Не так хорошо было его родственнику, дону Иосифу ибн-Яхия, которому пришлось бежать из Португалии, когда ему было уже 70 лет от роду. Судно, на котором он ехал вместе со своими тремя сыновьями, невестками, другими родственниками и имуществом, равнявшимся, должно быть, почти 100,000 крусадов, было загнано к испанскому берегу. Здесь он вместе со своими близкими должен был быть преданным сожжению на костре за то, что они осмелились, будучи евреями, коснуться испанской почвы. Однако за них вступился португальский гранд, дон Алваро де Браганца, который издавна был в дружбе с Иосифом ибн-Яхия и с Абрабанелом, и в Испании нашел убежище от алчности и деспотизма португальского короля, Иоанна II. Дон Алваро добился от испанского двора разрешения семье Иосифа ибн-Яхия на дальнейшее плавание. Лишь после пятимесячного бурного морского переезда они получили возможность высадиться в Пизе. Но здесь хозяйничали тогда французы из разбойничьих шаек Карла VIII. Цветущая еврейская община Пизы, в которой сыновья Иехиела из Пизы так много сделали для еврейско-испанских эмигрантов, была разграблена, уменьшена и разорена. Дон Иосиф и его близкие были закованы французами в цепи и посажены в тюрьму вероятно с целью добыть у них деньги. Одна из его невест, молодая и красивая, бежавшая из Португалии в мужской одежде, будучи беременной, бросилась с башни вышиной в 20 локтей вниз, чтоб не быть вынужденной креститься, но чудесным образом» осталась вместе со своим плодом невредимой. Плененные Яхии получили свободу лишь после отдачи большей части своего имущества в качестве выкупа. Во Флоренции, куда они переселились из Пизы, им также нельзя было оставаться, потому что этот город, после ухода французов, сделался ареной борьбы диких страстей приверженцев политически-церковного мечтателя, Жироламо Савонаролы, и его противников. Дон Иосиф поэтому направился в Ферару. Сначала он был очень дружелюбно принят герцогом этой страны, но позже ему было предъявлено обвинение, возбужденное против него португальским двором или еврейскими доносчиками, будто он своим состоянием и положением укреплял и поддерживал марано в в их приверженности к иудаизму. Это многострадальное семейство Яхия было вторично посажено в тюрьму, откуда оно было освобождено снова лишь при помощи крупной суммы денег. Но старый дон Иосиф не выдержал этих мучений и вскоре после того умер (1498).
Благородное семейство Абрабанелов не избегло суровых ударов и беспокойных скитаний. Отец, Исаак Абрабанел, занявший в Неаполе выдающееся положение при дворе просвещенного короля, Фердинанда, и его сына, Альфонсо должен был, при приближении французов, покинуть город и вместе со своим королевским покровителем искать убежища в Сицилии. Вступившие французские шайки разграбили в его доме все дорогие вещи и уничтожили очень ценную библиотеку, которая для него являлась наибольшей драгоценностью. После смерти короля Альфонсо, Исаак Абрабанел отправился для безопасности на остров Корфу; однако там оставался только до ухода французов из Неаполитании, затем он поселился в Монополи (в Апулии), где разработал и переработал многие свои сочинения. Богатства, приобретенные им во время службы португальскому и испанскому дворам, растаяли, жена и дети были оторваны от него и разбросаны , а сам он жил в мрачном настроении, от которого его могло оторвать только изучение священного Писания и источников иудаизма. Его самый старший сын, Иегуда Леон Медиго Абрабанел, жил в Генуе, где, несмотря на беспокойную жизнь и глубокую печаль по оторванном от него и воспитанном в христианстве в Португалии сыне, он интересовался идеалами. Леон Абрабанел в действительности был более образован, талантлив и вообще был более выдающимся, чем его отец, и заслуживал, чтоб к нему относились с большим уважением и не считали простым приложением к последнему. Леон Абрабанел занимался медициной лишь как источником пропитания (отсюда его прозвище Медиго), астрономией же, математикой и метафизикой как излюбленными науками. С талантливым и в то же время странным Пико де Мирандола Леон Медиго познакомился и подружился незадолго до смерти последнего.