Цицерон стоял теперь на высоте счастья и славы; его бдительность и энергия спасли город и государство от гибели. Все благонамеренные признали это; сенат удостоил его похвалы и благодарности и предписал благодарственный праздник по случаю спасения им государства; Кв. Катул и другие назвали его отцом отечества, Цицерон сам гордился своей заслугой, и он имел на это право; но в нем порицают то, что он говорил о своих деяниях слишком восторженно и слишком часто. Он написал историю своего консульства на греческом и латинском языках, он воспел ее в латинском стихотворении, послал историю своего консульства к Посидонию Родосскому, чтобы тот описал ее с еще большим искусством. Во время своего консульства и в ближайшие затем годы Цицерон чувствовал себя первым лицом в государстве, наряду с Помпеем, который в это время, после покорения азиатских народов и царей, находился в высшем блеске своей славы; в союзе с ним он надеялся стать опорой расшатавшегося государства, и сам Помпей по возвращении из Азии признал его заслуги, говоря: «Я напрасно стремился бы к третьему триумфу, если бы ты не спас места, где этот триумф вынужден праздноваться». Но вскоре Цицерон должен был убедиться, что человек, которым он так восхищался и которому он был так предан, не мог стать опорой для спасенного им государства, что он, предавшись могущественному Цезарю, стремился превратить республиканский порядок в пустую форму и его самого оставил без помощи в критическую минуту. Помпей заключил с Цезарем и Крассом первый триумвират и согласился на изгнание Цицерона из Рима, так как он мешал планам Цезаря.
Уже в тот самый день, когда Цицерон оставил свое консульство, он мог предвидеть, какие горькие разочарования ожидали его в будущем. Он, по старому обычаю, хотел сложить свою должность речью перед народом, но трибун Метелл Непот запретил ему это, говоря, что кто осуждал на смерть римских граждан без суда, тот не смеет говорить с народом. Тогда Цицерон, возвыся голос, поклялся, что он во время своего консульства спас государство от погибели. Но впоследствии неоднократно повторялись упреки трибунов и демократов, что Цицерон убивал римских граждан без суда, что он не имел права казнить гражданина без согласия народа. На состоявшемся процессе против Клодия за осквернение праздника Доброй Богини Цицерон рассердил Клодия своим неблагоприятным свидетельским показанием и впоследствии часто раздражал его своими остротами и насмешками, из-за этого Клодий перешел из патрицианского сословия к плебеям и добился трибунского звания, чтобы преследовать Цицерона за противозаконные казни римских граждан. За Клодием стоял Цезарь, который напрасно пытался склонить Цицерона на свою сторону и сделать его союзником триумвирата и теперь, отправляясь в свою провинцию (58 г.), хотел обеспечить себе тыл. В начале 58 г. Клодий, имея в виду действие Цицерона против товарищей Катилины, предложил закон, по которому казнь римского гражданина без суда и права наказывалась изгнанием. Цицерон легко мог видеть, что этот закон направлен против него; он надел траурное платье, и вместе с ним сделали то же самое сенат и многие граждане; он обращался с просьбами к народу, но везде, где он ни появлялся, шайка Клодия осмеивала и оскорбляла его. Он искал помощи у Помпея, но не нашел ее. Цезарь признал действия Цицерона противозаконными, но не одобрил такого строгого наказания. Цицерон видел себя беззащитным и оставил город. В тот же день закон Клодия был принят и Цицерон подвергнут опале, и такому же наказанию должны были подвергнуться те, которые дадут ему приют; однако закон был смягчен в том отношении, что изгнание было ограничено расстоянием в 400 миль от города. Клодий сжег дом Цицерона на Палатинском холме и посвятил это место богине Свободы, статую которой он поставил в выстроенной там галерее; виллы Цицерона в окрестности города также были им разрушены, а добыча выдана консулам.
Прежде чем Цицерон оставил свой любимый Рим, он понес в храм капитолийского Юпитера принадлежавшую ему статую Минервы и поставил ее там, как бы отдавая этим город и государство под защиту богини мудрости и умеренности. Затем он направился в Нижнюю Италию и после долгого колебания – куда бежать – отправился из Брундизиума в Диррахиум. Из боязни столкновения с изгнанными приверженцами Катилины он миновал Грецию и Эпир и поспешил в Македонию, где один из его друзей, Кн. Планций, был квестором. Последний выехал ему навстречу и приютил его в своем доме в Фессалониках, куда он прибыл 23 мая 58 г. Он остался в доме друга до весны; когда сообщено было о прибытии в Фессалоники войск его врага Пизона, который должен был вскоре вступить в управление Македонией, Цицерон отправился в Диррахиум, чтобы в этом расположенном к нему городе ожидать своего возвращения в Рим. Всегда столь храбро говоривший Цицерон не умел с должным достоинством и мужеством переносить несчастье в изгнании. Безутешный плач в его тогдашних письмах, его отчаяние и безнадежность, его нетерпение в ожидании лучшего оборота дел производят весьма неприятное впечатление и представляют нам его человеком слабым, колеблющимся и легко ниспровергаемым. После 16 месяцев, полных горя и печали, ему вновь дозволено было вступить на почву Италии. Друзья изгнанника еще в 58 г. хлопотали об его возвращении, но напрасно; Клодий противился этому, даже силой, а Помпей отстаивал его слабо, так как Цезарь не хотел этого возвращения. Но в следующем году состав магистратуры был таков, что надежды Цицерона возросли. Уже 1 января новый консул П. Корнелий Дентул Спинтер внес предложение о восстановлении прав изгнанника, и большинство трибунов было за это предложение; Помпей теперь также желал возвращения Цицерона, чтобы использовать его против Клодия, сделавшегося опасным для него самого. Но насилие Клодия мешало решению сената и народа, пока, наконец, 4 августа предложение о возвращении Цицерона, поддерживаемое словами Помпея и вооруженной толпой трибуна Милона, было подтверждено в центуриатских комициях. На следующий же день Цицерон был в Брундизиуме и затем с триумфом проехал через Италию в Рим, куда он прибыл 4 сентября. Бесчисленная масса доброжелателей встретила его с восторгом и повела в Капитолий. На следующий день он в речи благодарил сенат, а затем и народ на форуме.