В это время персидский царь Дарий предпринял свой великий поход против европейских скифов на Черном море, на север от Дуная (Истр). Важнее ста тысяч азиатцев, которых перс вел теперь в первый раз на европейскую почву, были для него в этом походе услуги его греческих подданных. Они доставили ему корабли, 600 трехвесельных судов с опытным на море экипажем. Мандрокл Самосский со своими помощниками выстроил для него мост через Босфор, по которому перешло во Фракию бесчисленное войско персов с лошадьми и вьючными животными. Греческий флот поплыл чрез Понт в Дунай и навел на этой реке мост для сухопутной армии, чтобы открыть Дарию страну скифов. Все, что позволяли греческие силы и знания, было ревностно исполняемо для персов. Тираны городов, бывшие в походе вместе со своими воинами, старались отличиться друг перед другом и заслужить благодарность и награду от могущественного владыки, державшего их судьбу в своих руках. Народ, со своей стороны, был тоже одушевлен этим предприятием, потому что подчинение берегов столь важного для их мореплавания и торговли Понта обещало расширение их торговых операций и безопасность их колониям на этих берегах. Гистией, в высшей степени честолюбивый и эгоистический человек, из собственных интересов горячо преданный персидскому владычеству, был самым услужливым в совете и на деле старался, где только мог, обратить на себя внимание своего повелителя.
Пройдя и покорив Фракию и страну Гетов, Дарий переправился со своей армией через Дунайский мост, охрану которого при вторжении в землю скифов поручил греческим тиранам с их контингентами. Он дал им ремень с 60 узлами и сказал: «С этого дня развязывайте ежедневно по одному узлу, и если я не явлюсь к тому времени, как развязан будет последний узел, вы возвратитесь в свое отечество; но до тех пор стерегите понтонные мосты и употребите все ваше усердие для их зашиты и охранения». В случае если бы он не возвратился снова к Дунаю, Дарий рассчитывал пройти в свою землю по восточной стороне Черного моря.
Поход Дария совершенно не удался. Скифы заманили его армию в бесконечные степи, и когда он, не сделав ничего, повернул было назад, то сбился с дороги и не мог явиться к назначенному сроку. Зашедшие вперед скифы потребовали у греческих начальников разрушение моста, имея в виду погубить царя со всем его войском. Тираны держали совет. Мильтиад, афинянин, бывший тираном в Херсонесе фракийском и принужденный подчиниться Дарию, говорил за разрушение моста, ибо вследствие погибели царя и его армии персидское господство получило бы такой удар, что на будущее время уже ничто не могло бы угрожать свободе греков. Но против этого восстал Гистией и доказал тиранам, что их собственная власть в городах держится только при помощи персидского владычества, что уничтожение персидской армии есть в то же время и их собственное уничтожение. Его мнение взяло верх, и Дарий был спасен Гистиеем. Он быстро отступил за мост, но скоро должен был очистить и фракийскую страну, куда последовали за ним искавшие мщения скифы. Его полководцу Мегабазу стоило еще несколько лет труда, пока он снова принудил к покорности народы Фракии. Царь македонский, Аминт, тоже присягнул в верности Дарию, так что персидское господство, по крайней мере по имени, расширилось до северных границ Греции.
Возвратившись через Геллеспонт в Сарды, Дарий вспомнил о благодеянии Гистиея; он призвал его к себе и позволил ему просить у себя какой угодно награды. Гистией выпросил себе миркинскую область во Фракии, чтобы основать там милетскую колонию. Страна эта изобиловала корабельным лесом, серебром и золотом и имела превосходные гавани и бухты; она лежала почти совсем вне персидских владений. У большого озера, через которое река Стримон протекает в море, находился город Миркин. Гистией расширил его, обнес высокими, крепкими боевыми стенами и мечтал уже о подчинении соседних городов и фракийских племен, о господстве над всем фракийским морем; но поблизости тут проходил Мегабаз, полководец Дария; он видел огромные приготовления Гистиея и в нем зародились подозрение о намерениях честолюбивого человека. Возвратившись в Сарды к Дарию, полководец рассказал, что видел, и советовал царю сделать Гистиея безвредным. Царь призвал грека к себе и сказал ему: «Я убежден, что нет сокровища драгоценнее умного и благонамеренного друга; двумя поступками ты доказал мне это на деле. Я предлагаю тебе, поэтому следующее: не езди в Милет и в новопостроенный город во Фракии, а ступай со мной в Сузу, раздели со мной все, что я имею, и будь моим всегдашним товарищем за столом и в совете». Гистией последовал за Дарием в Сузу, но скоро понял, что при дворе царя под видом почести был только пленником.