Вторая половина XVI в. в странах Пиренейского полуострова характеризуется наступлением реакции. Потерпев неудачу в деле создания всемирной монархии, не сумев предотвратить распространение реформационной «ереси», испанский абсолютизм перешел на позиции Контрреформации. Филипп II провозгласил себя защитником ортодоксального католицизма, призванного осуществить решения Тридентского собора. В Испании и Португалии укрепились позиции схоластов, ополчившихся на свободомыслие. 22 ноября 1559 г. Филипп II подписал указ, запрещавший испанским подданным, в том числе монахам, учиться за границей (за исключением университета в Болонье). 17 августа того же года был введен Индекс запрещенных книг; в него были включены произведения Эразма Роттердамского на испанском и латинском языках, книги, содержащие популярные изложения библейских сюжетов, позднее в Индекс вошли и светские авторы.
В середине XVI в. в странах Иберийского полуострова начал распространяться протестантизм, но инквизиция зорко следила за инакомыслящими, и он не получил широкой поддержки. Часть протестантов бежала в соседние страны.
Отрицая действительность, в которой царила развращающая душу власть денег, гуманисты превозносили простоту нравов и быта земледельцев, противопоставляя порочной и суетной жизни горожан и знати некое совершенное состояние, отождествлявшееся с сельской идиллией. Тема Аркадии, безмятежной пастушеской жизни, нашла свое отражение в творчестве гуманистов А. де Гевары (1480–1545) и А. де Торкемады(1510–1569).
Открытие Америки возродило античную легенду о золотом веке, когда люди жили мирно и счастливо, довольствуясь дарами природы, не ведая частной собственности. Об этом благодатном состоянии человечества рассуждали многие писатели и мыслители, включая и великого Мигеля де Сервантеса. Одни считали его минувшим, другие находили подобие золотого века в укладе жизни индейских племен Нового Света (П. Мартир де Ангиера, Б. де Лас Касас, Васко де Кирога).
Превозношение золотого века дополнялось осуждением имущественного неравенства. X. Луис Вивес в трактатах «Об умиротворении» (1529 г.), «О согласии и раздорах человеческого рода» (1529 г.) и «О помощи бедным» (1525 г.) критиковал современное ему общество и частную собственность и-писал, что счастлив будет народ, который вычеркнет из своего лексикона слова «мое» и «твое». Подобные идеи высказывал А. дель Кастрильо, монах-тринитарий, писавший в «Трактате о государстве» о несовместимости богатства со справедливостью.
С критикой неограниченной абсолютистской власти выступил крупнейший историк, политический мыслитель, иезуит X. Мариана (1537–1624). В трактате «О короле и об институте королевской власти» он разработал учение о «суверенитете народа», считая справедливым убийство тирана, нарушившего основные законы государства.
В середине XVI в. в Саламанке возникла так называемая «экономическая школа», к которой принадлежали теологи Л. Ортис и Т. Меркадо. Они пытались осмыслить причины «революции цен» и хозяйственного упадка государства, критиковали ростовщичество и экономическую политику правительства. Главой «школы» был доминиканский монах Меркадо, чей труд «Сумма договоров и контрактов» (1571 г.) выдержал три издания и был переведен на итальянский язык. Он разработал оригинальную теорию стоимости, и анализировал причины «революции цен». Большое влияние на культуру Пиренейского полуострова оказал в XVI в. неоплатонизм. Наиболее оригинальным философом этого направления был Леон Эбрео (1469–1535), автор «Диалогов о любви» (1535 г.), переведенных на многие языки. Его философская концепция послужила основой для пасторальных романов, а также оказала воздействие на испанских мистиков. Заметное место в общественной мысли занимала аристотелевская система. За ее очищение от схоластики и от аверроизма выступали X. Хинес де Сепульведа, Андреа де Гувеа, Г. Кар-дильо де Вильяльпандо, П. Хуан Нуньес.
Успехи гуманистического движения не смогли окончательно подорвать господство схоластики. Испытав в первые десятилетия XVI в. некоторый упадок, она тем не менее оставалась влиятельной силой. В университетах преподавались преимущественно средневековые теолого-философские учения: томизм, номинализм, скотизм, бонавентуризм. Противоборство с гуманистами вынуждало и схоластов обращаться к первоисточникам, переводить заново, исправлять ошибки поздних комментаторов Аристотеля, Фомы Аквинского, Педро Испанца. Одним из толчков к обновлению схоластики стало открытие Нового Света, поставившее перед Испанией и Португалией множество практических проблем в области политики, права, экономики, морали, религии. Большой вклад в их разработку внесли Ф. де Виттория, Лас Касас, X. Хинес де Сепульведа, теологи доминиканского ордена М. Кано и Д. де Сото.