и др. Одним из основоположников нового экспериментального естествознания стал Леонардо да Винчи. Он утверждал, что знания, не рожденные опытом, бесплодны и лишены всякой достоверности. Природа не нарушает своих закономерностей, их можно познать и положить в основу научного предвидения. Законы природы могут быть математически сформулированы, ибо «основой основ» являются математика и механика. Леонардо да Винчи плодотворно работал в разных областях естествознания, в том числе в области анатомии и ботаники, о чем подробнее будет рассказано в главе 7.
Джордано Бруно, сожженный в 1700 г. по приказу инквизиции, выступал как поборник учения Коперника, защищая представления о материальном единстве вселенной, вечности и бесконечности мироздания. Итальянский естествоиспытатель и философ материалист Б. Телезио, руководитель известного в ту эпоху неаполитанского научного общества Academia Telesiana, ратовал за опытное изучение природы и ее закономерностей, вел борьбу со схоластикой.