Но схоластики заимствовали также и из практики представление о замене удовлетворения и лиц. Это привело к учению об индульгенциях. Е. Bratke, «Luther's 95 Thesen», 1884. – J. Schneider – F. Beringer, «Die Ablasse», 9-е изд. 1887. – Th. Brieger, «Das Wesen des Ablasses am Ausgang des Mittelalters», 1897; об индульгенциях Льва X. – Об индульгенциях Фуггеров см. A. Schulte, 1904). Индульгенция вытекает из учения об удовлетворении. В теории они не имеют ничего общего с reatus culpae et poenae acternae; на практике их нередко с ним связывали; даже теория начала вступать на этот путь (Тридентский собор жаловался на злоупотребления в этом отношении, правда, в очень осторожной форме). Индульгенция основывается на идее замены и имеет целью смягчить, вернее, уничтожить временные кары за грехи, главным образом, наказание в чистилище. Благодаря отпущению ад замкнулся, но homines attriti в сущности не верят ни в ад, ни в силу благодати; о них знает лишь contritus. Но они боятся физических наказаний и верят в возможность устранения их путем различных «дел», готовы даже на некоторые жертвы в этом направлении. Таким образом, чистилище было для них адом, и индульгенция стала для них таинством. Церковь фактически пошла навстречу этому настроению: attritio, opera и indulgentia стали для массы частями таинства покаяния. Фома старался примирить серьезную теорию с вредной практикой, против которой он не был в силах бороться. У него индульгенция не была еще глумлением над христианством, как религией искупления, потому что он считает ее лишь подчиненным придатком к таинству. Но он все же отказался от прежней мысли, согласно которой индульгенция относится лишь к церковному наказанию, наложенному священником, и дал теорию индульгенции. Она получается из сочетания двух идей: 1) и прощенный грех имеет свои временные последствия, не может остаться «inordinate», и потому его временное наказание должно быть искуплено; 2) Христос своими страданиями дал нечто большее, чем уничтожение вечной вины и наказания; в таинствах, именно в отпущении, действует лишь это последнее; но вне таинства имеется излишек. Эта сверхдолжная заслуга (сокровищница сверхдолжных дел), раз она не может быть полезна ни Христу, ни святым, должна переходить к телу Христа, к церкви.
Другого применения ее, кроме сокращения или уничтожения временных наказаний за грехи, быть не может. Она может относиться только к тем, кому отпущены грехи, кто периодически приносит для этого минимальную жертву со своей стороны, маленький подвиг; распоряжается ею глава церкви, папа, который, однако, и другим может уделить часть своей власти. Эта теория сверхдолжных заслуг, имевшая уже длинную историю (персы, иудеи), стала особенно губительна, когда фактически перестали придавать решающее значение вере и раскаянию, или когда умышленно оставляли неясным, что собственно уничтожается индульгенцией, или, когда утвердительно отвечали на вопрос, не может ли индульгенция быть полезна совершившим смертный грех ad requirendam gratiam, нельзя ли поэтому давать ее заранее, чтобы воспользоваться ею при наступлении необходимости (практика школы Скота). Теория индульгенций находит свое полное выражение в булле «Unigenitus», Климента IV, 1349 г.; здесь – формально также и в позднейших индульгенциях – говорится, что он имеют силу лишь для «vere paenitentibus et confessis». Виклиф первый начал полемику против этой практики и теории; он называл индульгенции произволом и кощунством, мешающим исполнению закона Христа, нечестивым новшеством. Но указание на противоречие Библии, на превышение иерархией своей власти, на нравственную испорченность еще не подрывает окончательно силы индульгенций; надо указать средство к пробуждению спящей совести и успокоение мучимой. Этого не сумели сделать ни Виклиф, ни другие энергичные борцы против индульгенций, Гус, Везель и др. Лишь Вессель затронул самые корни индульгенции; он учил не только тому, что ключи даны лишь благочестивым людям (а не папе и священникам), но он подчеркнул также, что отпущение грехов основывается не на произволе (но на истинном покаянии), что временные наказания имеют воспитательную цель и потому не могут быть заменены. Он отвергал также и satisfactionem operum: удовлетворение вообще не может иметь места там, где Бог излил Свою любовь; оно уменьшило бы значение дела Христа (gratia gratis data). Тем не менее, индульгенции, признанные также и на Констанцском соборе, царили около 1500 г. более, чем когда-либо; все признавали их за «abusus quaestorum» и, тем не менее, пользовались ими.