В начале своей деятельности Парламент выступил единым целым за удовлетворение своих жалоб и действовал в национальных интересах, с которыми оказались несовместимы королевские требования и амбиции. Парламент выдвинул обвинения против ненавистных министров Карла. Томас, граф Страффорд, всевластный наместник Ирландии, был лишен прав и казнен (1641 г.) за то, что собирался привести в Англию ирландскую королевскую армию. Лод был заключен в тюрьму (казнен в 1645 г.). Еще большую важность противники короля придавали ограничениям королевской власти. Один из них, лорд Сей, впоследствии писал, что было необходимо оказать Карлу сопротивление, поскольку он решил «уничтожить английский Парламент». Они желали восстановить принципы управления Елизаветы, как они их сами понимали: систему протестантской политики в стране и за рубежом и ведущую роль Парламента и аристократии, действующей через Тайный Совет. Трехгодичный акт провозглашал, что Парламент должен собираться по крайней мере раз в три года. Другими актами запрещалось распускать Долгий Парламент без его на то согласия, отменялись Звездная палата, Высокая комиссия и корабельная подать и ограничивалась финансовая власть короны.
Хотя эти изменения затронули весьма важные предметы, а упрямый Карл занял враждебную позицию после казни Страффорда, они были проведены, не вызывая того раскола, который возник в конце 1641 г. по религиозным вопросам. Сохранение епископальной системы, традиционного порядка и дисциплины в церкви вызвало разногласия, а необходимость набрать войска, чтобы подавить крупное католическое восстание, вспыхнувшее в Ирландии в 1641 г., привело к спорам о том, кто и как будет контролировать эту армию. В условиях набирающего силу кризиса Карл прибег к насилию и 4 января 1642 г. вторгся в Парламент, чтобы захватить своих самых ярых противников, включая Джона Пима, но они уже успели бежать в лондонский Сити, оплот сил, враждебных королю. Так как обе стороны готовились к войне, Карл уехал из Лондона, чтобы набрать армию, и тем самым совершил роковой шаг: как показывает история гражданских противостояний вплоть до якобитского восстания 1745 г., выигрывает в них тот, кто владеет ресурсами столицы и контролирует ее учреждения.
В 1642 г. многие стремились сохранить мир, в отдельных областях заключались пакты о нейтралитете, но решительное меньшинство с обеих сторон сумело расколоть общество. Надежды на возможность примирения и взаимных уступок оказались несбыточными ввиду недоверия к политике Карла I и его очевидных намерений. Хотя в общем опасно прибегать к грубому социально-экономическому или географическому детерминизму для объяснения произошедшего раскола, и хотя очевидно, что обе стороны имели своих сторонников в каждом регионе и в каждой социальной группе, нельзя отрицать и того, что Парламент пользовался наибольшей поддержкой в самых экономически развитых областях страны: в южных и восточных районах Англии, во многих крупных городах, особенно в Лондоне и Бристоле, а также в промышленных регионах; а Карла поддерживали в основном более отсталые области: северная и западная Англия и Уэльс. Таким образом, религиозные и политические различия были связаны с социально-экономическим положением, хотя и не зависели от него. Например, рабочие дербиширских свинцовых рудников разделились на противников и сторонников Парламента. Приверженцы Карла боялись религиозных, социальных и политических перемен и руководствовались понятиями чести и верности престолу. Многим людям, занимавшим умеренные позиции, показалась опасной растущая власть Парламента и требование реформировать Церкви, выдвинутое Парламентов в Девятнадцати тезисах в июне 1642 г.
Вооруженное противостояние началось в Манчестере в июле 1642 г., а в августе Карл, никогда не участвовавший в войне, поднял свое знамя в Ноттингеме. Он пошел на Лондон, выиграл сражение при Эджхилле (23 октября), но не сумел воспользоваться плодами победы и в ноябре 1642 г. был остановлен у Тернем-Грин к западу от столицы. В качестве военачальника Карл не отличался решительностью и не сумел обратить себе на пользу неудачно складывающиеся обстоятельства. Он отступил и обустроил свою штаб-квартиру в Оксфорде. Таким образом, Карл упустил наилучшую возможность победить в войне. В 1643 г. роялисты добились значительных успехов, захватив, в частности, западные графства и взяв Бристоль, но перемирие, заключенное Карлом с ирландскими мятежниками, позволившее ему использовать войска, до тех пор находившиеся в Ирландии, было нейтрализовано Торжественной Лигой и Ковенантом между шотландцами и сторонниками английского Парламента. Роялистская армия превратилась в серьезную силу с умелыми офицерами и хорошей пехотой, и в 1644 г. у Карла еще был шанс заключить мир на приемлемых для себя условиях. Однако в январе 1644 г. в Англию вступили шотландские войска, которые, соединившись с армией Парламента под руководством сэра Томаса Ферфакса и Оливера Кромвеля, 2 июля 1644 г. при Марстон-Муре близ Йорка разгромили роялистов во главе с принцем Рупертом и герцогом Ньюкаслом. Карл потерял северную Англию.
В следующем году парламентские войска были реорганизованы вследствие создания армии нового образца — национальной армии под единым руководством Ферфак-са. Кромвель был назначен начальником кавалерии. Эта армия была более профессиональной и лучше обеспеченной, чем ранее. Ее успехи отчасти объясняются замечательной регулярностью, с которой более двух лет выплачивалось жалование. В 1645 г. парламентское войско нанесло несколько поражений роялистам — особенно чувствительное при Нейсби (14 июня). Войско Карла I начитывало всего 7600 человек по сравнению с 14-тысячной армией Ферфакса. Принц Руперт обратил в бегство кавалерию на левом фланге, но затем напал на обоз, а Кромвель на правом фланге парламентских войск разгромил кавалерию роялистов и обрушился на роялистскую пехоту в центре, которая не смогла противостоять яростной атаке. Таким образом, победу Парламенту принесла дисциплинированность кавалерии. К концу года в руках роялистов остались лишь отдельные пункты, а в мае 1646 г. Карл I сдался шотландцам. Победу Парламенту в Англии обеспечил ряд факторов, включая поддержку со стороны самых процветающих областей, помощь шотландцев, Лондона, главных портов и военного флота, и религиозный пыл части его приверженцев. Кромвель считал себя орудием Божьим, которому уготовано судьбой низвергнуть религиозную и политическую тиранию. С другой стороны, делу Парламента также нанесли определенный урон бесцветные и безуспешные полководцы, такие как граф Эссекс и граф Манчестер, а также сэр Уильям Уоллер, командовавшие войсками в 1642-1643 гг. Парламентарии вызвали враждебность населения, введя высокие налоги, а парламентская кавалерия поначалу уступала роялистской. Как и в случае с кризисом королевской власти в 1639-1640 гг., окончательное падение Карла I во многом было предопределено вмешательством шотландцев, так что вовсе неудивительно ни то, что они играли столь важную роль в политике конца 1640-х гг., ни то, что положение в Англии по-настоящему стабилизировалось лишь в начале 1650-х гг., когда власть Английской республики была насильственным путем распространена на территорию Шотландии. Династическая уния предопределила неразрывную связь исторических судеб обеих стран. Завоевание Шотландии и Ирландии Кромвелем явилось следствием унии и послужило прообразом Реставрации монархии Стюартов на всей территории Британских островов (правда, при совершенно иных обстоятельствах), так как исключило возможность успешных попыток Шотландии и Ирландии избрать собственную политическую линию, отличную от планов Англии.