С конца 60-х годов внимание испанцев вновь переключилось на район Сулу, где султан Джамаль-уль-Азам, сменивший на троне умершего Пулалуна, стал проводить независимую внешнюю политику, поддерживая прямые торговые отношения с европейцами вопреки положениям договора 1851 г.
Испанцы усилили контроль над коммерческой деятельностью жителей султаната, что привело в конце концов к конфликту с султаном. Непосредственным поводом послужил отказ султана выдать испанцам пятерых моро, бежавших от преследования испанских патрулей, которые занимались проверкой грузов на местных торговых судах (в целях борьбы с контрабандой). Испанцы обстреляли Холо и прислали султану испанский флаг с требованием поднять его над столицей, но Джамаль-уль-Азам публично его сжег. В Маниле было объявлено о восстании в султанате.
С начавшейся в 1876 г. военной кампанией в Сулу многолетняя борьба султаната против испанских колонизаторов вступила в свою последнюю фазу, окончившуюся потерей независимости моро. Наступление на Сулу тщательно планировалось и готовилось испанцами. Помимо военных приготовлений в Маниле была развернута широкая пропагандистская кампания в поддержку наступления на мусульманские территории. Вдохновителями экспансии выступали испанские монахи, объявившие «священную войну в защиту христианской веры», призывавшие к «огню и крови» и поголовному истреблению мусульман. Монахи руководили сбором денежных пожертвований на военные нужды, которые составили 250 тыс. песо. Религиозная пропаганда, традиционная политика испанских колонизаторов, поддерживавших и разжигавших враждебность филиппинцев-христиан к моро, привели к тому, что антимусульманские настроения широко распространились среди христианского населения Филиппин.
Из Манильского порта в начале февраля 1876 г. вышла испанская эскадра, держа курс на Замбоангу. Она состояла из 32 военных судов, в том числе 10 паровых с 9 тыс. солдат-испанцев и волонтеров-филиппинцев на борту. Экспедицией руководил генерал-губернатор Хосе Малькампо. В конце февраля испанский флот подошел к берегам Сулу. Солдаты высадились на побережье в нескольких километрах восточнее Холо. По планам испанского командования, отряды должны были по суше подойти к Холо и начать операцию по взятию столицы султаната.
Высадившиеся на побережье солдаты сразу же подверглись нападению мусульман, оттеснивших их в глубь острова. План сухопутного продвижения к Холо не был осуществлен. Испанские солдаты не смогли продвигаться по заболоченным джунглям. С трудом отражая набеги моро, они со значительными людскими потерями вернулись на побережье. Малькампо приказал атаковать Холо с моря. Испанцы сравнительно легко овладели столицей, подвергнув ее мощному артиллерийскому обстрелу. Но султан сумел сохранить основные военные силы, отступив в горную крепость, которую испанцы не смогли взять в течение всей кампании. Военные действия затянулись до 1878 г. Моро перешли к методам партизанской войны, наносившей большой урон испанским военным силам. Среди мусульман широко распространена была тактика «хураментадо» воинов-моро, которые в состоянии религиозного экстаза бросались на врагов, убивая их до тех пор пока сами не погибали. «Хураментадо» оказывали сильное психологическое воздействие на противника, вызывая страх и панику среди солдат. Испанцы сумели прочно укрепиться только в Холо. Большая часть территории острова контролировалась султаном, который не только руководил операциями партизанских отрядов, но не прекращал торговых и политических контактов с англичанами и представителями других европейских держав.
В районе Сулу и Северного Калимантана в этот период активно действовали англичане и немцы. В 1877 г. Англия и Германия добились от Испании подписания совместного протокола, гарантировавшего английским и немецким подданным свободу торговли в Сулу. В начале 1878 г. англичане основали на территории Северного Калимантана, арендованной ими у султана Брунея, Британскую компанию Северного Борнео по развитию коммерции и сельского хозяйства. Одновременно английский губернатор о-ва Лабуан Тричер договорился с султаном Сулу о сдаче в аренду компании еще целого ряда принадлежавших султанату территорий Северного Калимантана, в том числе районов Сандакан и Сабах, на которые претендовали голландцы и испанцы. Последние воздерживались от протестов по поводу действий англичан до окончания военной кампании в Сулу.
Увеличивая морские и сухопутные силы и проводя тактику уничтожения населенных пунктов и поголовного истребления населения, испанцы в июле 1878 г. добились от султана подписания договора о капитуляции, положившего конец независимости моро. Джамаль-уль-Азам признал суверенитет Испании, но испанцы вынуждены были предоставить султану некоторую автономию в вопросах, касавшихся внутреннего управления и коммерческой деятельности.
Завоевание Сулу испанцами привело к значительному обострению противоречий между Испанией и Англией. В центре испано-английских споров был вопрос о территориях Северного Калимантана, переданных султаном в аренду Британской компании Северного Борнео. Испанцы сразу же после подписания договора 1878 г. объявили их суверенным владением Испании и потребовали аннулировать соглашение об аренде. Испано-английские противоречия переплетались с англо-германскими. Германия заявила о готовности признать суверенитет Испании на всей территории султаната при условии обеспечения права свободной торговли не только в Сулу (в соответствии с протоколом 1877 г.), но и в части Северного Калимантана, занятой англичанами. Дипломатическая борьба трех держав продолжалась до 1885 г., когда наконец был подписан новый договор, согласно которому Германия и Англия признали испанский суверенитет над архипелагом Сулу и о-вом Палаван, Испания же отказалась от своих притязаний на Сабах и Сандакан. В 1888 г. эти две области перешли под протекторат Англии.
Что касается мусульманских районов на Минданао, то процесс их завоевания продолжался до начала филиппинской национально-освободительной революции (1896 г.)
В 70-е годы XIX в. султанат Магинданао пришел в упадок, распавшись на мелкие султанаты и княжества. Основным политическим центром Минданао стал султанат Буайан. В 1875 г. к власти в Буайане пришел дато Утто (принявший на троне имя Анвар-уд-Дин), который создал довольно крупную федерацию, объединив земли в долине Пуланги и провозгласив себя султаном Буайана и Магинданао. В его лице испанские колонизаторы столкнулись с серьезным противником (испанцы называли Утто «вторым Кударатом»). В начале 80-х годов Утто вытеснил испанцев из ряда местностей в нижнем течении Пуланги.
Крупные военные операции против Утто были предприняты: в 1886–1887 гг. генерал-губернатором Терреро, сумевшим, хотя и с большим трудом, овладеть столицей Буайана в верхнем течении Пуланги. С потерей столицы войска Утто отошли во внутренние районы Минданао. Испанцы не стали преследовать их, используя тактику заключения сепаратных соглашений и привлечения на свою сторону правителей мелких султанатов и княжеств, недовольных усилением власти Утто. Лишившись части территории и поддержки местных феодалов, Утто вынужден был пойти на заключение мирного договора с испанцами (1887 г.). Признав суверенитет Испании, он все же сумел сохранить значительную долю самостоятельности. Владения султана оставались фактически закрытыми для проникновения представителей колониальной администрации и испанских католических миссий. К концу жизни Утто (он умер в 1902 г.) усилил централизованную власть, подчинив непокорных дато и значительно расширив территориальные границы Буайана.
Новая кампания по завоеванию центральных территорий Минданао была развернута генерал-губернатором Вейлером в 1888–1891 гг. Основным районом военных действий на этот раз стала местность между оз. Ланао и Малабангом, портом на западном побережье Минданао. Большинство населения этого района составляли маранао, жившие вокруг оз. Ланао, и ирануны — население приморских территорий. Эта кампания была не очень удачной для колонизаторов. Моро использовали испытанную тактику уклонения от крупных сражений, отхода в горные, труднодоступные области, партизанские методы войны, действия «хураментадо». В результате к 1891 г., когда Вейлер временно прекратил военные операции, испанцы смогли закрепиться лишь на морском побережье в Малабанге. В районе Ланао они захватили несколько мусульманских укреплений, однако все основные территории маранао оставались вне контроля испанских колонизаторов. Небольшого успеха добились испанцы и в возобновившейся в 1894 г. военной кампании против маранао, продолжавшейся до 1896 г. С началом антиколониальной революции в христианизированных районах Филиппин испанские власти перебросили основные военные силы, действовавшие на мусульманских территориях, в Манилу. Процесс завоевания Минданао не был, таким образом, завершен ко времени появления на Филиппинах новых колониальных хозяев — империалистов США.