Сделав в Азии необходимые распоряжения, Цезарь возвратился в Рим раньше, чем его там ожидали (в конце 47 г.). Его присутствие было в высшей степени необходимо. После битвы при Фарсале он поручил управление Римом и Италией М. Антонию; но последний предался чувственным удовольствиям и мало заботился о порядке и спокойствии. Народный трибун П. Долабелла, зять Цицерона, такой же неумеренный сластолюбец, как и Антоний, старался провести закон о сложении долгов, вследствие чего в Риме стали происходить кровопролитные уличные схватки; легионы Цезаря, стоявшие в Кампании, отказались идти в Сицилию и Африку, пока им не будут выданы обещанные деньги и земли. Антоний не мог усмирить ни этого мятежа, ни беспорядков в Риме. Когда Цезарь явился в Рим, Долабелла вынужден был покориться и взять назад свой законопроект; но мятеж легионов грозил сделаться опасным. Заставив бежать легатов Цезаря, они, совершая разные бесчинства, двинулись на Рим и расположились на Марсовом поле. Они объявили, что хотят вести переговоры только с самим Цезарем. Когда Цезарь в качестве императора безбоязненно явился среди них и спросил, чего они хотят, они стали требовать роспуска. Он ответил коротко: «Вы распущены, квириты». Называя их квиритами, он обращался к ним как к гражданам, уже не состоящим в войске. Этого они не ожидали; они не хотели получить отпуск и обрабатывать землю, они хотели выпросить себе большую награду. Пораженные, они стояли некоторое время без слов, затем с раскаянием стали просить диктатора, чтобы он не прогонял их. Он медлил, повернулся, желая уйти; один военный трибун стал просить о помиловании; но разгневанный и огорченный полководец не мог решиться на это, жалуясь на неблагодарность особенно десятого легиона, который он всегда ценил так высоко. Тогда к нему подошли ветераны этого легиона и униженно просили, чтобы он наказал каждого десятого из них. Упрямство воинов было сломлено, и Цезарь простил их.
Многие влиятельные люди противной партии вышли навстречу Цезарю, ехавшему из Брундизиума в Рим, желая получить прощение победители. Цезарь отнесся к ним великодушно и снисходительно и старался расположить их к себе благосклонностью и дружественным обращением. С особенным расположением отнесся он к Цицерону, высказав желание, чтобы он не удалялся от общественных дел и поддерживал его своими советами, так как для него было важно, чтобы такой влиятельный человек, как Цицерон, объявил себя приверженцем нового порядка, Цицерон снова переехал из деревни и Рим; но он все еще боялся диктатора и вместе со многими другими был озабочен, как бы не повторились проскрипции времен Суллы. Они не умели оценить благородного, примирительного образа мыслей победителя.
Цезарь снова получил диктатуру на один год, стал консулом следующего года, пожизненным трибуном и в конце 47 г. отправился на войну в Африку, где предводители помпеевской партии – Метелл Сципион, Катон, Лабиен и другие, бежавшие после битвы при Фарсаде – снова собрали, при содействии нумидийского царя Юбы и пропретора Аттия Вара, значительное войско, главное начальство над которым принял Сципион. У них было 10 легионов римских и 4 нумидийских, много легковооруженных воинов, бесчисленное множество конницы, 120 слонов и, кроме того, значительный флот. В конце декабря 47 г. Цезарь отправился на судах в Сицилию с 6 легионами и 2 тыс. всадников, но зимние бури разбили его флот, так что он при высадке имел только 3 тыс. пехоты и 150 всадников. Сходя с корабля при Адрумете, он споткнулся и упал. Сделав вид, что поступил так намеренно, он в ту же минуту воскликнул". «Ты в моих руках, Африка!» Таким образом, он обратил дурное предзнаменование в хорошее и успокоил солдат. С небольшим войском ему долгое время пришлось бороться с гораздо более многочисленным неприятелем, а пополнять свои войска он мог только постепенно, с промежутками. Партизанская война грозила ему большой опасностью; наконец, когда неприятель считал его отрезанным на полуострове, на котором находился укрепленный город Тапс, Цезарь 6 апреля 46 г. произвел стремительную атаку на неприятельские ряды и уничтожил все войско. Так как помпейцы позволяли себе прежде этого бесчеловечные жестокости и убивали всякого цезарианца, попадавшего в плен, то Цезарь ни просьбами, ни угрозами не мог усмирить ярости своих солдат: даже те которые бросали оружие, были перебиты в дикой схватке Республиканцы и нумидийцы потеряли до 50 тыс. человек. Цезарь – только 50 убитыми и несколько раненными. Юба. М. Петрей и Сципион вскоре после битвы, отчаявшись спастись, покончили жизнь самоубийством; но Лабиен, Вар и другие бежали в Испанию.