Дарий, однако же, не покидал своих планов относительно Греции. В 491 году все приморские города персидского царства получили повеление приготовить свои военные суда и построить транспортные для лошадей. Во избежание трудностей и опасностей на северном море теперь предполагалось плыть от азиатских берегов по Эгейскому морю, мимо Кикладских островов, прямо к Эвбее и Аттике, и дорогой покорить Киклады. Но предварительно Дарий отправил послов на острова и европейский материк с приказанием требовать земли и воды, в знак подчинения. Жители островов дали землю и воду; то же сделали и многие города на материке; но раздраженные спартанцы бросили персидских послов в колодезь, насмешливо прибавив, что здесь они найдут для себя и землю, и воду, а афиняне, по предложению Мильтиада, свергли их в Варафрон — пропасть, в которую обыкновенно бросали преступников! Такое нарушение международного права повело к разрыву с персами.
Персидский флот, который должен был принять на себя сухопутную армию с бесчисленной конницей, собрался весной 490 года в Киликии. В нем было 600 трехвесельных судов. Во главе войска Дарий поставил Артаферна, меньшего сына своего брата Артаферна, наместника Сард, а в советники ему назначил пожилого человека из Лидян, по имени Датис. «Идите на Грецию, — говорил им Дарий, — поработите этих упрямцев и приведите их ко мне». Флот двинулся от Самоса через Киклады. Наксос, так храбро выдержавший прежде нападение персидского флота, под начальством Аристагора, был опустошен, а город его был предан огню; напротив того, Делос, остров лучезарного Аполлона, был пощажен и даже удостоился почестей, потому что персы считали свет верховным божеством. Остальные острова были наказаны, и флот направился к Эретрии. В течение шести дней стены города безуспешно были штурмованы; на седьмой день два знатнейших человека, Эвфорб и Филагр, предали свой отечественный город варварам. Он был разграблен и сожжен, остаток жителей обращен в рабство.
Отправив пленных и раненых эретрийцев на маленький остров Эгилею в Эвбейском проливе, персидское войско, руководимое Иппией, высадилось на берег Аттики, в Марафонском округе, несколько в стороне от Эвбеи. В Марафонском округе Писистратиды имели некогда самых верных приверженцев, и Иппия рассчитывал, что к нему немедленно присоединятся все и что он, как то было 48 лет тому назад, при его отце, быстро и победоносно пройдет отсюда в Афины. Как только корабли пристали к берегу, армия тотчас же нашла место, удобное для лагеря и для того, чтобы вытащить суда на сушу. Артаферн разбил свою палатку на возвышенности, у морского берега, в северном углу Марафонской равнины, откуда можно было сразу обозреть все поле.
Стотысячная армия страшного воинственного народа расположилась лагерем на аттической земле и опустошала берега вверх до самой Виотии; бежавшие поселяне толпами устремились в главный город, распространяя повсюду смятение и ужас. Но о переговорах, о подчинении не думал никто; было решено защищать свободу и отечество до последней крайности, хотя нельзя было рассчитывать на какую бы то ни было поддержку от ближайших соседей, которые отчасти даже держали сторону персов; помощь Спарты была далека и сомнительна. Спасение нужно было ожидать от собственной храбрости, благоразумия и единодушия людей, стоявших во главе войска. Десять стратегов или предводителей, выбираемых ежегодно из 10 фил, составляли вместе с архонтом-полемархом — главнокомандующим — военный совет, причем каждый предводительствовал гоплитами своей филы. В числе таких предводителей в настоящем году были лучшие из афинян — Каллимах (он был полемархом), Аристид, Фемистокл, Стесилай, Мильтиад. На Мильтиада в настоящих затруднительных обстоятельствах обращены были все взоры. Он был известен за человека великой опытности, за храброго и умного предводителя; в прежнее время он имел достаточно случаев ознакомиться с образом войны и с вооружением персидской армии; притом он уже доказал на Дунайском мосту, до какой степени была близка его сердцу свобода греков и его отечества. Мильтиад был жестоким врагом персов и привезенного ими Иппии; после своего поступка на мосту, после завоевания Лемноса, которым владели персы, после умерщвления; персидских послов, он не мог ожидать для себя от варваров ничего хорошего. Мильтиад был за борьбу до последней крайности; он надеялся, что греческое мужество победит дикие полчища азиатцев, и его решительность, его уверенность наполняли радостью сердца афинян.
Лишь только пришло в Афины известие о высадке персидского войска на Марафоне, военный совет решил послать в Спарту скорохода, по имени Фидиппида, с просьбою о помощи. Фидиппид в два дня прошел 28 миль от Афин до Спарты и сказал перед тамошним советом: «Лакедемоняне! Афиняне просят вас помочь им и не допустить, чтобы старейший город впал в рабство у варваров; Эретрия уже порабощена, и главный город Эллады в опасности». Спартанцы обещали свою помощь, но объявили, что раньше полнолуния не могут тронуться с места. Это безотрадное известие Фидиппид принес в Афины на пятый день после своего отхода. При самых благоприятных обстоятельствах спартанское войско могло явиться в Аттику только через 10 дней, но жертвенные знамения могли воспрепятствовать этому. Итак, нужно было решиться на что-нибудь без Спарты.