Если крут научных интересов В. М. Беляева был весьма разнообразен, и обращение его к древнерусской церковной тематике являлось лишь эпизодом в его обширной деятельности, то жизнь М. В. Бражникова была целиком и полностью посвящена служению русской музыкальной медиевистике. Его научное наследие огромно, и многое до сих пор только еще ожидает своей публикации. Сам М. В. Бражников, оценивая свое место в науке и значение изучаемого им предмета, писал в 1949 г. : «Именно теперь, с многолетним опытом за плечами, я все больше и больше убеждаюсь в том, что настоящая правда в моем предмете еще не сказана и что о нем попросту не знают того, что о нем следует знать, и что он заслуживает еще более высокой оценки, чем те, которые давали ему самые преданные и знающие исследователи дореволюционного времени. Именно поэтому я считаю своим долгом не дать оборваться традиции, сделать как можно больше и поспеть написать или передать кому-нибудь все то, что я узнал, что я накопил, и отдать своему делу всю жизнь до конца».
Из основных работ М. В. Бражникова следует назвать «Древнерусскую теорию музыки» (1972) и «Лица и фиты знаменного распева», написанную в 1949 г., но изданную только в 1984 г. В обеих книгах собран огромнейший материал, добытый упорной многолетней работой с церковнопевческими рукописями. В «Древнерусской теории музыки» подробнейшим образом анализируется содержание азбук, кокизников и фитников XV-XVIII вв., причем рассматриваются памятники не только знаменные, но и путевые и демественные. Через всю книгу красной нитью проходит мысль о том, что постижение древнерусского богослужебного пения может быть осуществлено только через изучение крюковой нотации и что западная нотолинейная нотация дает заведомо неверное и искаженное представление о данном предмете. В частности, М. В. Бражников пишет, что введение западной нотации послужило одной из причин забвения знаменного распева. «Переход на западноевропейскую систему не мог не сказаться отрицательно на творчестве тех, кто хотел в рамках новой системы продолжать развивать знаменный распев. «Неопределенные» длительности знаменного распева и его мелодическая и ритмическая импровизационность — две его важнейшие особенности — по существу были парализованы. Пресеклась самая возможность дальнейшего творчества распевщикоов, если только они хотели по-прежнему опираться в нем на древние традиции».Эта мысль М. В. Бражникова является примером углубления и развития идей С. В. Смоленского и В. М. Металлова, причем инерция западного мышления отбрасывается еще более решительно, а осознание сокровенной сущности древнерусской теории становится еще более ясным.
«Лица и фиты знаменного распева»— логическое продолжение книги В. М. Металлова «Осмогласие знаменного распева». Работа М. В. Бражникова содержит крюковое начертание, ното-линейную расшифровку и словесное разъяснение более чем 4000 лиц и фит» извлеченных из рукописных кокизников и фитникоЕ» XV - XIX вв. и вместе с трудом В. М. Металлова представляет собой наиболее полный свод мелодических элементов знаменного распева. Забегая вперед, можно сказать, что следующий шаг в направлении углубления понимания интонационной природы знаменного распева уже сделан, но, к сожалению, еще не увидел света. Имеется в виду кокизник и фит-ник Божидара Карастоянова, который, вероятно, будет опубликован в Болгарии в ближайшие годы и в котором попевки, лица и фиты рассматриваются не как стабильные, единые структуры, но как структуры сложные и мобильные. Другими словами, Б. Карастяянов совершил переход от статичного рассмотрения попевки к рассмотрению динамическому.
Возвращаясь к наследию М. В. Бражникова, невозможно обойти молчанием его расшифровки певческих памятников XVI -XVII вв. Так, им открыты, опубликованы, расшифрованы и снабжены научным аппаратом евангельские стихиры Христианинова перевода вышедшие в «Памятниках русского музыкального искусства». В тех же «Памятниках» в 1983 г. был опубликован «Ключ знаменный» инока Христофора, работа над изданием которого была завершена Г. А. Никишовым, учеником М. В. Бражникова. В 1967 и 1974 гг. были осуществлены выпуски, содержащие праздничные стихиры большого знаменного распева. Большое количество бражниковских расшифровок содержится в «Образцах древнерусского певческого искусства» Н. Д. Успенского. Все перечисленные публикации долгое время оставались чуть ли не единственным источником, из которого рядовой музыкант, не посвященный в тайны медиевистики, мог получить хоть какое-то представление о конкретном мелодическом содержании древнерусского певческого наследия.