Вскоре после этого возгорелась так называемая первая священная война, продолжавшаяся с 355 по 346 год. Фокийцы, присужденные Амфиктионовым судом к огромной денежной пене за присвоение принадлежащего Дельфийскому богу участка земли при Кирре, предвидя вооруженное на себя нападение, насильственно завладели Дельфийским храмом, заведование которым еще прежде было отнято у них дельфийцами, и рассчитывали на доходы от него, чтобы набирать наемное войско. Возбужденные фиванцами, судьи Амфиктиона подняли всю Элладу на войну с фокийцами. Сначала воевали с ними только фиванцы и фессалийцы, но мало-помалу была вовлечена в эту войну большая часть государств Средней и Северной Греции, а между тем в Пелопоннесе старые враги подняли оружие против Спарты, которая также присуждена была Амфиктионовым судом к денежной пене за занятие Кадмеи Фивидом. В Фессалии находились Дикофрон и брат его, тираны Фер, союзники фокийцев; это дало повод Филиппу вмешаться в войну и вступить в Дельфы в качестве защитника национальной греческой святыни. Он победил в Фессалии фокийского полководца Фаилла, но затем был разбит в двух сражениях братом Фаилла, Ономархом. В третьей битве, однако, он совершенно разбил Ономарха, который был при этом убит вместе с 6000 фокийцев, и 3000 были захвачены в плен (352). Филипп приказал бросить в море пленных, как осквернителей храма, а труп Ономарха — повесить. Разыграв таким образом роль мстителя за греческую религию, он вознамерился сам проникнуть в Фокиду через Фермопилы, но на этот раз был здесь отброшен приспевшим афинским флотом.
Видя себя, таким образом, отрезанным с юга, Филипп обратил свою деятельность к северу. Он сделал новые приобретения во Фракии; очередь дошла наконец до Олинфа, главы городов Халкиды. Меньшие союзные с Олинфом города Халкидики были вскоре завоеваны; тогда уже Филипп стал перед стенами Олинфа. Олинфийцы оказали ему упорное сопротивление и обратились к афинянам, с которыми уже прежде заключили союз против Филиппа, требуя скорой помощи. Афиняне, подвигнутые настоятельными убеждениями Демосфена, послали помощь, но раздробленную на три отдельные отряда, так что когда третий отряд дошел до Олинфа, город нельзя уже было спасти. После осады, продолжавшейся почти целый год и стоившей Филиппу множества людей, город был взят, благодаря измене двух граждан — Ласфена и Эвфикрата. Филипп часто сражался серебряными копьями, чему давала повод и случай испорченность тогдашних нравов. «Нет такой высокой и крутой городской стены, — говорил он обыкновенно, — чтобы осел, нагруженный золотом, не мог перешагнуть через нее». Город был сравнен с землей; все, что избегло меча, было отведено в рабство. Филипп ознаменовал завоевание города блистательными празднествами. Теперь только считал он владычество свое на севере вполне обеспеченным. Он часто говаривал, что или олинфяне должны удалиться из своего города, или он из Македонии. Когда Ласфен и Эвфикрат явились к ему в лагерь, чтобы получить вознаграждение за свою измену, воины называли их негодяями и изменниками. Они принесли на это жалобу самому царю. Он отвечал им: «Не оскорбляйтесь этим. Македоняне — люди грубые и простые; они каждую вещь называют настоящим ее именем», — и отдал их на произвол воинам, которые умертвили их.
Олинф пал в 348 году; два года спустя пала и Фокида. После уничтожения Олинфа Филипп предложил мир афинянам, чтобы иметь возможность беспрепятственно проникнуть в Фокиду через Фермопильское ущелье. Из всех его противников одни только афиняне могли еще воспрепятствовать движению его в Среднюю Грецию. Афиняне надеялись посредством мира спасти владения свои во фракийском Херсонесе, которые одни только и оставались за ними, и включить в мирные условия фокийцев, чем могло бы быть отвращено вторжение Филиппа в Среднюю Грецию, а потому вступили в переговоры о мире и дали клятву соблюдать его ненарушимо. Филипп же с умыслом медлил со своей клятвой, поддерживаемый в этом присланными к нему для отобрания присяги афинскими гражданами, которых он отчасти подкупил; медлил до тех пор, пока достиг исполнения своих замыслов во Фракии и привел свое войско к Фермопилам. Фокийцев он исключил из проекта мирных условий и повел свои войска через Фермопильское ущелье в то самое время, когда афинские послы возвратились в свой город. Фалек, сын Ономарха, который занимал своим отрядом Фермопилы, пропустил македонян через ущелье. Соединясь с фиванским войском, Филипп вторгнулся в Фокиду, жители которой не посмели ему противиться. По требованию его, судьи Амфиктиона постановили приговор над фокидцами; города их были мастью разрушены, частью обращены в открытые местечки; городские общины их уничтожены и целые толпы жителей переселены в Македонию. У них отняли оружие и обложили их ежегодной податью до совершенного возвращения сделанных из храма похищений. Оба голоса, которые они имели на Амфиктионовом судилище, были предоставлены царю македонскому. Таким образом Фокида перестала существовать в Греции как самостоятельное государство; с этих пор Филипп не считался более иноземцем и варваром, а сделался равноправным членом в совете эллинов и приобрел законное влияние на судьбы Греции.