Кроме того, важным свидетельством происходивших изменений могут служить данные палеоботаники. Распространение сосны и других хвойных пород, пришедших на смену широколиственным лесам, начинается в Юго-Западной Японии 2000 лет назад, в Центральной Японии — 1500 лет назад и в Северо-Восточной Японии — 800–700 лет назад. Это соответствует последовательности распространения на территории Японии интенсивного земледелия, а также сопутствующего ему производству металла и керамики с высокотемпературным обжигом, что привело к вырубанию широколиственных лесов с последующим вытеснением их хвойными породами. Таким образом, «типично японский» пейзаж с обилием хвойных пород, столь богато представленный в искусстве и литературе этой страны, являет собой реалию сравнительно недавнего времени.
Археологический эксперимент показал, что обнаруженная гончарная печь этого времени потребляет в сутки около 10 тонн дров.
Серьезное археологическое изучение культуры рисосеяния началось в 1947–1950 гг., когда были осуществлены раскопки древних заливных рисовых полей в Торо (префектура Сидзуока). Было обнаружено более 50 полей общей площадью в 75 тысяч кв. м. (размер полей варьировался от 2396 кв. м. до 375 кв. м.). После этого рисовые заливные поля были открыты в самых разных частях страны (в настоящее время обнаружено более 230 мест возделывания риса, относящихся к периодам яёй и кофун).
Может быть, самой впечатляющей находкой стало обнаружение заливных полей в местечке Тарэянаги (префектура Аомори) в начале 1980-х гг., что резко изменило наше представление о северной границе ареала распространения древнего рисоводства. Участки расположены у подножия горы и обнаруживают чрезвычайно высокую степень привязанности к рельефу, с чем, вероятно, и связаны их миниатюрные размеры (700 участков занимают площадь всего около 4000 кв. м.). Внедрение заливного рисосеяния вообще начиналось с освоения склонов с пологих холмов, что, по сравнению с освоением равнинных участков, уменьшает необходимый объем земляных работ, связанных со строительством оросительных и дренажных систем. Земля с высокими подпочвенными водами, требующая высоких трудозатрат на ирригацию, начинает разрабатываться только в период кофун.
Заливное рисоводство имеет ряд принципиальных отличий от богарного земледелия. Технология рисоводства достаточно сложна и трудозатратна: она требует создания ирригационных (оросительных и дренажных) систем; семена зачастую высаживаются не непосредственно в грунт — требуется предварительное выращивание рассады. Однако эти «недостатки» при правильном соблюдении технологического цикла оборачиваются значительными достоинствами. Участок, предназначенный для выращивания рассады, может быть лучше защищен от холодов, сорняков, насекомых и птиц, перекопка его не требует особых усилий, для удобрения не нужно большого количества органических веществ. Поскольку прорастание семян происходит на заранее подготовленной почве (на участке с ярко выраженным микроклиматом, где они защищены от холодных потоков воздуха и хорошо прогреваются солнцем), в перспективе создается возможность сбора двух полноценных урожаев в год (впоследствии в Японии для выращивания второго урожая то же самое поле использовалось, как правило, в качестве суходольного под богарные культуры), уменьшается риск гибели посевов. Несмотря на очевидную трудоемкость высадки рассады (тауэ), этот процесс может быть растянут во времени и производиться при благоприятных погодных условиях. Если добавить к этому отсутствие необходимости глубокого ежегодного перепахивания поля (большую часть времени находящегося под водой) и меньшую потребность почвы в органических удобрениях (при затоплении поля вместе с водой приносится мелкозем), то станут понятны причины, по которым дальневосточный (японский) земледелец (в отличие от европейского) был лишен многих стимулов к разведению крупного рогатого скота (как источника органического удобрения). Поэтому скотоводство не получило сколько-нибудь широкого распространения ни в Китае, ни в Японии. Кроме того, для почв, используемых под рисоводство, гораздо меньшую угрозу представляет ветряная и водная эрозия. В японском влажном климате снижается и опасность засоления почв, вызываемой сильными испарениями. Еще одним преимуществом заливного рисосеяния является то, что поле, покрытое слоем воды, не требует прополки.
Таким образом, оказывается, что заливное рисоводство, в отличие от выращивания других зерновых, в большей степени снижает степень зависимости от погодных условий (во всех регионах, где господствующей сельскохозяйственной культурой является рис, плотность населения чрезвычайно высока). Тем не менее, в благоприятных климатических и микроклиматических зонах Японии «неклассическое» рисоводство без выращивания рассады продолжало играть определенную роль достаточно долго даже в условиях господства «полного цикла» заливного рисосеяния. Урожай при этом может быть даже выше, чем при технологии с выращиванием рассады (при этом, однако, зависимость от погодных условий оказывается большей). Это показывает, что выращивание рассады не может считаться принадлежностью принципиально более высокой стадии развития земледелия — дело в конкретных климатических условиях и характере приспособления к ним.