Второе письмо де Мелу отправил уже в Португалию — королю Афонсу VI: «Сир, отдать Бомбей — очень плохая идея. Не отдавайте его, это лучшая гавань в Индии. Дайте англичанам в компенсацию, 100, или 300, или даже 500 тысяч крузейро, а Бомбей оставьте под своей рукой». Далее де Мелу резонно указывал: король поставил телегу впереди лошади. Карл II после передачи Бомбея обещал поспособствовать мирным переговорам между Португалией и Голландией. Но почему бы не передать Бомбей после переговоров, не авансом, а по получении реальной помощи? Ну и потом — это сейчас между Португалией и Англией мир; кто знает, что будет дальше.
Чтобы это письмо не перехватили, дон Антониу послал его с иезуитским священником Мигелем Гаутиньо, который совершил целую одиссею — отплыл из Гоа до Маската, далее проследовал через Ормуз в Басру, откуда караванными путями добрался до Средиземноморья и переправился в Португалию.
Вдогонку полетело и второе послание, где среди всего прочего говорилось, что де Мелу поссорил страну с единственным португальским союзником в Европе. Король посоветовал дону Антониу начать выполнять приказы из столицы.
Что касается англичан, высаженных на острове — в 1664 году умер Шипман, его преемником был назначен Хэмфри Кук, а потом английский контингент из купцов и солдат был атакован португальцами, голландцами и наемниками из китайцев и японцев. Англичане попали в безвыходное положение. Ночью, с большим риском для себя, они смогли пробиться на свои корабли, но при этом потеряли 300 из 680 человек. Куку ничего не оставалось, как плыть обратно в Англию, однако тут его настигли португальские корабли де Мелу, которые… предложили последовать в Бомбей. Дон Антониу попросил незамедлительно привезти в Гоа Эбрахама Шипмана, чтобы передать ему все бумаги и дела по Бомбею. Узнав, что Шипман умер, де Мелу опять затормозил передачу.
Англичане болтались на рейде Бомбея, в самом порту стояли португальские корабли, на внешнем рейде их подпирали голландцы ван Гунса. Дон Антониу пишет королю снова: Шипман мертв, бумаги были оформлены на него, кому сейчас передавать Бомбей? Неясно.
Но тут прибыл поверенный короля Афонсу, который решил все на месте — 5 ноября 1664 года португальская фактория в Бомбее вместе с инфраструктурой и запасами была передана исполняющему обязанности генерал-губернатора с английской стороны Хэмфри Куку. При этом де Мело отказался подписать акт о передаче, что обещало новые козни со стороны местной португальской администрации.
Таким образом, пока в Европе правительства заверяли друг друга в дружбе и сотрудничестве, в Ост-Индии полыхала война всех против всех.
Примерно в это же время голландцы, которые воевали с Португалией, осадили на Малабарском берегу португальский город Кочин (ныне Коччи). 26 июля 1662 года у португальской колонии появился голландский флот из трех кораблей под командованием Лисбранда Годске, который начал блокаду порта. Наученный прошлым опытом, Годске разослал по всем колониям Малабарского берега большой заказ на производство пороха (голландская ОИК имела пороховые заводы на индийском побережье) и начал вербовать индусов и европейцев. К августу он обладал отрядом в 800 европейских солдат и 134 индуса. Португальцы имели в крепости 300 солдат, плюс еще 100 человек было переброшено в качестве подкрепления.
В середине сентября показался флот ван Гунса. 17 октября голландцы стянули к Кочину все возможные силы (14 кораблей, 4500 человек), и был проведен военный совет. Гунс советовал просто атаковать город через гавань, не мудрствуя лукаво. Хустарт, генерал-губернатор Батавии, придерживался иного мнения — он предложил высадить десант к югу от города, и штурмовать его с суши. Последний план и был принят.
28 октября 1600 человек высадились в двух милях к югу от Кочина, однако там они были атакованы 600 португальскими солдатами и 2000 кочинскими союзниками португальцев, наярами. Со слов очевидца:
«Когда, наконец, мы высадились на пляже, с большим трудом из-за ужасного прибоя, нас встретили полным залпом португальские мушкетеры, сидевшие в заранее вырытых окопах. Наши туземцы кинулись на них, не считаясь с потерями, и завязали жестокий бой с наярами, которые вскоре бежали. Нам удалось убить всего двоих или троих белых, остальные потери понесли индусы. Португальцы и их союзники поспешно бежали, а наши парни бросились за ними в погоню».