Усыпальница, как и весь монастырь, на протяжении веков неоднократно осквернялась иноземцами, совершавшими грабительские набеги на Москву, – татарами, поляками. Трагедией для всего монастыря стало французское нашествие. Долгое время монастырь не имел возможности приступить к ремонту усыпальницы. Есть упоминание о частичном настиле полов «из белой лещеди» в 1837 году при архимандрите Аполлосе. При нем же было составлено дошедшее до наших дней описание надгробных памятников.
Крупный ремонт с частичным восстановлением надгробий был проведен в 1857 году по указанию Императора Александра II. Подлинного дела об этом ремонте не сохранилось, но по некоторым упоминаниям можно сделать вывод, что на многих могилах были установлены надгробия, выбиты новые надписи, причем во многих случаях это было сделано предположительно согласно расплывчатым и ошибочным указаниям поздних маргиналий Кормовой книги. К 300-летию Дома Романовых (1913), когда усыпальницу снова посетил Император с Августейшим семейством, она в очередной раз была приведена в порядок. Во время пребывания Государя в монастыре ему была подарена точная модель Преображенского собора с усыпальницей царских прародителей с указанием всех существующих гробниц, искусно выполненная звонарем Новоспасского монастыря Михаилом Долинским.
Несколько слов о том, что происходило в монастыре после его закрытия в 1918 году и создания в нем исправительно-трудового лагеря. Есть свидетельство дочери Льва Николаевича Толстого Александры, которая отбывала в лагере срок, что каждую ночь заключенные разрывали могилы в поисках драгоценностей, за находку которых они получали увольнительные в город. Это свидетельство эмоциональное, а есть и документальное. В рапорте санитарного врача лагеря в Главнауку от 9 октября 1923 года говорится: «Новоспасский ИТЛ находится в крайне антисанитарном состоянии, некоторые из склепов могил доступны любопытным, гробы вскрыты и части скелетов валяются открытыми. Некоторые погреба, а в особенности подвал под монастырем, загажены и представляют из себя настоящую клоаку». Это неудивительно, поскольку лагерь, рассчитанный на 250 заключенных, вмещал 430 человек, не считая охраны и сотрудников с семьями (Пасхалова Т.В., Станюкович А.К., 1997).
По воспоминаниям человека, жившего в монастыре с 1918 года, в подклете пытались сделать столовую для заключенных. Затем ее открыли в Покровском храме, а над входом в усыпальницу долго сохранялась надпись «Столовая». После ликвидации ИТЛ монастырь был передан в хозяйственное управление НКВД. В усыпальнице сделали склад. Все эти годы мозаичный Образ Нерукотворенного Спаса над входом в усыпальницу закрывал щит с изображением дымящих заводских труб и надписью «Дома культуры вместо монастырей!».
В 1950-х годах щит вдруг упал, и жители «Кировского городка», как называлось тогда общежитие в монастырских стенах, помнят, как бесстрашные бабушки перед праздником Пасхи, подставив лестницу, отмывали открывшуюся красоту. С 1968 года помещения монастыря были переданы научным учреждениям, руководившим реставрационными работами. Планировалась организация здесь музея реставрации. Архитектором К.К. Морозовым (1982) была издана интересная книга о достопримечательностях монастыря, где говорится и об усыпальнице, которая оставалась в небрежении.
В 1991 году монастырь был передан Русской Православной Церкви, и в его стенах была возрождена мужская обитель. После ухода реставраторов братией и прихожанами монастыря все помещение подклета было расчищено и приведено в порядок, однако, о восстановлении усыпальницы не могло быть и речи, поскольку братия во главе с наместником, тогда еще архимандритом Алексием (Фроловым), стала налаживать богослужебную жизнь.
В 1990-х годах авторитетная комиссия московских археологов под руководством доктора исторических наук А.К. Станюковича по Благословению Священноначалия начала исследовательские и восстановительные работы в усыпальнице обители. В работе комиссии принимал участие крупнейший в стране специалист по судебно-медицинской идентификации личности профессор В.Н. Звягин. Учеными были получены уникальные результаты. Найдены не только достоверно известные в начале ХХ века захоронения Романа Юрьевича Захарьина, его сыновей Долмата и Даниила, но и давно затерянная могила дочери Анны, бывшей замужем за военачальником Ивана IV, князем В.А. Сицким. Найдена (совсем не там, где считалось ранее) могила знаменитого сына Р.Ю. Захарьина – Никиты Романовича Юрьева, отца Патриарха Филарета и деда первого Государя из рода Романовых. Обнаружены затерянные захоронения второй жены Никиты Романовича – Евдокии Горбатовой, их сына Ивана – Льва Никитича, младенца Михаила Даниловича, умерших во младенчестве четырех братьев царя Михаила Федоровича. Из ранее известных захоронений наиболее примечательны гробницы матери царя Михаила Федоровича Ксении Ивановны Шестовой (Великой старицы Марфы), его сестры Татьяны, бывшей замужем за одним из первых российских литераторов и историков князем И.М. Катыревым-Ростовским, его дочери Ирины.