Португальцы сосредоточили в своих руках высшие административные функции. Но на захваченных ими территориях острова они сохранили административную структуру, существовавшую там прежде. Глава провинции (дисава) владел землями данной провинции, отвечал за поступление налогов в королевскую казну, а в случае войны возглавлял войска местных солдат (ласкаринов), он также осуществлял судебную власть в пределах провинции. Аналогичные функции, но в рамках отдельной области, выполнял корале видана, находившийся на более низкой ступени административной лестницы. У него в подчинении имелся мелкий чиновник (атукорале), секретарские обязанности исполнял мохоттала, а бухгалтерией ведал канакапулле.
На феодальном Цейлоне существовала система владения землей на правах несения военной службы и выполнения ряда феодальных повинностей. Высшим военным начальником в масштабе провинции был ее глава, под его командованием находились офицеры крупных военных соединений (мудалиары). Мудалиарам подчинялись командиры отрядов местных солдат (аратчи). Местные солдаты должны были по призыву начальников являться с оружием и продовольствием на 15 дней, а затем получать отдых на следующие 15 дней. Подобная система сложилась на раннем этапе развития феодализма, когда солдаты воевали в непосредственной близости от родного дома. При португальцах эта система осталась без изменений.
До захвата прибрежных районов острова португальскими колонизаторами в казну правителя государства Котте стекались различные налоги. Наряду с поступлениями продуктовой ренты значительную долю доходов составляли монопольные права на сбор и торговлю корицей, плодами арековой пальмы, а также монополии на торговлю слонами и слоновой костью, на добычу и торговлю драгоценными камнями. Теперь контроль за сбором налогов и право на монополии перешли к высшему чиновнику португальской администрации — суперинтенданту по сбору налогов. Ему подчинялись местные крупные чиновники — дисавы и корале видана, ответственные за сбор налогов в провинциях и областях. В отличие от Индии, где главным источником поступлений являлась земельная рента, основной доход правителя государства Котте составляли поступления от торговых монополий, а продуктовая рента приносила значительно меньшую долю доходов.
Подчинив себе правителя государства Котте, португальцы захватили монополию на торговлю корицей. Почти вся цейлонская корица экспортировалась в Индию, а затем реэкспортировалась в Европу. В различных районах западного побережья острова были расположены деревни, в которых жили сборщики дикорастущей корицы, принадлежавшие к касте чалия. Во главе нескольких семей этой касты стоял староста (дурая). Каждая семья чалия владела землями под рисом и другими культурами, освобождавшимися от налогов. В обязанности каждого члена касты чалия входила лишь поставка в казну правителя государства Котте определенного количества корицы. С переходом монополии на торговлю корицей в руки португальской администрации значительно усилилась эксплуатация представителей касты чалия. Португальцы стремились увеличить вывоз корицы и требовали от членов этой касты дополнительные поставки. Крупные чиновники португальской администрации и верхушка католического духовенства нарушали государственную монополию и заставляли сборщиков корицы добывать ее для собственных нужд.
Значительная часть коричных деревьев произрастала в Кандийском государстве. Его правитель владел также и другими богатствами, приковывавшими жадные взоры португальских конкистадоров. Португальцы начали создавать на границах этого государства сеть военных фортов. Они стали собирать военные силы против правителя Кандийского государства. Однако Вимала Дхарма Сурия I нанес тяжелое поражение войскам португальцев в битве при Дантуре в 1594 г. Победа кандийской армии послужила сигналом к крупному восстанию против португальских колонизаторов в области Ситавака. Повстанцы, возглавляемые Идириллералле, разбили войска европейцев и сумели захватить два форта. Португальцам удалось удержать только территорию вокруг Коломбо и Галле. Лишь в 1596 г., когда они смогли перебросить из Гоа крупные военные силы, восстание было подавлено. После подавления восстания войска португальских колонизаторов вновь выступили против Кандийского государства.