Особое место в материалах Приказа, ныне сосредоточенных в двадцать седьмом разряде РГАДА, занимают сыскные дела по подозрению в преступных умыслах против государя. Нередко в посягательстве на царское здоровье обвинялись лица, совершавшие мелкие, незначительные проступки. Однажды жестоким пыткам на дыбе подверглась комнатная бабка, вся вина которой состояла в том, что она украдкой взяла на дворцовой кухне щепотку соли. По Уложению появление на царском дворе с луком или пищалью каралось битьем битогами и тюремным заключением, а обнажение холодного оружия при государе – отрубанием руки. В 1660 году один из придворных был приговорен к отсечению правой ноги и левой руки за то, что выстрелил по галкам на царском дворе. В 1674 году бил челом государю стряпчий Иван Хрущов на стряпчего Александра Протасьева, «что он Александр, на его великаго государя дворе прошиб у него Иван Хрущова кирпичем голову. Государь указал сыскать думному дворянину и ловчему А.И. Матюшкину; а по сыску Протасьев, вместо кнута, бит батоги нещадно, за то, что он ушиб Хрущова на его государеве дворе, перед ним великим государем. Да на нем же Александре велено доправить Хрущову безчестья вчетверо» (Забелин И.Е., 1990).
Тайный приказ занимался делами и куда более серьезными, действительно грозившими безопасности монарха. В бумагах Приказа имеется собственноручная записка царя с перечислением десяти вопросов, которые следственной комиссии надлежало задать Степану Разину. Дознание начиналось вопросом «о князе Иване Прозоровском и о дьяках, за што побил?…». Кстати, Тайный приказ был причастен к устройству семейных дел самого Алексея Михайловича. В фонде учреждения сохранился список девиц, вызванных в 1669 году в Москву на смотрины царских невест (Автократова М.И., Буганов В.И., 1986).
Рассказывая об Алексее Михайловиче, невозможно не упомянуть о Патриархе Никоне и том трагическом явлении в жизни Русской Православной Церкви, государства, всего народа, которое получило наименование «Раскол». Реформа началась рассылкой Патриархом перед Великим Постом в 1653 году по московским церквам «памяти», в которой указывалось уменьшить число земных поклонов на службе Святого Ефрема Сирина и креститься тремя перстами. Некоторые изменения в Символе Веры – перечне догматов Православия, были внесены реформаторами после сличения с греческим оригиналом, однако, раскольники относились к сакральному тексту как к неизменяемой основе и не вняли аргументам никониан. Объявляя старые обряды «неправильными», реформаторы вольно или невольно должны были усомниться как в истинности Православия древних русских святых, отправлявших службы по старым книгам, так и в решениях Стоглавого собора 1551 года, канонизировавшего «старины».
Некоторые ученые считают, что с точки зрения исторических фактов были правы протоиерей Аввакум и его союзники: не русские, а греки отступили от традиции. Русь приняла христианство по Студийскому уставу (который в Греции был позднее вытеснен Иерусалимским), сохранив старые обряды до середины XVII века. Древней формой было двоение слова «Аллилуйя» (евр. – «хвалите Господа») – церковного славословия. Троеперстному крестному знамению на православным Востоке предшествовало двоеперстие. «Старое» двоеперстие в Византии сохранялось еще в XII веке. Раскол был, однако, вызван не только церковной реформой. Конфессиональные расхождения наложились на социальные. Старообрядцы не принимали «самодержавства» царя в церковных вопросах, падения роли епископов. В «порче» нравов духовенства, в социальном неблагополучии, в росте западного влияния они обнаруживали «знамения прихода Антихриста». Ожидание эсхатологических событий поддерживало раскольников в тюрьмах и на кострах. Однако ни сопротивление духовенства, ни ропот народа не заставили правительство отступить от реформы. В 1652 году, став Патриархом, властолюбивый Никон, «Собинный друг» царя, принял титул «великого государя». Царским именем Патриарха начали называть в год вступления на престол; в 1653 году он уже рассылал от своего «государева» имени грамоты воеводам. Глава Церкви входил в деятельность Приказов, отдавал предписания воеводам, был инициатором военных кампаний. Среди бояр стало расти недовольство «худородным» Никоном, уменьшившим их влияние и узурпировавшим царскую власть. Вмешательство в дела епископий и митрополий восстановило против Патриарха церковных иерархов. Столкновение было неизбежным. В июле 1658 года Никон оставил Москву и удалился в Воскресенский монастырь (Каптерев Н.Ф., 1913). Прощальное письмо Патриарха царю перед оставлением столицы гласило: «Се вижу на мя гнев твой умножен без правды и того ради и Соборов святых во святых церквах лишаешись, аз же пришлец есть на земли и се ныне, дая место гневу твоему, отхожу от града сего… и ты и наши ответ перед Господом Богом о всем дати. Никон». Посланцу царя, князю А.Н. Трубецкому, передавшему Никону царское повеление не покидать Патриаршества, Никон ответил: «И ныне, и присно, и вовеки! Мой государь – Господь Бог! Нет иных государей, чтоб повелеть мне!» – и, сняв патриаршую мантию и клобук, в одной монашеской рясе вышел из Успенского собора (Шушерин И.К., 1908). Потекли годы добровольного затворничества в далеком северном монастыре. Казалось бы, жизненный путь бывшего Патриарха завершится тихо и незаметно, в иноческой келье. Однако Господь судил иное. Судьба Никона в очередной раз совершила неожиданный поворот. Замечательный русский писатель, знаток событий XVII века Д.А. Мордовцев образно рассказал о последних днях жизни Владыки в своем знаменитом романе «Великий раскол»…