Приверженность к иудаизму, которую мараны с того времени открыто проявляли, конечно, умножила жертвы инквизиции. Вскоре после этого 150 маранов были брошены в мрачные темницы; с помощью пыток у них вырвали признания. Но, по-видимому, сам правитель Португалии считал неудобным сжечь такое множество людей. Кроме того испанский двор, к которому, после соединения обоих королевств, принадлежала и Португалия, быль всецело в руках саранских капиталистов. Испанский двор должен был им значительные суммы, которых он не мог уплатить вследствие все возраставшего обнищания обеих стран. Эти мараны обещали королю Филиппу III освобождение от долгов и к тому же подарок в 1,200,000 крузадо (почти рублей) за освобождение и помилование заключенных маранов. Чтобы привлечь на свою сторону и советников короля, имевших на него влияние, мараны должны были еще потратить 150000 крузадо. Вследствие этого испанский двор был склонен к помилованию маранов и обратился к папе Клименту VIII с просьбой разрешить инквизиции на этот раз не сжигать грешников. Климент VIII сам вспомнил или ему напомнили, что его предшественники, Климент VII и Павел III, даровали португальским маранам отпущение. Он последовал их примеру и издал буллу о помиловании заключенных маранов (23 августа 1604 г.). Инквизиция удовлетворилась лицемерным раскаянием обвиняемых. Несколько сот маранов были в покаянной одежде приведены к аутодафе в Лиссабоне (10 января 1905 г.), но не для того, чтобы быть сожженными на костре, а чтобы подвергнуться гражданской смерти. Большинство этих страдальцев отправилось в новооткрытое убежище; в их числе был и Иосиф б.-Израиль, который прибыл в Амстердам, испытав три адские пытки инквизиции и потеряв здоровье и состояние. Он привез с собой своего маленького сына, Манасио, его христианское имя неизвестно, который был призван внести в еврейскую историю прекрасную страницу.
Моисей Ури постепенно принял в иудейство 248 маранов; молодая амстердамская община быстро росла. Она пригласила из Салоник раввина сефардского происхождения, Иосифа Пардо (ум. 10 декабря 1619 г.), который хорошо знал настроение полукатолических членов общины и составил для них книгу (на испанском языке), которая была написана скорее в христианском, чем в еврейском духе. Выстроенная Тирадо синагога, Bet-Jacob, не могла вместить в себе большего числа молящихся; тогда (1608) община построила новую синагогу (Newe-Schalom). Она была основана Исааком Франциском Мендес Медейросом и его родственниками. Подобно тому, как при открытии повой, неизвестной дотоле страны каждый шаг, каждое новое предприятие и все лица, чем-либо отличившиеся, приобретают значение и интерес, так и молодая амстердамская община радостью отмечала все, что происходило в её среде в первое время после её основания. Ей сохранены также и имена лиц, занимавших различные должности во второй синагоге: Иуда Вега, переселившийся из Африки, был раввином, Арон Ури, сын основателя общины, отправлял богослужение. Вега, обладавший обширными талмудическими познаниями, которых он не мог использовать в Амстердаме, не мог долго удержаться в общине, члены коей не могли даже правильно читать по-еврейски; поэтому он скоро покинул Амстердам и отправился в Константинополь, где стал руководителем талмудической школы. Там он составил историю евреев от разрушения храма; по этот труд ничем не был замечателен и, может быть, пришелся бы более по вкусу амстердамским полухристианам. Более подходящим лицом для этой своеобразной общины был его преемник, Исаак Узиел (ум. 1620 ), который переселился из Африки (Феца), принадлежал вероятно также к семье беглецов и потому хорошо знал амстердамских пришельцев. Он был поэтом, филологом и математиком, но главным образом увлекательным и красноречивым проповедником, который впервые отважился мощным голосом разбудить убаюканную католическими привычками совесть своих слушателей и разбить их иллюзию, будто бездушное исполнение религиозных обрядов является своего рода отпущением всех будущих грехов, глупостей и пороков. Исаак Узиел не щадил самых видных и влиятельных членов общины; но возбудил к себе ненависть, которая повела к расколу. За то он приобрел и страстных приверженцев, которые прославляли его в восторженных стихах.
Так заботилась община о религиозном воспитании и объединении одичавших переселенцев; неразрешенным оставался еще вопрос о погребении мертвых. Община была вынуждена отвозить их далеко от города в Groedc (северная Голандия). Благодаря стараниям выдающихся членов общины, Якова Израиля Белмонте, поэта Рогела Иесуруна (Де Пина) и других, община приобрела недалеко от Амстердама в Ouderkerk (у Муидерберга) кладбище (апрель 1514 г., что очень обрадовало всех членов общины. Первым был погребен там Мануел Пиментел (еврейское имя Исаак Абенакр), который был любимым партнером французского короля, Генриха IV, называвшего его «королем игроков»). Двумя годами позже на этом же кладбище были погребены привезенные издалека останки выдающегося и благородного врача, Илии Фелипе Монталто.