Ок. 1793 г. до н. э. XII династия уступает место XIII-й, также происходившей из Фив. Манефон (египетский жрец, написавший по-гречески в начале III в. до н. э., когда Египет находился под властью македонской династии Птолемеев, его историю) и египетские царские списки II тыс. до н. э. приписывают ей, при примерно 150 годах ее правления, более 50 царей, что подтверждается и ее памятниками; таким образом, если бы они правили последовательно, в среднем на каждого из них пришлось бы не более трех лет. Это наводило ученых на мысль о наступлении нового периода смут и частой смены царей; однако XIII династия прочно удерживала внешние владения в Нубии и Азии, что несовместимо со смутами. Можно заключить, что в ряде центров Египта одновременно правили несколько ветвей XIII династии, признававших законные права друг друга на власть и поддерживавших определенное единство. Разумеется, это ослабляло страну; однако первым симптомом ее настоящего распада стало воцарение в западной части дельты, в г. Ксоис, XIV династии, по-видимому одновременной с XIII-й, но уже не признававшей ее власти. Это событие, имевшее место около 1700 г. до н. э., окончательно обозначило финал эпохи Среднего царства и начало нового, т. н. II Переходного периода (до середины XVI в. до н. э.).
Гиксосское владычество (первая половина XVII – середина XVI вв. до н. э.)
Важнейшим рубежом в истории Египта стало его завоевание пришельцами, получившими в труде Манефона обозначение гиксосов (досл. «царей-пастухов»). В конце XVIII в. до н. э. на Синае и в пустыне Негев (Южная Палестина) сложился мощный союз кочевых племен, ядром которого был семитский народ, именовавшийся египтянами шасу («кочевники»; позднее, в упоминаниях Библии и арабских авторов, амалекиты). Египетское обозначение этого союза, по его главному народу, «хекау шасу» («правители-кочевники»), и стало основой манефоновского термина «цари-пастухи».
В первой половине XVII в. до н. э. гиксосы вторглись в Египет и захватили восточную часть дельты, где родственные гиксосам азиаты расселялись под властью Египта еще со времен XII династии. Утвердив свою столицу здесь, в г. Аварис (егип. Хат-Уарт; совр. Телль эль-Даба), гиксосы к середине того же века установили над всем Египтом свою власть, получившую оформление в полном согласии с египетской традицией: цари Авариса приняли египетскую титулатуру, и первые шесть из них позднее считались у египтян XV династией.
Прямая власть Авариса не выходила за пределы первоначальной гиксосской территории в Азии и восточной дельте. В западной дельте под контролем царей Авариса какое-то время, по-видимому, продолжали свое существование XIV династия и владения мелких правителей из числа других гиксосских вождей (их египтяне позднее условно объединяли в XVI династию). В южном Египте существовали самостоятельные, но признававшие верховную власть царей Авариса государства. Центром сильнейшего из них были Фивы, которыми владела XVII династия, по-видимому сменившая здесь одну из ветвей XIII династии. Зависимость от царей Авариса признавали Нубия (Куш), где немногим ранее сложилось самостоятельное государство с центром в Керме (у 3-го порога), мелкие государства Сирии – Палестины вплоть до Евфрата. Именно гиксосы впервые принесли в Египет конное дело и использование боевых колесниц. Среди египетских богов гиксосы особо почитали Сета, считавшегося покровителем чужеземных стран.
В первой половине XVI в. до н. э. усиление Фив стало беспокоить гиксосских царей: согласно легенде, один из них – Апопи II Аакененра – отправил к правителю Фив Секененра посольство с причудливым требованием унять нильских гиппопотамов, которые своим шумом близ Авариса якобы не давали гиксосскому царю заснуть. Конец этой истории не сохранился: похоже, по общим закономерностям таких фольклорных историй Секененра придумал какой-то находчивый ответ, и гиксос был вынужден оставить Фивы в покое. Однако, судя по мумии Секененра, он пал в бою (возможно, с преемником гиксосского героя легенды, царем Апопи III Ааусерра, ок.1590–1555 гг. до н. э.). Сын Секененра от его брака с дочерью правителя Гермополя Яххотеп, Камос (ок. 1570 до н. э.), перестал признавать верховную власть гиксосского царя и сам принял царский титул. Он возобновил войну с гиксосами, добившись немалых успехов (ему удалось даже осадить Аварис), хотя накануне его же вельможи утверждали, что разумнее поддерживать с Аварисом мирные взаимовыгодные отношения. Преемник Камоса, его младший брат Яхмос I (сер. XVI в. до н. э.), нанес гиксосам решительное поражение, взял Аварис, изгнал их в Азию и там овладел их последним оплотом – крепостью Шарухен в Южной Палестине.