Постепенное втягивание Филиппин в систему мирового капиталистического хозяйства, переход, хотя и в ограниченных масштабах, к методам капиталистической эксплуатации привели к социальным сдвигам, причем почти полностью сохранялась структура и организация испанской эксплуататорской верхушки. Значительные изменения наблюдались во внутреннем развитии местного общества: происходило усиление классовой дифференциации, трансформация сложившихся и возникновение новых социальных слоев. С начала XIX в. усилился процесс консолидации класса местных помещиков, ускоренный ростом товарного земледелия и превращением сельскохозяйственного производства на экспорт в ведущую отрасль колониальной экономики. Наряду с орденскими поместьями имения асендеро-филиппинцев стали основной формой крупного помещичьего землевладения. В хозяйствах местных помещиков преобладало производство экспортных культур. Местный помещичий класс рос преимущественно из среды филиппинской принсипалии. Если в XVII–XVIII вв. на первый план выступала деятельность касиков как части колониального административного аппарата, в то время как их удельный вес в хозяйственной жизни страны в качестве помещичьего слоя был сравнительно невелик, то в XIX в. они укрепили свои экономические позиции как крупные землевладельцы, связанные с мировым капиталистическим рынком. Среди местных помещиков метисы испанского происхождения образовали малочисленную, но экономически сильную прослойку. С развитием товарного земледелия стала приобретать земли и часть метисов китайского происхождения — представителей торгово-ростовщического капитала. Их имения, занятые производством экспортных культур, концентрировались преимущественно вблизи Манилы и открытых портов, откуда осуществлялся вывоз продукции на внешние рынки.
Характерной чертой развития филиппинского общества в XIX в. был сравнительно быстрый рост городского населения и изменение его социального состава. Если в предшествующие периоды города представляли собой военно-административные и религиозные центры, то в XIX в. усилилось их развитие как торгово-промышленных центров, началось формирование местной торговой буржуазии, городских мелкобуржуазных слоев, стала складываться прослойка предпролетариата. До середины XIX в. в результате продолжительной экономической изоляции, хозяйственного застоя, ограничения внешнеторговых связей на Филиппинах отсутствовали условия для формирования крупного торгового капитала. Они стали складываться лишь со второй половины прошлого века под влиянием открытия филиппинского рынка и изменений в экономической жизни колонии.
Этнической и социальной средой, из которой вырастал слой местной буржуазии, было метисское население колонии, главным образом китайского происхождения. Увеличение слоя китайских метисов относится ко второй половине XVIII в., когда метисский торгово-ростовщический капитал стал проникать во внутреннюю торговлю колонии. Китайские метисы, подвергавшиеся значительно меньшей дискриминации со стороны колониальных властей, нежели китайцы, успешно конкурировали с представителями китайского торгового капитала. С середины XIX в. метисский капитал устремился в те сферы экономики, где создались благоприятные условия для расширения его деятельности. Метисская буржуазия оказалась тесно связанной с европейским и американским торговым капиталом, выполняя посреднические функции в торговых операциях иностранных коммерсантов (неиспанцев), ограниченных в своих действиях на архипелаге. Помимо посреднической торговли представители метисской буржуазии занимались финансированием иностранных (неиспанских) фирм и компаний.
Финансовые и посреднические операции приносили большие доходы. В среде китайских метисов появились крупные коммерсанты, владельцы банковских учреждений, судовых агентств, помещики, связанные с торговлей на экспорт.
С развитием городов как торгово-промышленных центров был связан рост городских мелкобуржуазных элементов (мелких торговцев, ремесленников, ростовщиков, скупщиков и т. п.). Их формирование происходило не только из китайского населения, но также из филиппинцев и метисов. В городах появилась довольно многочисленная прослойка ремесленников-филиппинцев, пополнявшаяся за счет обезземеленных крестьян, устремившихся в поисках заработков в города. В качестве наемных рабочих филиппинцы работали в военных арсеналах, на судоверфях, в табачных мануфактурах, где использовался главным образам женский труд. Среди мелких городских торговцев филиппинцы составляли незначительную прослойку — преобладающие позиции занимал китайский и метисский торговый капитал.
Положение самого многочисленного слоя филиппинского общества — крестьянства определялось усилением помещичьей эксплуатации. В XIX в. в результате роста помещичьего землевладения число самостоятельных крестьянских хозяйств значительно сократилось, усилился процесс обезземеливания крестьян, увеличилась прослойка арендаторов-издольщиков, более четко обозначилась классовая дифференциация в деревне. В условиях хотя и очень медленного внедрения капиталистических методов эксплуатации часть крестьян превращалась в сельских пролетариев — сезонных рабочих и батраков-пеонов. Существенной перестройке подвергалась старая система барангаев. Их внутренняя стабильность была подорвана с ростом помещичьего землевладения, изменениями в методах эксплуатации, обезземеливанием и разорением крестьянства. Во второй половине XIX в. отходы крестьян на сезонные заработки (нередко в отдаленные провинции и города) превратились в массовое явление, результатом которого было ослабление традиционных связей внутри барангаев. По словам одного из испанских историков середины прошлого века, «барангаи теперь существуют лишь в налоговых списках кабеса — крестьяне рассеяны либо по всему пуэбло, либо по другим провинциям». Хотя пережитки патриархальных представлений и связей достаточно стойко удерживались в сознании крестьянства, нарушение внутренней замкнутости барангаев приводило к подрыву патриархальных устоев, а усиление экономической власти касиков и эксплуатации со стороны местного помещичьего слоя — к углублению противоречий между крестьянами и помещиками-филиппинцами.
Объектом военно-политических авантюр и источником противоречий между капиталистическими державами на Филиппинах были не собственно испанские владения, где экспансия осуществлялась в форме проникновения и освоения местного рынка европейским и американским торгово-промышленным капиталом, а южные независимые районы архипелага — султанат Сулу и подчиненные ему территории Северного Калимантана, расположенные на торговых путях в Китай.
В первой половине XIX в. испанская колониальная администрация не располагала достаточными военными силами для завоевания мусульманских территорий. В конце 30-х годов основными соперниками испанцев в районе Сулу — Северного Калимантана были англичане и французы, старавшиеся распространить свое влияние на эти территории. Обеспокоенные их действиями, испанские колонизаторы предприняли ряд мер по стабилизации отношений с султанатом Сулу. В 1836–1837 гг. генерал-губернатор Филиппин подписал с султаном договоры о дружбе и торговле, гарантировавшие испанцам свободу коммерческой деятельности в султанате и мореходства в море Сулу и содержавшие взаимные обязательства по оказанию военной помощи в случае конфликтов с третьей державой. В 1842 г. испанцы выстроили форт на Басилане с целью обеспечения контроля над этим островом и группой соседних островов Балангинги, расположенных у границ Сулу, а также защиты Замбоанги от рейдов воинственных самалов, населявших Басилан.
Политика Англии на юге архипелага была связана с ее планами по установлению контроля «ад торговыми путями к дальневосточным рынкам и усилением проникновения на индонезийские территории, не занятые голландцами. В столице султаната Сулу обосновались английские агенты, занимавшиеся сбором информации и шпионажем при дворе султана. В результате в Холо возникла сильная проанглийская группировка, в которую вошел ряд влиятельных дато. В начале 1844 г. в Сулу прибыл английский корвет под командованием капитана Белчера. Целью его миссии было заключение очередного договора о дружбе и торговле. Попытки договориться по этим вопросам с султаном Пулалуном были неудачны. Однако Белчер сумел подписать несколько договоров с проанглийски настроенными дато, которые гарантировали англичанам свободу коммерции.