Но Цицерон не мог свыкнуться с новым порядком вещей. Сердце его было привязано к прошедшему, к республике, спасение которой было самым славным делом его жизни; владычество одного – хотя бы этот один и был наилучшим, хотя бы этот владыка и относился к нему с возможной мягкостью и внимательностью – было противно его внутреннему чувству, огорчало его, тем более что он после продолжительного блестящего поприща был осужден на бездействие, обречен на роль незначительную. К тому же и несчастные семейные обстоятельства, как развод с его супругой Теренцией, разлад с его братом и всего более смерть его любимой дочери Тулии причинили ему немало горя и печали. Поэтому он удалился от общественной жизни и проживал большей частью на своих виллах, где в тихом общении с природой и с науками искал развлечения, утехи и покоя. В особенности он много занимался философией, которой был предан смолоду. В эти годы он писал чрезвычайно много; так, к этому времени относятся книги «О крайних пределах добра и зла» (de finibus bonorum et malorum), «Академические исследования» (Academica), «Тускуданские рассуждения» (Tusculanae disputationes), «О природе богов» (de natura deorum), «О нравственных обязанностях» (de officiis), посвященные учившемуся в Афинах сыну и др., а также сочинения риторического содержания. Лишь изредка являлся он в город, чтобы защищать перед Цезарем того или иного из своих друзей или прежних единомышленников, таких как Марцелл, Лигарий, Дейотар.
Когда 15 марта 44 г. диктатор Цезарь пал под кинжалами заговорщиков, престарелый бывший деятель возрадовался заре новой свободы. Его считали главнейшим представителем республики и сенатского правления, и потому убийцы после своего кровавого дела и обратились к нему в курии; но его несправедливо обвиняют в том, будто тайна заговорщиков была ему известна. Он, однако, тотчас же стал открыто на сторону «освободителей» и был в числе тех, которые в тот же день вечером прибыли к ним в Капитолий. 17 марта он особенно добивался в сенате, чтобы убийцам дарована была амнистия. Свои выспренные надежды на восстановление республики Цицерон возлагал на Брута и Кассия; но вскоре он начинает сетовать на неумелость и бестолковость тех, кто именовали себя спасителями отечества, и с тоской предвидит новую междоусобную войну. Когда Антоний захватил власть в свои руки и Цицерон не был уверен более в своей безопасности со стороны партии Цезаря, то он оставил Рим и в течение пяти месяцев в нерешительности и беспокойстве, с мыслью бежать в Грецию, странствовал по Италии и Сицилии, пока, наконец, тревожные известия о положении дел в Риме и о дурном впечатлении, вызванном там его бегством, не заставили его вернуться. Став теперь во главе сената, он с необычайной деятельностью и всей силой своей речи ратовал против Антония. Против него он с сентября 44 г. по апрель 43 г. произнес свои 14 филипийских речей. Еще раз на короткое время Цицерон пользовался в Риме могущественным влиянием, не меньшим, чем во время своего консульства. Он настоял на том, чтобы Антоний, желавший отобрать у Д. Брута Цизальпинскую Галлию, был предан опале и чтобы республика выступила против Антония войной. Но он сделал промах, когда молодого Октавиана, сумевшего льстить ему и звавшего его отцом, выставил бойцом за сенат и отправил его в качестве пропретора с консулами в поход против Антония, предполагая иметь в нем опору свободы и поборника республики. Он вскоре убедился в своей ошибке. Октавиан заключил с Антонием и Лепидом триумвират для истребления убийц Цезаря и уничтожения республики, Имя Цицерона было в числе первых попавших в проскрипционный список. Не один только Антоний в своей ненависти домогался его смерти – глава республиканской партии должен был погибнуть, дабы союзники могли достигнуть своей цели.