Руководящие идеи относительно церкви, лишь теперь окончательно формулированные, были следующие: 1) иерархическая организация принадлежит к существу церкви, и мирское христианство во всех отношениях нуждается в посредничестве священников (rite ordinati), которые одни только могут совершать церковные священнодействия; 2) власть священника в таинствах и в юрисдикции независима от его личного достоинства; 3) церковь является видимой общиной (и как таковая corpus Christi), обладающей своей конституцией, данной ей Христом; она обладает двойной властью, spiritualis и temporalis. Благодаря обеим, она, долженствующая остаться до конца мира, стоит выше преходящего государства и царит над ним. Поэтому ей должны покориться все государства и все отдельные лица (de necessitate salutis); власть церкви распространяется даже на еретиков и язычников (завершение этого учения Вонифатием VII); 4) в лице папы, наместника Христа и преемника Петра, церкви дано строго монархическое устройство. Все, что относится к иерархии, относится прежде всего к нему; более того, остальные члены иерархии призваны лишь «in partem sollicitudinis». Он является episcopus universalis; ему принадлежат поэтому оба меча, а так как христианин может достигнуть спасения лишь в церкви, а церковь является иерархией, иерархия же папой, то весь мир de necessitate salutis должен быть подчинен папе (Булла «Unam sanctam»). В целом ряде догматов, возникших вследствие вновь возбужденной полемики против греков (XIII век), эти принципы были приписаны древней церкви; но они были строго формулированы (Фомой Аквинатом) лишь после того, как они давно уже получили право гражданства на практике. Новое право последовало новому обычаю, усиленному нищенствующими орденами, которые благодаря полученным ими особым привилегиям подорвали аристократические, провинциальные и местные власти и завершили победу папской автократии. Учение о папской непогрешимости было прямым заключением этого хода развития. И оно было формулировано Фомой, но не было еще проведено в жизнь, ввиду реакции в этом отношении исторического и областного церковного сознания (парижский университет; объявление Иоанна XXII еретиком). Около 1300 года неслыханное возвеличение папства достигает в литературе своей высшей точки (Августин Триумф, Алвар Пелагий), но с 1330 г. оно падает, чтобы вновь подняться лишь через 120 лет (Торквемада). В этот промежуток времени новое развитие папства подвергалось сильным, но не имевшим успеха нападкам, сначала в гибеллинской литературе и отчасти связанной с нею миноритской (Оккам), особенно французской, затем с точки зрения супрематии соборов (Констанцский, Базельский; если бы постановления этих соборов были проведены, то папству пришел бы конец, так как собор объявлял себя высшей законодательной властью в церкви, которой должен быть подчинен и папа, присваивал себе также контроль над церковной администрацией и был близок к тому, чтобы объявить себя постоянным). Лишь временно Мюнхен стал центром оппозиции, и немецкие писатели приняли в ней участие. Настоящей ареной оппозиции была Франция, ее король, ее епископы, даже французская нация. Лишь она сохранила за собою достигнутую на соборах свободу (Буржская прагматическая санкция 1438 г.); однако, и здесь король пожертвовал ею по конкордату 1516 г., чтобы по примеру других государей разделить с папой власть над национальною церковью. Прежняя тирания около 1500 г. была почти повсюду восстановлена. Латеранский собор в начале XVI века издевался над народными желаниями, как будто никогда и не существовало Констанцского и Базельского соборов.
Новое понятие церкви до середины XIII века развивалось не теологией, а юриспруденцией. Это объясняется: 1) недостатком интереса в теологии в Риме; 2) тем фактом, что теологи, рассуждая о церкви, все еще повторяли «непрактичные» мнения Августина о церкви как общине верных (numeras electorum), так что позднейшие «еретические» мнения о существе церкви встречаются и у великих схоластиков. Лишь с середины XIII в. богословие приняло иерархическо-папистское понятие церкви, выработанное юристами (предшественник, еще не смелый, Гуго из С.-Виктора). Повод к этому подала полемика с греками, в особенности после Лионского собора 1274 г. Значение Фомы заключается в том, что он впервые строго развил папальное понятие церкви в догматике и в то же время искусственно сочетал его с августиновским. Фома твердо держится того, что церковь есть совокупность избранных; но он указывает, что церковь как законодательный авторитет в области учения и как учреждение священства и таинств является единственным органом, через который глава церкви набирает себе членов. Таким образом, он сумел сочетать новое со старым. Тем не менее, вплоть до реформации и даже позднее вся иерархическая и папальная история не имела прочного места в догматике (Констанцский и Базельский соборы оказали свое влияние несмотря на все папские угрозы); она оставалась римским правом декреталий, проводилась на практике и фактически владела многими умами через учение о таинствах. Таким образом, все то, чего можно было ожидать лишь в будущем от формулировки понятия церкви в иерархических интересах, стало на практике уже прочным достоянием.