Первые признаки нетерпимости к старым культам появились около 1356 г. до н. э., когда на многих старых надписях стали стирать имя прежнего верховного бога Амона, а в Ахетатоне перестали возводиться новые памятники с именами традиционных богов. Около 1353 г. до н. э. нетерпимость перешла в преследование – последние следы этих имен исчезли из культа Атона; имена Амона и некоторых других старых богов стали истреблять во многих местах (особенно рьяно – в Фивах). Наконец, истребляется в старых и выходит из употребления в новых надписях само слово «бог» (егип. нечер). Теперь Атон и его сын и соправитель Эхнатон именуются только правителями.
Понятно, что на этом этапе не могло идти речи о том, чтобы царь, хотя бы чисто формально, продолжал возглавлять совершение каких-либо ритуалов за рамками культа Атона. Подобные действия никак не могут означать неверия Эхнатона в существование традиционных богов: в таком случае он должен был бы отнестись к сохранению их почитания с полным равнодушием. Напротив, они показывают, что царь всегда видел в богах вполне реальную силу, заведомо менее благую, чем Атон, но на первых порах терпимую (прежде всего ради того, чтобы не обрушивать на себя их гнев). Лишь со временем ему стала ясна несовместимость старой религии с почитанием Атона и необходимость жесткой борьбы с ней, невзирая на связанную с этим угрозу гнева традиционных богов. Вряд ли к выводу о необходимости этого Эхнатон мог прийти чисто умозрительным путем, в ходе эволюции его представлений об Атоне, тогда бы он осознал это гораздо раньше. Более вероятно, что причиной послужили какие-то реальные события, истолкованные как немилость Атона за компромисс со старыми культами и повеление порвать с ними полностью.
Именно в связи с этим стоит обратить внимание на ситуацию в азиатской сфере влияния Египта в конце 1360-х – 1350-е гг. до н. э., которая представляла собой настоящую внешнеполитическую катастрофу. В конце 1360-х гг. равнодушие Эхнатона к внешнеполитическим делам подорвало важнейший устой «амарнского мирового порядка» – согласие Египта и Митанни; около 1360 г. между ними началась война, и митаннийский царь Тушратта отобрал у Египта практически все его владения в Сирии. Около 1355 г. до н. э. эти территории перешли уже от Митанни к Хеттскому царству, правитель которого Суппилулиума I нанес Тушратте тяжелейшее поражение, после чего тот потерял власть и был убит. Таким образом, соседом Египта в Азии становится новая и очень агрессивная держава.
Жертвами завоеваний или внутренних неурядиц стали многие мелкие правители Восточного Средиземноморья, еще признававшие свою зависимость от Египта. Наконец, несмотря на отсутствие поводов к прямым разногласиям, охладели прежние союзнические отношения Египта с Вавилоном. Вряд ли случайно, что важнейшей частью пышного празднования юбилея царствования Эхнатона примерно одновременно с полным разрывом со старыми культами был прием царской четой дани от представителей подвластных Египту стран Азии и Нубии. Видимо, эта церемония явно была призвана скомпенсировать в восприятии подданных Эхнатона бедственное реальное положение дел в Азии.
Характерно, что в так называемой Реставрационной стеле, составленной при втором преемнике Эхнатона Тутанхамоне и сообщающей о возрождении традиционных культов, главным следствием их забвения и последовавшего гнева богов признавалось именно падение египетского влияния в Азии. Аналогичным образом этот внешнеполитический кризис мог объяснять и Эхнатон – только он должен был, конечно, объяснять его гневом не старых богов, а как раз Атона. Самой главной причиной такого гнева вполне могло быть сочтено слишком длительное сохранение враждебных солнечному диску традиционных культов.
Разрыв с традиционными египетскими культами был далеко не столь полным и всеобщим, как этого хотелось Эхнатону. Хотя имена старых богов были преданы полному забвению в его столице, посвященные им памятники встречаются и после 1353 г. до н. э. даже в таком крупном центре, как Мемфис, и тем более в мелких городах. Запрет почитания старых богов был непонятен простым египтянам, привыкшим видеть в них залог стабильности страны, и должен был вызвать протест у значительной части элиты. Неудивительно, что религиозная реформа Эхнатона ненадолго пережила своего основателя, просуществовав лишь в течение двух лет правления его преемника Сменхкара (1349–1348 гг. до н. э.). Уже в конце его царствования культы Амона и других старых богов были восстановлены, а после вступления на престол следующего царя, Тутанхатона («Живой образ Атона»), царский двор покинул Ахетатон, и почитание Атона прекратилось. В связи с этим было, в частности, изменено имя царя, который стал называться Тутанхамон («Живой образ Амона»), а также его жены Анхесенпаатон («Живет она для Атона») – на Анхесенамон («Живет она для Амона»).