Уже осенью 1896 г. Агинальдо начал наступление против Катипунана и Бонифасио, выдвинув идею о необходимости создания выборного республиканского правительства и выработки конституции Филиппинской республики. Фактически это означало бы ликвидацию Катипунана как верховного органа власти. 31 октября 1896 г. появилось воззвание Агинальдо, в котором намечались формы организации будущего правительства и государственного устройства Филиппин. Предусматривалось образование центрального революционного комитета из шести членов во главе с президентом, руководящего военными операциями; выборного революционного правительства, которое будет устанавливаться во всех провинциях и островах архипелага по мере их освобождения от испанских колонизаторов; конгресса с выборными делегатами, решающего военные и хозяйственные вопросы. В обстановке подъема революции, учитывая популярность Катипунана и Бонифасио, Агинальдо не мог противопоставить свою программу программе Катипунана, игнорируя интересы народных масс. В воззвание были включены положения о проведении всеобщих выборов, в которых могли участвовать все филиппинцы без каких-то бы ни было ограничений, провозглашались лозунги свободы, равенства и братства. Действия Агинальдо, в особенности его стремление захватить лидирующие позиции в движении, вызвали резкую критику со стороны демократического руководства «Магдиванга». Борьба между кавитскими секциями обострилась к концу 1896 г. В декабре 1896 г. в Кавите приехал Бонифасио, приглашенный руководителями «Магдиванга». Вскоре после его приезда состоялась конференция в Имусе, на которой встретились руководители «Магдиванга» и «Магдало». Острая дискуссия о дальнейшей судьбе Катипунана не привела к каким-то определенным результатам, хотя перевес был на стороне Бонифасио и поддерживавших его руководителей секции «Магди-ванг», которые считали нецелесообразной замену Катипунана, успешно руководившего восстанием и организацией революционной власти на освобожденных территориях.
С начала 1897 г. Агинальдо усилил борьбу за власть и кампанию против Бонифасио и его сторонников. 23 марта в асьенде Техерос открылась новая конференция, обеспечившая победу Агинальдо. Конференция была созвана с целью выработки программы действий по мобилизации сил для отпора испанским колонизаторам, приступившим, как уже говорилось, к широким наступательным операциям в провинции Кавите. Однако под давлением Агинальдо и его группировки военные вопросы были отодвинуты на второй план, а главным пунктом повестки дня стало обсуждение планов по реорганизации правительства. Агинальдо был готов к решающему бою с Бонифасио, проведя подпольную кампанию по привлечению на свою сторону не только секции «Магдало», но и многих членов «Магдиванга». Агинальдо умело использовал популярные среди всех слоев филиппинского общества республиканские лозунги, выдвигая идею немедленного провозглашения независимой Филиппинской республики. Он учитывал также свой авторитет как местного кавитского лидера, сохранявшийся регионализм и то обстоятельство, что Бонифасио не был уроженцем Кавите и не пользовался известностью среди широких масс местного населения. Расстановка сил на конференции складывалась в пользу Агинальдо. Большинство ее участников высказалось за упразднение Катипунана и выборы революционного правительства. Собрание торжественно провозгласило создание Филиппинской республики. Сам по себе этот акт имел важное историческое значение, он свидетельствовал о зрелости и поступательном развитии филиппинского национально-освободительного движения. Но в сложившихся условиях провозглашение республики привело к переходу руководства освободительной борьбой к буржуазно-помещичьим элементам. В составе избранного делегатами конференции центрального правительства преобладали сторонники Агинальдо. Он сам был избран президентом Филиппинской республики. Очевидное стремление Агинальдо отстранить от активной политической деятельности Бонифасио заставило последнего покинуть конференцию. С ним ушел ряд его сторонников (главным образом его старые соратники, среди которых почти не было представителей Кавите).
Вслед за тем Агинальдо организовал широкую клеветническую кампанию против Бонифасио, стараясь подорвать его престиж и разжечь враждебное отношение к нему в кавитском населении. В середине апреля 1897 г. Бонифасио, штаб-квартира которого находилась в Наине, принял решение об уходе из Кавите, намереваясь направиться в провинцию Батангас, один из центров военных операций революционных отрядов против испанских колонизаторов, где он пользовался большим влиянием. Агинальдо поспешил с осуществлением планов по ликвидации вождя Катипунана. 28 апреля 1897 г. Бонифасио и небольшая группа его сторонников, ожидавшие в местечке Лимбонг подкреплений из Манилы и Булакана, были внезапно атакованы отрядом, присланным Агинальдо. Во время перестрелки Бонифасио был тяжело ранен. 29 апреля он (вместе с женой и братом) был доставлен в Наик и арестовал по обвинению в подготовке мятежа против законного правительства. Судебное следствие продолжалось до начала мая. 6 мая военный совет приговорил Бонифаоио и его брата к смертной казни. Через день Агинальдо демонстративно заменил смертный приговор Бонифасио ссылкой на отдаленные острова, а 10 мая Бонифасио и его брат были тайно расстреляны по приказу генерала Нориэля, председателя военного совета (и, как позже выяснилось, по секретному распоряжению Аганальдо).
С гибелью Андреса Бонифасио укрепились позиции Агинальдо, сосредоточившего в своих руках верховную исполнительную и военную власть. Руководящая роль в революционном движении перешла к правому буржуазно-помещичьему блоку. Но влияние левого крыла на движение было еще довольно сильным. Под давлением демократических элементов в октябре 1897 г. в горах Центрального Лусона, в местечке Биак-на-Бато, где обосновалось центральное правительство[24], собралась Народная ассамблея для выработки конституции Филиппинской республики. Среди делегатов ассамблеи преобладали представители мелкой буржуазии, интеллигенции, командиры повстанческих отрядов, прибывшие из всех районов Лусона, охваченных революцией. 1 ноября 1897 г. был утвержден проект временной конституции Филиппинской республики (Биакнабатской). Провозглашались основы буржуазного правопорядка, введение демократических свобод, всеобщего избирательного права, была разработана структура государственной власти в период до завершения революции. Высшим органом власти должен был стать Верховный правительственный совет, избиравшийся Ассамблеей и наделенный широкими полномочиями. Необходимость централизации власти диктовалась условиями продолжавшейся войны. В то же время конституция гарантировала демократические свободы для граждан республики. На следующий день после принятия конституции был избран Верховный правительственный совет во главе с президентом Эмилио Агинальдо. В его составе преобладали представители буржуазно-помещичьей интеллигенции, взявшие курс на достижение соглашения с колониальной администрацией.
24
Летом 1897 г. войска генерал-губернатора Примо де Ривера нанесли ряд крупных поражений отрядам Агинальдо в провинции Кавите, в результате чего революционная столица была переведена в Биак-на-Бато. Правительство Агинальдо контролировало довольно обширный район, включавший провинции Манила, Тайабас, Лагуна, Булакан. Нуэва-Эсиха, Батангас.