Часть своих войск Помпей оставил под начальством легата А. Афрания между Евфратом и Араксом, а сам вышел из области Артаксаты к северу и расположился на зимовку около реки Кир (теперь Кура), на юго-восточной границе Кавказа. Это обеспокоило соседние кавказские пароды. Албанцы под начальством князя Оройза совершили набег на римский зимний лагерь, но были храбро отбиты. Царь иберов, Арток, втайне приготовлялся напасть на Помпея весной, когда тот пойдет через его страну в Колхиду, на Митридата; но Помпей разбил его и проник в Колхиду, где находился его флот под начальством Сервилия. В это время Митридат со своим верным войском пробрался по восточному и северному берегу Черного моря, частью по суши, частью на кораблях, в основанное им Боспорское царство, где низложил своего сына Маха, перешедшего к римлянам, и принудил его к самоубийству. Идти вслед за царем через Кавказ для Помпея было слишком затруднительно и опасно; потому он оставил Митридата покуда в покое и, под предлогом восстания албанцев в тылу, вернулся к нижнему течению Киры. По дороге он покорил албанцев и заключил с ними, а также с иберами и другими кавказскими племенами договор, вследствие которого они стали в зависимые отношения к Риму.
Отступив затем в Понтийское царство, покорив и разрушив здесь последние крепости, оказывавшие ему сопротивление, Помпей летом 64 г. отправился в Сирию, которая находилась в безнадежном состоянии. Сирийское царство Селевкидов совершенно распалось; царствующий дом Селевкидов, вследствие постоянных споров из-за престола, утратил свое могущество и значение, и князья арабских племен вместе с мелкими разбойниками бесчинствовали теперь между Евфратом и Средиземным морем. Только иудеи, освободившиеся в 167 г., под предводительством семейства Маккавеев, или Хасмонеев, из-под власти сирийских царей, по-видимому, старались приобрести себе политическое могущество; но внутренние религиозные и политические несогласия между фарисеями и саддукеями, во время пребывания в Азии Лукулла и Помпея, привели к кровопролитным междоусобицам, которые истощали силы нации. Против царя Аристобула, к которому примкнули саддукеи, восстали фарисеи, желая доставить господство его добродушному, но слабому брату Гиркану. Помпей прибыв в эту страну, стал на сторону фарисеев и приказал, чтобы царская власть была отменена, чтобы снова была восстановлена древняя власть первосвященников; Гиркана он сделал первосвященником и правителем. Аристобул покорился, но его фанатические приверженцы удалились на скалу Иерусалимского храма и упорно держались там в продолжение трех месяцев. В одну из суббот храм был взят Помпеем, и те, которые избежали смерти от меча солдат, окончили свою жизнь под топорами ликторов. Страна сделалась зависимой от римлян и должна была платить дань. Помпей сильной рукой положил конец беспорядкам и разбоям во всей Сирии; дом Селевкидов, от которого оставалось еще трое бессильных претендентов на царство, объявлен лишенным престола и Сирия стала римской провинцией.