Теперь самые горячие желания Цицерона были исполнены, он с почетом возвращен в отечество; но положение дел таково, что он не может чувствовать себя счастливым. Сенат потерял значение; триумвиры господствуют в Риме; он сам не имеет власти, а Клодий угрожает даже его жизни. Из боязни перед этим предводителем шайки он тесно примыкает к Помпею и ищет дружбы Цезаря, который относится к нему предупредительно и отличает его. В 52 г. он, наконец, освободился от Клодия, которого убили слуги Милона. Цицерон защищает Милона перед судом, но не может спасти его от изгнания. В этот период, со времени его возвращения до 52 г., когда Цицерон не мог играть выдающейся политической роли, он посвятил свою деятельность главным образом ораторскому искусству в судах. В начале мая он оставил Рим и 31 июля вступил в управление своей провинцией в Лаодицее. Среди сопровождавших его четырех легатов находился и брат его Квинт, служивший несколько лет легатом при Цезаре в Галлии. С радостными ожиданиями встретила Цицерона провинция, немало натерпевшаяся при его предшественнике. И он не обманул ее ожиданий; он справлял свою должность с заботливой внимательностью и старался залечить раны, причиненные его предшественником. Все превозносили его справедливость и снисходительность, его ласковость и бескорыстие. При этом он имел случай выступить и в качестве полководца. Первоначально он снарядил и подкрепил свое войско с целью стать против парфян, перешедших Евфрат и угрожавших Киликии и Сирии; но так как парфяне не продвинулись до Киликии, то он направил свои войска против хищнических племен в Амане. Он разрушил их укрепления, их самих истребил и был своим войском провозглашен императором. После того он покорил в так называемой свободной Киликии крепость Пинденис. Добыча от этих набегов, равно как и добровольные подарки со стороны общин и государственных откупщиков, доставила ему сумму в 2 200 тыс. сестерций, которая весьма пригодилась ему при его тогдашних денежных затруднениях. С окончанием своего служебного года он поспешил оставить провинцию, хотя проконсул в Киликию еще не был назначен, и отправился в Италию, куда не переставал стремиться душой. Но уже дорогой полученные им известия о положении дел в Риме исторгли у него восклицание: «О, как бы я желал быть теперь в своей провинции!»
Цицерон прибыл к стенам Рима 4 января 49 г. и попал «прямо в разгар гражданской усобицы»: борьба между Помпеем и приверженной к нему сенатской партией, с одной стороны, и Цезарем – с другой тогда именно грозила перейти в междоусобную войну. Из-за военных подвигов его в Киликии Цицерон питал надежду на триумф и поэтому остался за городом со своими ликторами, носившими пучки, перевитые лаврами; но среди бурь честолюбивые его надежды рушились, хотя он целый год водил с собой своих ликторов. Когда вспыхнула война, он после некоторого колебания примкнул к Помпею, так как он с этой стороны все же надеялся прежде всего на сохранение республики, которую Цезарь, видимо, намеревался сокрушить. Цицерон последовал за Помпеем в Грецию, хотя и не одобрял его бегства и его образа действия вообще и ждал мало добра для государства от победы оптиматской партии; но во время битвы при Ферсале он лежал больной в Диррахиуме. После этого сражения он считал борьбу конченной. На совещании, которое вожаки побежденной партии имели между собой в Корцире, он отклонил от себя предложение Катона принять главное начальство над войском, и в то время как большинство помпейцев обратилось в Африку, он вернулся в Италию, где в самом угнетенном настроении ожидал в Брундизиуме возвращения Цезаря из Египта. Когда же последний в начале сентября 47 г. высадился, наконец, в Таренте, то Цицерон поспешил ему навстречу, чтобы установить с ним мир. Цезарь отнесся к 66-летнему мужу, все еще пользовавшемуся большим почетом, с дружеской предупредительностью. Когда Цицерон стал к нему подходить, то Цезарь оставил свои носилки и обнял его; затем он с одним Цицероном пошел впереди других и долго с ним совещался. И с тех пор он всегда относился к нему, говорит Плутарх, с уважением и любовью.