Великі міста спочатку отримали самоврядування, скіфські вожді — свої родові землі та союзні угоди. Скіфи надалі допомагали Євпатору в усіх його війнах із Римом. А от греки невдовзі відчули тягар великої данини. Боспор відокремився від Понтійської держави після поразки Євпатора у першій війні з Римом. Басилевс знову підкорює Боспор, спирається на війська скіфів, таврів, дандаріїв, якийсь час оселяється у палаці в Пантікапеї. Він тут і помер 63 р. до н. е., після поразок від Риму, втрати значних територій, зрад і втрат від синів та дочок, повстань міст Боспору. Рим святкував цю подію 10 днів.
Його син Фарнак, отримавши з рук Помпея владу, намагався стабілізувати положення Боспорської держави після війн свого батька з Римом. Не дивлячись на зовнішні прояви дружнього ставлення до Риму, цей басилевс планував об’єднати під своєю владою всі колишні володіння батька. Скориставшись громадянською війною між Цезарем і Помпеєм, він зробив спробу силою повернути понтійський престол. Вирушивши в Малу Азію для боротьби з римлянами, Фарнак залишив на Боспорі замість себе Асандра, давши йому титул архонта. Кампанія була успішною, і до кінця 48 р. Фарнак захопив більшу частину Малої Азії. Та після того був бій під Зеле, де легіони Цезаря рішуче перемогли, а сам басилевс із однією тисячею вершників утік до Сінопи, звідки кораблями вирушив на Боспор. Там, зібравши скіфів і сарматів, він захопив Феодосію і Пантікапей, та того ж 47 р. його розбив Асандр.
Асандр, не діждавшись від Цезаря визнання своїх прав на боспорський престол, одружився з Динамією, дочкою Фарнака і внучкою Мітрідата VІ Євпатора, і так узаконив своє владарювання. Шлюб дозволив йому перетворитися з узурпатора на продовжувача традицій ахеменідсько-понтійської династії та керувати державою з 50 до 21 р. до н. е. Він укріплював свою державу і намагався підкорити Херсонес, про що залишилася оповідь про херсонеську героїню Гікію.
Басилевс Аспург був відомий воєнною боротьбою з таврами і скіфами, які й опинилися під його владою між 14 і 23 рр. Тоді межі Боспорської держави було розширено у західному напрямку. Мітрідат VІІІ (39–45 рр. н. е.), навпаки, спирався у своєму правлінні на сусідні «варварські» племена. Про це свідчить його титул у державних написах не «друг цезаря і римлян», а як «друг вітчизни і союзників». Він намагався звільнитися від протекторату імперії. Та його брат Котіс видав Клавдію ці плани, звинуватив його в підготовці війни з Римом. Брат отримав у винагороду титул боспорського басилевса, а додому повернувся з римськими військами. У розпочатій Римсько-боспорській війні він переміг, на боці Риму.
Надалі представники боспорської династії утвердили родове ім’я Тиберій Юлій, чекали підтвердження своїх прав на престол від кожного з імператорів, що часто змінювали один одного. Рим був необхідний правителям для захисту від сусідніх племен. Савромату ІІ вдалося виграти велику Боспорську війну проти них, що тривала до 193 р. Він завоював сіраків і скіфів, приєднав Таврику і звільнив морські шляхи. З 240 р. на монеті поряд із портретом басилевса карбували портрет імператора. У містах ставили статуї імператорів і хвалебні написи. Боспор надсилав війська до римської армії. Вони брали участь у війнах із даками й аланами, їх підрозділи стояли в Ольвії, охороняючи місто від скіфів і сарматів.
Остаточно змінили історію Боспору, як і всього античного світу, масові нашестя готів і гуннів ІІІ–ІV ст. н. е. Це був поступовий розпад держави, припинення карбування монет, пошуки виходу з кризи шляхом надавання гаваней і кораблів піратським об’єднанням боранів, герулів, остготів, яких античні автори називали просто скіфами. Боспорському правителю Тейрану наприкінці 70-х рр. ІІІ ст. вдалося позбутися піратів, після чого з почестями дружбу з Римом було відновлено. Утім, остаточний удар кочових гуннів відбувся у 70-ті рр. ІV ст. н. е. Міста не були повністю зруйновані після гуннського нашестя, однак залишалися під протекторатом військового об’єднання «варварів», що простяглося від Паннонії до Північного Кавказу.