Еще одно «недоразумение», возникшее среди египтологов по поводу сведений Манефона о гиксосах, связано с пониманием самого переданного им именования этого народа. Манефон ясно говорит, что оно означает «цари-пастухи», и на основании этого первые исследователи еще в XIX в. соотнесли его с египетским словосочетанием «хекау шасу» («правители кочевников» или «правители-кочевники»). Позднее, однако, в науке укрепилось мнение, что в основе именования «гиксосы» лежит словосочетание «хекау хасут» – «правители чужеземных стран». Вернуться к прежнему истолкованию этого слова помогли сведения средневековых арабских авторов о том, что в истории Египта был период владычества династии амалекитов. Этот народ, хорошо известный и по Библии, обитал в районе Синайского полуострова, где, согласно египетским источникам Нового царства, как раз и жили племена шасу. Таким образом, именование «гиксосы», правильно истолкованное Манефоном, обозначает не просто «род занятий» этого покорившего Египет народа, но и его этническую принадлежность и место первоначального обитания.
Итак, гиксосский союз племен сформировался во главе с народом шасу, или амалекитами, на Синайском полуострове в конце XVIII в. до н. э. Основную его массу составляли кочевые племена западных семитов, однако в результате масштабных переселений народов, шедших по всему Ближнему Востоку в предшествующие десятилетия, в него вошли и хурриты, и, возможно, даже небольшие группы индоевропейцев (индоариев). Именно индоевропейцы принесли на Ближний Восток навыки конного дела – лошадь и боевые колесницы появились в Египте непосредственно с приходом гиксосов. В начале XVII в. до н. э. гиксосы подчинили себе земледельческие области Южной Палестины (там их оплотом стала крепость Шарухен) и затем уже заселенную родственными им азиатами область Авариса. Около 1680-х гг. до н. э. гиксосы установили свою власть над всем Египтом (Манефон сообщает, что это произошло при их царе Салитисе).
Верховная власть гиксосских правителей оформилась в полном соответствии с египетской традицией. Гиксосские цари, утвердившиеся в Аварисе, стали принимать египетскую титулатуру и в дальнейшем включались в XV царскую династию. Их власть была признана не только на всей территории долины Нила, но и южнее, в Нубии (Куше), где после падения Среднего царства сложилось самостоятельное, объединившее весь этот регион, государство с центром в районе Кермы (3-й порог Нила), которое признавало вассальную зависимость от гиксосов. Кроме того, на пике своего могущества во 2-й половине XVII в. до н. э., при царе Хиане, гиксосы поставили в зависимость от себя мелкие государства Восточного Средиземноморья. Об этом, в частности, свидетельствуют многочисленные находки скарабеев с именами гиксосских правителей.
Судя по всему, северным пределом сферы их влияния в регионе была большая излучина Евфрата. Аварис, Восточная Дельта, район Синая и Южной Палестины, а также часть долины Нила в его среднем течении (до города Кус на юге) подчинялись гиксосским царям напрямую; остальные территории находились под властью местных правителей, считавших себя их вассалами. Из египетских богов гиксосы особенно почитали в своей столице Аварисе Сета, считавшегося покровителем чужеземных стран. В какой-то мере почитание этого бога врагами-чужеземцами содействовало его превращению со временем в наиболее мрачную фигуру египетской религии.
В Западной Дельте при гиксосах какое-то время, по-видимому, продолжала править XIV династия. В Южном Египте на всем протяжении гиксосского владычества существовали другие самостоятельные образования. Центром самого сильного из них были Фивы, где правили потомки XIII династии. До некоторых пор все без исключения малые правители Египта признавали высшую сакральную царскую власть аварисских гиксосов – XV династии, по Манефону.
Усиление фиванского дома стало беспокоить гиксосских царей. Согласно легенде, записанной спустя несколько веков, один из них – Апопи II Аакененра – отправил к фиванскому царю Секененра посольство с причудливым требованием унять нильских гиппопотамов, которые своим шумом близ Авариса якобы не давали гиксосскому царю заснуть. Конец этой истории не сохранился: похоже, по общим закономерностям такого рода фольклорных историй Секененра придумал какой-то находчивый ответ Апопи, и тот был вынужден оставить Фивы в покое. Однако состояние найденной археологами мумии Секененра со следами тяжелых ранений свидетельствует, что он пал в бою, возможно, с преемником Апопи, царем Апопи III Ааусерра, правившим примерно с 1560-х гг. до н. э.