В 1679 году на крестном ходе он углядел в толпе зрителей девушку, был «сражен наповал», по привычке к быстрым решениям реагировал мгновенно: велел постельничему И.М. Языкову узнать, кто такова. Придворный доложил: дочь смоленского дворянина Агафья Симеоновна Грушевская, живет в доме тетки, жены окольничего С.И. Заборовского. Царь послал Языкова в дом познакомиться с семьей, а вскоре велел объявить Заборовскому, «чтоб он ту свою племянницу хранил и без указа замуж не выдавал». Намерение государя жениться вопреки вековечным правилам повергло родню в шок, И.М. Милославский прямо заявил: «Мать ея и она в некоторых непристойностях известны!» (Татищев В.Н., 1856). Федор поверил, впал в тоску, но преданные слуги уговорили его проверить информацию. И.М. Языков и А.Т. Лихачев (воспитатель царевича Алексея Алексеевича) поехали к Заборовскому и, смущаясь, вопросили «о состоянии» невесты. Агафья Симеоновна вышла к гостям сама и сказала напрямик, «чтоб оне о ея чести ни коего сомнения не имели, и она их в том под потерянием живота своего утверждает!». Царь 18 июля 1680 года отпраздновал свадьбу. Царица простила И.М. Милославского, «разсудя слабость человеческую», но царь, встретив его как-то в темном закутке дворца с подарками Агафье Симеоновне, разъярился: «Ты прежде непотребною ея поносил, а ныне хочешь дарами свои плутни закрыть!» – и вытолкал боярина в шею. Государя еле успокоили (Богданов А., 1997). Здоровье царицы оказалось слабым. Все чаще в ее покоях появлялись различные снадобья. Л.Ф. Змеев (1889) привел описание следующего случая. Доктор Розенбург прописал царице лекарство. Аптекарь не совсем точно приготовил его. Боярыне, отведывавшей лекарство, сделалось «тошно». Тогда заставили самого Розенбурга выпить все лекарство зараз. «Все это черты страшного поголовного суеверия и боязни отрав, – писал Л.Ф. Змеев, – характерные для той эпохи. Если виновный служил при дворе, то в этом, кроме того, усматривалось laesio majestatis (государственный вред. – Ю.М.) и наказание сильно увеличивалось».
Счастье Федора Алексеевича длилось недолго. 11 июля 1681 года он объявил стране о рождении царевича Илии, но 14 числа скончалась царица, а утром в четверг 21 июля – и младенец. Неизвестно, влюбившись или по настоянию приближенных, обеспокоенных отсутствием наследника, царь 12 февраля 1682 года объявил о выборе второй супруги – Марфы Матвеевны Апраксиной, дочери незнатного дворянина (свойственника И.М. Языкова). 15 февраля была скромно сыграна свадьба. Супружество, вдобавок к бремени реформ и государственного управления, оказалось непосильной ношей. Царь слег, и только 21госумел принять придворных с поздравлениями, а 23гоцарь и царица дали свадебные «столы».
Отход царя от непосредственного управления взволновал столицу. На посаде, особенно в стрелецких полках, ширился ропот против «начальнических и неправедных обид», против «временщиков», с которыми столкнулось мелкое начальство. Федору так и не удалось наладить государственную машину, способную четко действовать со справедливостью и правосудием без бдительного ока самодержца. Даже больной, царь продолжал принимать важные решения. Так, получив известия об опасности, угрожавшей русским поселениям в Приамурье со стороны Цинской империи, он потребовал от Патриарха назначить епископов в Даурские, Нерчинские и Албазинские остроги «для исправления и спасения людей, пребывающих в тех градех». Однако царь не знал, что совсем рядом, в кольце слобод вокруг Москвы, закипает гнев на «бояр и думных людей», приказавших высечь челобитчика, обратившегося в Стрелецкий приказ с жалобой на особенно свирепого полковника. В этой «неправде» многие обвиняли И.М. Языкова – слабого политика, с 1680 года возглавившего Оружейную, Золотую и Серебряную палаты, значение которого увеличилось при болезни государя. Говорили также, что Языков, Лихачевы и Апраксины объединились со сторонниками царевича Петра и именно они уговорили Федора облегчить ссылку Матвеева и Нарышкиных. Предвидя кончину государя, многие видные роды готовили переворот с целью отстранения от наследства шестнадцатилетнего царевича Ивана в пользу десятилетнего Петра.