Когда в конце января 1676 года умер «тишайший» Алексей Михайлович и преемник его, Федор Алексеевич, послал к Никону с дарами просить у старика прощения и разрешения покойному царю «на бумаге», то Патриарх по обыкновению заупрямился. «Бог его простит, – отвечал он, – ино в страшное пришествие Христово мы будем с ним судиться; я не дам ему прощения на письме!». В Кириллове Никон таял с каждым днем. Он с трудом передвигал от старости свои больные и усталые ноги, посхимился, готовился к смерти. Об этом донесли куда следует: умирает-де старец Никон, как и где похоронить его? И тогда из Москвы пришла милость: порадовать «заточника» свободой. Патриарха отправили в Воскресенский монастырь, любимое его детище. Больного Никона привезли на берег Шексны, посадили в струг и по его желанию поплыли вниз к Ярославлю, а оттуда к Нижнему Новгороду. Хотелось ему перед смертью взглянуть на родное село, потом на любимый Воскресенский монастырь, а там и на Москву, послушать в последний раз звон колоколов всех сорока сороков, вспомнить патриаршество, свое царство, как они делили его с покойным другом Алексеем Михайловичем. Стоял август 1681 года. Дорогой, во время плавания, погода стояла сухая, теплая, ясная. Целые дни сидел он, а больше лежал на своей дорожной постели, кутая холодеющие ноги и глядя на воду, на медленно убегающие берега реки, на рощи, синеющие вправо и влево, на красивые изломы гор, на людей, выбегавших на берег посмотреть на плывущий откуда-то струг, на сумрачное, с усталыми глазами, лицо старого, неведомого монаха…
Чем дальше двигался струг, тем быстрее впереди его бежала весть, что везут Патриарха Никона – имя, тридцать лет гремевшее на Руси, благословляемое и проклинаемое; имя, когда-то возглашавшееся вместе с царским, а потом опозоренное, отверженное. 17 августа струг с «великим заточником» от Толгского монастыря, что против Ярославля, плыл к другому, нагорному берегу и входил в реку Которость. Целая флотилия лодок следовала за ним. На берегу толпились массы народа, светские власти. К стругу пристала большая лодка с московским духовенством, и на борт смиренно, с поникшею головою, взошел архимандрит Сергий, тот самый, который когда-то в Соловках, на Соборе, издевался над Никоном, когда его, свергнутого с патриаршества, везли в ссылку. Сергий, подойдя к ложу Никона, припал головою к днищу струга… «Се Почайна[14], а се людие мои, Господи!» – радостно пробормотал Патриарх. Народ, которого увлечения не знают границ, обезумел от умиления. Струг, как щепку, вынесли руки восторженного люда на берег, и все бросились целовать освобожденного узника. При звоне колоколов лицо Никона преобразилось; ему казалось, что под этот священный голос церквей он вступает в Москву со славою, благословляемый народом…Что-то прежнее, величавое блеснуло в чертах лица. Он бодро глянул кругом на небо, на солнце, стал оправлять себе волосы, одежду, как бы готовясь в дорогу. Стоявшие у его изголовья архимандриты Сергий и Никита поняли, что «великий странник собрался в далекий, неведомый путь», и стали читать отходную. А Никон, сложив на груди руки, вытянулся – вытянулся и глубоко, продолжительно вздохнул, чтоб уже больше не повторять этого вздоха (Мордовцев Д.Л., 1990). Царь Федор Алексеевич распорядился отпеть Никона по архиерейскому чину, и сам нес гроб Никона до могилы, поцеловал руку покойника и за царем все другие, а Митрополит Новгородский Корнилий по просьбе царя поминал Никона Патриархом. Эта смелость государя была вскоре оправдана. В 1682 году Патриархи прислали Разрешительную грамоту.