Персидские войска со всех сторон были стянуты туда же. Недалеко от Эфеса они встретили неприятеля и дали ему сражение. Греки были разбиты, и афиняне возвратились домой.
В следующие годы дела азиатских греков шли все хуже и хуже. Афиняне их покинули, остров Кипр, на союз с которым возлагались большие надежды, был побежден персидским оружием, персидская пехота и финикийский флот завоевывали город за городом и покрыли морские берега дымящимися развалинами. Наконец сухопутная и морская война сосредоточилась у стен Милета. Греческий флот, все еще состоявший из 353 линейных кораблей, расположился весь у небольшого островка Ладе перед Милетом; против него находился персидский флот в 600 кораблей из Финикии, Египта и других приморских стран. Греки, при своем знании морского дела, могли бы вступить в сражение и с гораздо превосходнейшим неприятелем, если бы они были единодушны и состояли под одним общим начальством. Предводитель из Фокеи, Дионисий, убедил их в этом и был поставлен во главе всего флота, Ежедневными усиленными эволюция ми он старался приучить матросов к битве и возбудить в них воинственный дух; но после 8 дней истощилось терпение легкомысленных моряков. «Какого бога мы оскорбили, — говорили недовольные, — что этого хвастуна из Фокеи сделали своим главнокомандующим, который мучит нас невыносимыми пытками? Лучше переносить все другое и вместо настоящего рабства ожидать будущего». Они отказались повиноваться Дионисию и снова лениво растянулись на берегу.
Скоро наступил решительный день, необходимо было дать сражение персидскому флоту при Ладе. Когда дело дошло до горячего боя, 49 самосских кораблей, стоявших на правом крыле, неожиданно покинули боевую линию; они тайно были подговорены к измене Эаком, племянником бывшего тирана Поликрата, находившегося в персидском лагере и рассчитывавшего на тиранию в Самосе. Вследствие этого отпадения было проиграно сражение, в котором храбро дрались фокейцы, хиесцы и милетцы.
Весной следующего 496 года Милет был заперт также и с моря. Он держался еще до лета 495 года, когда стены его были разрушены и город взят штурмом. Большая часть мужчин пала в битвах, жены и дети были отведены в рабство, город разграблен и сожжен. Оставшиеся мужчины были отведены в Сузу в качестве военнопленных и получили от Дария место жительства в Ампе, недалеко от устья Тигра. Милет, правда, впоследствии снопа населился, но прежнее величие его исчезло. В продолжение одного года, до 494 года, все греческие города на азиатских приморских берегах снова подчинились владычеству персов, но большая часть их была опустошена и лишена населения; процветание Ионии было навсегда уничтожено этим ударом.
Аристагор, причинивший своим землякам все эти бедствия, чтобы только спасти свою особу, бежал еще на третьем году восстания (498), как скоро увидел, что дело его потеряно. Он передал управление делами в Милете Пифагору и удалился в Миркин, колонию своего тестя, чтобы там играть роль барина. Себялюбивый трус скоро нашел там заслуженную награду: в 497 году он был убит при осаде одной фракийской крепости.
Не лучший конец ожидал и Гистиея, другого виновника ионийского восстания. В 497 году он убедил наконец, царя Дария послать его в Малую Азию для того, чтобы уладить дела о восстании в интересах персов. Он тотчас же явился в Сарды к Артаферну; но тот проник в намерение хитрого изменника и сказал ему в лицо: «Ты сшил башмак, Аристагор надел его». Гистией в следующую же ночь неожиданно бежал в море и переправился в Хиес. Хиесцы заковали в цепи подозрительного человека, царского товарища за столом, но освободили после того, как он объявил себя виновником восстания. После неудачного покушения на жизнь опасного ему Артаферна Гистией отправился в Милет; возвращением этого города он мог снова попасть в милость у царя. Но жители Милета заперли перед ним ворота. Теперь он опять пустился в море, добыл себе несколько кораблей и занимался морским разбоем против греков и персов, пока наконец не попал в руки Артаферна. Этот последний приказал его распять на кресте и послал его голову к царю в Сузу. Дарий сожалел о смерти человека, который ему и персам оказал некогда большие услуги, и приказал похоронить его голову.