Вследствие неудачи этого предприятия Аристагор находился в опасном положении; в лучшем случае он мог ожидать потери тирании и конфискации его имущества. В то время, когда он находился в таком затруднительном положении, не зная, что предпринять, он получил известие из Сузы от своего тестя, Гистиея. Гистией с нетерпением переносил свой бездеятельный плен; он сильно рвался в отечество, в греческое море. В случае если бы поднялось восстание ионян, он надеялся добиться от царя того, чтобы тот послал его в отечество для усмирения этого восстания. Поэтому Гистией решился письмом побудить своего зятя произвести восстание. Письмо, чтобы его не открыли, было написано особым способом. Он наголо остриг голову своему вернейшему рабу, нацарапал на ней свое воззвание к восстанию, приказал ему снова отрастить волосы и тогда уже послал к Аристагору в Милет.
Получив это странное письмо, Аристагор имел тайное совещание со своими друзьями. Между ними был также милетец Экатей, известный у греков как историк и совершавший далекие путешествия, человек отличного ума и больших знаний. Он советовал не производить восстания, потому что считал недостаточными средства ионян ввиду ресурсов богатого, обширного персидского государства, когда же его мнение не было принято, то дал совет всеми мерами стараться о приобретении для войны денег. С этой целью милетцы должны были взять и обратить в деньги сокровища храма Бранхидского Аполлона и между ними богатые подарки Креза, так как иначе все равно рано или поздно храм этот попадет в руки персов. С ним не согласились и на этот раз.
Аристагор отказался теперь от своей тирании и призывал милетцев и всех вообще ионян к свободе. Все было готово к отпадению; велика должна была быть ненависть греков к персам, а свобода всегда была драгоценна в их глазах. К ионянам присоединились эоляне и доряне и все вообще греки азиатских берегов; Кипр и некоторые из малоазиатских варварских племен тоже восстали. Тираны греческих городов при самом же начале восстания были схвачены; друг Аристагора отправился к флоту, бывшему еще в сборе после возвращения от Наксоса, возмутил матросов и овладел находившимися на кораблях тиранами; они были выданы отдельным городам, но те дали им свободу, только жители Лесбоса вывели своего тирана Кеса за город и побили камнями.
Восстание началось еще с осени 500 года. Зимой нужно было подумать о том, чтобы быть готовыми к борьбе следующей же весной. Аристагор отправился зимой в греческую метрополию, чтобы там приобрести союзников. Он прибыл в Спарту, сильнейшее государство Греции, и обратился за помощью к обоим царям, Клеомену и Димарату, и к эфорам. Он употреблял все свое красноречие, чтобы поставить на вид спартанцам выгоду такой войны и честь освобождения своих единоплеменников; представлял персов трусами, которых легко можно победить; показывал медную доску, на которой вырезан был весь земной шар с персидским государством, — первая географическая карта, какую видели в Спарте, — и вообще говорил многое, что было противно истине. Наконец, когда его спросили, долго ли нужно идти до главного неприятельского города, Сузы, завоевание которого он имел в виду, он неосторожно ответил: три месяца, и тем испортил все дело. Спартанцы устрашились такой отдаленной войны и повелели Аристагору до заката же солнца оставить город. Прежде чем уйти из города, он еще раз попытал счастья у Клеомена. Подобно богомольцу, явился он к Клеомену в дом с оливковой ветвью в руке. Он делал большие обещания, предлагал ему сначала 10, потом 20, 30, наконец, 50 талантов. Тогда маленькая дочь царя, девочка 8 или 9 лет, по имени Горго*, случайно находившаяся в комнате, со страхом сказала отцу: «Батюшка, этот иностранец подкупит тебя, если ты не оставишь его и не уйдешь отсюда!» Клеомен обрадовался совету ребенка и ушел в другую комнату.
*Впоследствии жена павшего при Фермопилах царя Леонида.
Из Спарты Аристагор отправился в Афины. Здесь он был счастливее. Афиняне, которые в азиатских ионянах видели своих близких соплеменников, а в Милете свою колонию, решились послать в Азию 20 кораблей под главным начальством Мелантиеса. Эретрийцы с Эвбеи, точно так же единоплеменные ионянам и обязанные милетцам за их прежнее союзничество, равным образом послали 5 кораблей.
Лишь только афиняне и эретрийцы весной 499 года достигли Эфеса, они вместе с ионянами по Кавстру через Тмол отправились на Сарды, главный персидский город в Малой Азии, чтобы быстрым нападением предупредить персов и тем, может быть, побудить к отпадению и лидян. Наместник Артаферн был совершенно ошеломлен; его войска были на пути к главному городу, но еще не прибыли туда. Сарды были взяты греками; персидский гарнизон отступил в укрепление. Во время вторжения в город один греческий солдат бросил под крышу огонь, и так как в Сардах все дома были покрыты тростником, то пожар скоро распространился на весь город. Лидяне, на поддержку которых рассчитывали, были раздражены уничтожением своего главного города и священного храма Кибеды, соединились с персами, взялись за оружие, и среди пожара началась кровавая борьба. Греки отступили к Тмолу и в ту же ночь снова возвратились к морскому берегу.