Едва только утихли за границей волнения, на который до сих пор была обращена заботливость короля Пржемысла, произошел в Чехии разрыв между светской и церковной властями из тех же причин как прежде, во время епископа Генриха Бретислава. Епископ Даниил, возвышенный князем Владиславом III, не имел, как кажется, таких заслуг, за которые он достиг такой должности, но был совершенно предан княжеской службе. Тотчас по вступлении его в епископы, на него представлены были жалобы к папскому двору, которые свидетельствовали во первых то, что прежней своей жизнью был недостоин такого повышения, а потом, что не радел о защите церковных прав из-за непохвальной услужливости к светской власти. Даниил, после многих отговорок, должен был лично защищать себя при папском дворе в Риме; но снисходительность папы Иннокентия III к королю Пржемыслу, за его поступок в споре за императорский трон, была причиной, что ему было облегчено покаяние, так что он снова был утвержден в сане епископа (1202). Правление его в дальнейшее время нисколько не отличалось от предыдущего. Имение епископское было сильно растрачено от долгов, часть его отдана была вельможам, служившим при королевском дворе; земское чиновничество без препятствия дозволяло себе притеснения в отношения подданных духовенства, не обращая внимания на предоставленные им льготы; простирало это на лица духовные в судебных ссорах, которые сыздавна были предоставлены суду епископа; так что сам король и вельможи не обращали внимания на права епископа при раздаче бенефиций, назначая и сменяя духовных без всякого отношения к утверждению самого епископа.
По смерти же Даниила (1214), управлявшего 16 лет своей епархией, назначен был епископом Андрей, пражский пробст, человек строгих правил и безукоризненной жизни, который без всяких рассуждений взялся сохранять права церкви, по обычаю, ценимому в стране. Хотя он не склонялся к ложной привилегии императора Фридриха I, определявшей полную независимость пражского епископства от князей чешских, однако ж, без сомнения принял также инвеституру от короля, которая уже юридически была перенесена на него от немецкого императора, и обратился скоро к королю с жалобой на худые обычаи, до сих пор бывшие, и когда просьба его не была исполнена, отправился в Рим (1216) и там, с согласия папы Гонория III, наследника Иннокентия, издал интердикт на Чехию или запрещение всех церковных служб, равно как и церковное проклятие на некоторых главных чиновников, которым он приписывал наибольшую вину во всех этих делах. Король, вследствие противодействия епископа, еще больше разгневался и лишил епископа его имений и доходов, при чем были уничтожены грамоты на освобождение пражской церкви, изданные предшествовавшими правителями. Если короли так поступали и каноники пражские и большая часть духовенства противились распоряжениям епископа и совершали божественные службы помимо его повеления. Но когда папа Гонорий, с полным значением апостольской власти, вышел на защиту действий епископа, так как это было дело церкви, и преследовал церковными наказаниями непослушное духовенство, то Пржемысл предложил мирное условие, которое после четырехлетнего колебания привело, наконец, к мирному съезду на границе Баварии против Австрии, на горе, называемой Шах, куда явились папский легат, кардинал Григорий Кресценцио, король Пржемысл, Леопольд VI, герцог австрийский, епископ Андрей и много других духовных и светских чинов (1221). Договором, здесь заключенным, признана была власть епископа назначать священников, хотя без нарушения права патроната отдельных лиц; король обещал епископу десятину с целой земли; подданные епископа освобождены были от всех земских работ, а епископу предоставлен суд над ними, равно как и над духовенством во всей стране.
Подобные льготы, но в меньшей мере предоставлены были и остальному духовенству — в отношении податных людей — большой привилегией, изданной королем Пржемыслом в 1222 году.
Однако ж все эти раздоры не окончились этим договором. От нового недоразумения епископ Андрей оставил Чехию, опасаясь за свою личность, и умер в Риме в 1224 году. Папа Гонорий заботился теперь о том, что бы в Чехии не был выбран такой епископ, который бы не заботился о сохранении того, что было достигнуто церковью в этой распре и содействовал тому, чтобы впоследствии пражские епископы были избираемы не на земских сеймах, но от капитулы своей церкви, как это было вообще в Германии, после окончания первых великих раздоров между папой и императором, начатых при папе Григории VII и Генрихе VI; равным образом приготовил то, что инвеститура назначаемая епископам прежде от немецких императоров, теперь давалась уже чешскими королями.