Цезарь, хотя и решившийся уже начать войну, во время этих переговоров постоянно показывал миролюбивые намерения, чтобы представить войну со своей стороны только мерой крайней необходимости; чтобы иметь возможность стянуть свои войска по эту сторону Альп, он намеренно затягивал переговоры, Но теперь, когда разрыв сделался неизбежным, он быстро и смело перешел в наступление, не давая неприятелю собраться с силами, хотя в это время у него был только один легион. Он стоял на реке Рубикон, отделявшей его провинцию от Италии. Переходом через эту реку он начинал войну против своего отечества, делался государственным изменником. Хотя он уже давно освоился с этой мыслью, но теперь, когда ему предстояло окончательно решиться на смелый и опасный шаг, он еще раз должен был взвесить всю важность такого поступка. «Жребий брошен!» – сказал он и перешел через реку. Весть об этом произвела в Риме величайшее уныние и смятение. Сенат как можно поспешнее отправился к Помпею; туда же явились и другие чиновные лица. Бывший консул Волкаций Тулл спросил его о количестве его боевых сил; но когда Помпей медленно и тихо отвечал, что войска, отосланные Цезарем, стоят наготове и что он рассчитывает в самое короткое время собрать и тех, которые были навербованы ранее в количестве 30 тыс. человек, тогда Тулл воскликнул: «Ты обманул нас, Помпей!» – и посоветовал отправить к Цезарю послов. Помпей, в своей гордой уверенности, не позаботился о самых необходимых приготовлениях к обороне; тем, которые делали ему по этому поводу замечание, он с усмешкой отвечал, что они могут быть спокойны, что ему стоит только топнуть, и из земли явятся отряды пехоты и конницы по всей Италии. Теперь претор Фавоний с горькой насмешкой просил его топнуть ногой, чтобы вызвать обещанные войска. Помпей колебался, не зная, что делать, и не мог прийти к какому-либо твердому решению. Наконец, он сделал распоряжение, чтобы все члены сената следовали за ним, добавив, что всякого, кто останется, он будет считать сторонником Цезаря, и вечером уехал из города; за ним последовало большинство сенаторов и все те, которые считали нужным бояться Цезаря. Таким образом, город был оставлен и правительство перевело свою резиденцию в Капую; но Помпей теперь стал подумывать, как бы перебраться в восточные провинции, где он пользовался большим почетом и надеялся найти богатые средства для войны. В Италии Цезарь действовал с ужасающей быстротой; город за городом без сопротивления сдавался ему, а войско его быстро увеличивалось наборами, громадным числом перебежчиков и подкреплениями из Галлии.
За 60 дней Цезарь завладел всей Италией. Так как у него недоставало кораблей, чтобы тотчас же преследовать Помпея, то он приказал построить флот и отправился в Рим. Здесь он успокоил народное собрание и сенат, позаботился о подвозе хлеба и обещал раздать гражданам деньги. Трибун JI. Метелл запретил ему открыть священную казну, сберегавшуюся на случай крайней нужды и оставленную консулами в Риме, и сам, надеясь на неприкосновенность своего сана, стал в дверях храма. Цезарь пригрозил ему смертью, добавив, что ему не так трудно сделать это, как сказать. Прогнав трибуна, Цезарь велел выломать двери и взял из казны 26 тыс. слитков золота и 40 млн. сестерций. В половине апреля он поспешил в Испанию; он говорил, что хочет сначала разбить войско без полководца, а затем пойти на полководца без войска. В Испании, при Илерде, он принудил сдаться войско Помпея, 5 легионов и много вспомогательных отрядов, под начальством легатов Афрания и Петрея, и овладел Испанией; затем, в начале зимы, переправился через Адриатическое море, сражался некоторое время с Помпеем в окрестностях Диррахиума, причем много раз терпел поражение, и, спасаясь от преследования Помпея, поспешными переходами двинулся в Фессалию. Друзья Помпея советовали ему возвратиться в оставленную Цезарем Италию, снова овладеть всем Западом (в то время как Цезарь мог остаться под наблюдением флота в Греции) и затем снова отправиться против неприятеля на Восток. Но Помпей отверг этот план; он надеялся, что будет в состоянии теперь же закончить войну и не хотел оставлять без помощи своего отчима Метелла Сципиона, который, прибыв из Сирии, стоял с двумя легионами в Фессалии. Потому он двинулся в Фессалию, чего Цезарь и хотел, и там 9 августа 48 г., в Фарсальской долине, произошла борьба за господство в государстве.