В 1698 году, убедившись, что взаимопонимание с женой не восстановить, Петр обратился к своим родственникам Л.К. Нарышкину и Т.Н. Стрешневу с деликатным поручением – уговорить Евдокию добровольно уйти в монастырь. События стрелецкого бунта, вспыхнувшего в Москве 6 июня 1698 года, ускорили этот процесс, ибо расследование, завершившееся через две недели казнью 57 главных зачинщиков восстания, показало сочувствие стрельцов к опальной царице.
Петр, находившийся в это время в поездке по европейским странам, прервал путешествие и 25 августа вернулся в Москву. Через месяц, несмотря на сопротивление Патриарха Адриана, заступившегося за Евдокию, ее насильно посадили в закрытую карету и под конвоем солдат Преображенского полка доставили в Суздальский Покровский девичий монастырь. Место это было выбрано не случайно – обитель с древности служила местом ссылки опальных цариц и других знатных особ. Здесь завершили свой жизненный путь Соломония Сабурова, первая жена великого князя Василия III, царевна Александра, его сестра Анна Васильчикова, одна из жен Ивана Грозного и другие известные женщины, ставшие монахинями. Через некоторое время совершился постриг, и царица превратилась в скромную инокиню Елену. Потекли дни, заполненные молитвой, бытовыми лишениями. Особенно тяжело Евдокия переживала разлуку с любимым сыном. Так прошли долгие десять лет жизни… История сохранила свидетельство о единственной тайной встрече Евдокии Федоровны с Алексеем в 1706 году.
Наступил 1710 год. Случилось так, что в Суздаль по делам службы прибыл Степан Богданович Глебов, майор Преображенского полка, одногодок и давний знакомый Евдокии еще с юношеских лет. Он был потрясен, увидев прежде красивую и жизнерадостную сверстницу в монастырской келье. Рассказал Глебов и о своей неудачной женитьбе, о нелюбимой жене. После отъезда майора между давними знакомыми установилась переписка, Степан Богданович присылал в монастырь богатые дары. Постепенно старая дружба переросла в любовь. Сохранились письма Евдокии: «Не покинь ты меня, ради Господа Бога, сюды добивайся!» Глебов зачастил в Суздаль…
При пострижении царицы ее сыну уже было восемь лет. Впечатления этого возраста остались в памяти на всю последующую жизнь. После того, что случилось между родителями, сердце царевича неизбежно должно было быть отдано матери, всенародно оскорбленной Петром. С юных лет Алексей привык таиться от отца, опасаться доносов и слежки. Важнейшая тайна, которую он вынужден был скрывать, была любовь к находившейся в заключении матери. Используя всякую возможность, он пытался увидеться с нею, получить от нее весточку. После ссылки Евдокии Федоровны в монастырь Алексей находился на попечении бабушки, Натальи Кирилловны, а затем тетушки, Натальи Алексеевны. Царевич рос в подмосковном селе Преображенском без серьезного присмотра и должного образования. Руководство его воспитанием сначала было доверено приближенным Петра Н.К. Вяземскому и А.Д. Меншикову – людям, не обладавшим достаточными познаниями, затем – европейски образованному барону Генриху Гюйсену, часто, однако, отвлекаемому царем для дипломатических поручений. В результате Алексей освоил немецкий и французский языки, арифметику, основы фортификации. Одной из любимых книг царевича был старинный русский календарь – «Святцы» киевской печати, подаренный Алексею в 1708 году Митрополитом Димитрием Ростовским (впоследствии канонизированным Русской Православной Церковью).
В юности царевич, по воспоминаниям современников, отличался ленью и изворотливостью, сочетавшимися с коварством и мелочной мстительностью. С детства сохранил он неприязнь к иноземцам, не любил нарушения обычаев древнего царского церемониала, присущие отцу. Первым лейб-медиком царевича был Готфрид Клемм. Судьба талантливого врача сложилась трагически. Он утонул в Неве близ Шлиссельбурга во время военных действий в апреле 1703 года (Рихтер В., 1820).