19 января 1716 года последовало его новое письмо сыну: «…чем воздаешь за рождение отцу своему? Помогаешь ли в таких моих несносных печалях и трудах, достигши такого совершенного возраста? Ей, николи! Что всем известно есть, но паче ненавидишь дела мои, которые я делаю для своего народа, не жалея своего здоровья. И конечно же после меня ты разорителем этого будешь… или перемени свой нрав и нелицемерно удостой себя наследником, или будь монах…» Когда Алексей прочел это письмо А.В. Кикину, тот произнес: «Да ведь клобук-то не гвоздем к голове прибит!» (Павленко Н.И., 1990). И Алексей попросил отца отпустить его в монастырь, рекомендуя назначить наследником престола своего сводного новорожденного брата.
В конце января недомогавший царь вновь отправился в Чехию, на Карлсбадские воды. Перед отъездом Петр посетил сына и предупредил, что в течение полугода он примет решение о его дальнейшей судьбе. В начале сентября Алексей получил письмо от отца с предложением сообщить окончательное суждение: или вместе трудиться на благо России и немедленно приехать к отцу в армию или сообщить о дате принятия монашеского пострига. Царевич избрал третий, губительный, как оказалось, путь развития своей судьбы. 26 сентября 1716 года вместе с Ефросиньей и четырьмя слугами, он, информировав власти о том, что едет к отцу, покинул Санкт-Петербург и направился к государственной границе. Как стало известно впоследствии, в Либаве через день произошла его встреча с А.В. Кикиным, сообщившим царевичу, что шурин покойной жены, австрийский император Карл VI, готов принять его в Вене, обеспечить политическое убежище и ежегодный пансион в три тысячи гульденов…
10 ноября Алексей Петрович появился в Вене под именем польского шляхтича Коханского. Остановившись в гостинице, отправил слугу к вице-канцлеру Шенборну. В тот же вечер он встретился с графом в его дворце. По рассказу Шенборна, царевич бросился к нему, бегал по комнате, жестикулируя. «Я пришел сюда просить императора, моего свояка, о покровительстве, – говорил он, – о спасении жизни моей: меня хотят погубить, меня и бедных детей моих хотят лишить престола». Далее последовало объяснение событий так, как понимал их Алексей. Со многим трудно не согласиться: «Отец мой окружен злыми людьми, до крайности жестокосерд думает, что он, как Бог, имеет право на жизнь человека, много пролил невинной крови, даже сам налагал руку на несчастных страдальцев; неимоверно гневлив и мстителен, не щадит никакого человека, и если император выдаст меня отцу, то все равно, что лишит меня жизни. Если бы отец и пощадил, то мачеха и Меншиков до тех пор не успокоятся, пока не запоят или не отравят меня» (Тюрин В., 1998).
Прошло два месяца. Обеспокоенный и разгневанный Петр I распорядился искать сына по всей Европе. Лишь 20 февраля 1717 года русскому резиденту в Вене А.П. Веселовскому удалось получить предположительную конфиденциальную информацию о проживании Алексея в Австрии, в альпийской крепости Эренберг. Петр велел генералу А.А. Вейде, командовавшему русским корпусом в Мекленбурге, продолжить поиски сына. Одновременно он вызвал в Санкт-Петербург А.П. Веселовского, которому дал аналогичное поручение, а также вручил официальную ноту Карлу VI.
Замок Эренберг располагался вдали от больших дорог и был прекрасным местом для тайного пребывания царевича. Тем не менее агенту Петра I капитану гвардии А.И. Румянцеву удалось установить точное местонахождение беглеца. Он и сопровождавшие его офицеры разместились в соседней деревушке. Поспешный тайный отъезд из этой крепости не остался незамеченным – русские «государевы люди» проследили его маршрут до нового укрытия, замка Сент-Эльм близ Неаполя. Беглецы провели в этом убежище пять месяцев.
Между тем, 29 июля 1717 года прибывшие в Вену граф П.А. Толстой и А.И. Румянцев передали Карлу VI официальную ноту Петра I с требованием о выдаче сына. Пытавшийся маневрировать австрийский император под воздействием юридических и моральных доводов царя был вынужден пойти на частичные уступки – 12 августа Толстому и Румянцеву разрешили проезд в Неаполь для свидания с Алексеем. Посланцам понадобилось пять встреч, в ходе которых угрозами, обещаниями, посулами удалось уговорить царевича отправиться домой. Алексей главным условием возвращения поставил разрешение венчания с Ефросиньей, которая была на четвертом месяце беременности. Толстой от имени Петра согласился.
Потрясенный схваткой с многоопытным дипломатом, опасавшийся личного прибытия отца в Италию, физически и психически подавленный недомогавший царевич отправился в находившийся рядом с Неаполем городок Бари – поклониться мощам великого христианского чудотворца, Святого Николая, Архиепископа Мир Ликийских. 14 октября, после длительных сомнений и колебаний, он выехал на родину. Мрачные предчувствия, ужас от предстоящей встречи с грозным отцом томили его… Толстой, прекрасно зная неуравновешенный характер Алексея, его способность подпадать под чужое влияние и изменять принятые решения, не мог считать себя спокойным, пока карета царевича не пересекла русскую границу. Именно поэтому посол в письмах к Петру и Веселовскому просил сохранять в тайне принятое Алексеем решение вернуться на родину.