Вильнюсский университет являлся главным центром догматической поздней схоластики, видевшей свою задачу в механической систематизации наследия Аристотеля и Фомы Аквинского. Определенное новаторство допускалось в немногих областях, в частности получила развитие формальная логика. Стал известным, в том числе и за рубежом, фундаментальный курс логики вильнюсского профессора Мартина Смиглецкого. Аристотелизм, модернизированный в духе протестантской доктрины, культивировался и в лютеранских школах Латвии и Эстонии.
Учебные заведения были также главными центрами развития филологических наук. Педагоги-гуманисты считали важной целью обучения овладение красноречием, которое помогало развитию умственных способностей, подъему нравственного уровня учеников и всего общества. Этим, а также ролью слова в национально-религиозной борьбе объясняется внимание, уделяемое книжниками того времени вопросам грамматики, поэтики, риторики. Известный новолатинский поэт М. Сарбевский, преподававший в Кражяй, Полоцке и Вильнюсе, в своем курсе поэтики сочетал ренессансные положения с барочной теорией консептизма, требовавшей необычных форм выражения мысли, неожиданных ассоциаций и противопоставлений. В курсах поэтики и риторики, читавшихся в Киево-Могилянском коллегиуме, излагалась античная литературная теория, дополненная эстетическими учениями периода барокко.
Украинские и белорусские деятели культуры придавали огромное значение изучению грамматических основ греческого и особенно древнеславянского (церковнославянского) языка, воспринимавшегося не как иностранный, а как самый высокий стиль собственных литературных языков восточнославянских народов. У восточных славян первыми печатными грамматическими трудами стали «Аделфотес» — учебник грамматики греческого и древнеславянского языков, составленный учениками Львовской братской школы под руководством Арсения Элассонского (Львов, 1591), и «Грамматика словенска…» Лаврентия Зизания (Вильнюс, 1596). Важным этапом развития славянской лингвистики явилась грамматика Мелетия Смотрицкого (1619 г.), долго служившая пособием для изучавших древнеславянский язык и литературные языки восточных славян. В 1643 г. студент Парижского университета Иван Ужевич составил латиноязычную грамматику украинского книжного языка.
Значительных успехов достигла и лексикография. В 1596 г. в Вильнюсе был издан «Лексис» Л. Зизания, где древнеславянские слова приводились с переводом на украинско-белорусский книжный язык. По тому же принципу был составлен «Лексикон словеноросский» П. Берынды (Киев, 1627); в нем ученый в переводной части приводит варианты из различных украинских диалектов. Словарь Берынды пользовался большим авторитетом не только на Украине и в Белоруссии, но и в России, у южных славян, в румынских землях.
Развитие литовской филологии было связано с использованием литовского языка в полемике между католиками и протестантами. Первый словарь литовского языка, составленный профессором Вильнюсской академии К. Ширвидасом и напечатанный около 1620 г., впоследствии неоднократно переиздавался. Грамматика латышского языка И. Г. Реехаузена (1610 г., опубликована в Риге в 1644 г.) была рассчитана на немцев, как и древнейший словарь латышского языка, составленный профессором богословия Тартуского университета Т. Манцелем (Рига, 1638); то же относится и к изданному в 1637 г. в Таллинне «Руководству к изучению эстонского языка» Г. Шталя. В странах региона в конце XVI — начале XVII в. постепенно накапливались практические и теоретические знания по астрономии, землемерию, строительной инженерии. Начали появляться научные труды по медицине, юриспруденции, географии, истории. Знаменательным событием было издание «Хроники Ливонской провинции» Б. Рус-сова на нижненемецком языке в 1578 г. в Ростоке: за шесть лет она выдержала три издания. Принято считать, что автор был эстонцем. Его хроника, описавшая прошлое и настоящее Эстонии, быт и нравы эстонцев, своей ан-тидворянской направленностью вызвала горячую ненависть и критику со стороны местного рыцарства.