Последней победой Филиппа Августа стало расширение территории королевского домена за счет южных земель. Там на рубеже XII—XIII вв. получила распространение ересь катаров, или альбигойцев (по имени города Альби — одного из центров этого движения). Считается, что учение катаров было завезено во Францию с Востока в ходе крестовых походов. Оно исходило из вечной борьбы двух равновеликих начал — добра и зла, противоположных друг другу и друг от друга независимых. Весь земной мир рассматривался как порождение зла, соответственно отрицались и земные институты — церковь, семья, государство. Спасение лежало в полном очищении от скверны земного мира («ка-тарос» по-гречески означает «чистый»), суровая катарская этика предписывала крайние формы аскетизма. Еретических проповедников называли «совершенными» или «добрыми людьми». Они не употребляли мяса, не заводили семьи и хозяйства, а шли из дома в дом, неся слово Божье, служа живым укором неуклонно богатевшей, а следовательно, погрязшей в грехе католической церкви. Сочувствующих у них становилось все больше и больше как среди простолюдинов, так и среди рыцарей. С особым вниманием проповеди «добрых людей» слушали благородные дамы, часто сами становящиеся «совершенными». Даже граф Тулузский если не поддерживал еретиков открыто, то относился к ним терпимо. Возможно, критика «богатой церкви» привлекала светскую элиту юга, рассчитывавшую получить церковные земли.
Церковь не могла не реагировать на эту угрозу. Уже в конце XII в. осуждения еретиков сопровождались сожжением наиболее упорствующих. Но церковные власти были готовы идти на компромиссы. Так, с вальденсами — последователями лионского купца Пьера Вальдо, проповедовавшими возврат к евангельской простоте и равенству раннехристианских общин, церковь все же сумела договориться, хотя вальденсы и заявляли об утрате ею святости. Вальденсам предоставлялось право избирать собственных священников при условии признания авторитета папы и отказа от активной борьбы с церковью. В отдаленных долинах Альпийских гор вальденсам удавалось сохранять самобытность и обряды в течение нескольких веков.
Осознав, что еретики выражали тягу широких слоев к обновленной церкви, папа Иннокентий III попытался подчинить церкви движение за «святую бедность» и использовать его для укрепления авторитета духовенства. Он утвердил создание нищенствующих орденов францисканцев и доминиканцев, сочетавших аскетизм и полный отказ от собственности с активной проповеднической деятельностью. Св. Доминик — основатель нищенствующего ордена проповедников (доминиканцев) прибыл на юг в 1205 г. Он и его монахи словом и примером пытались бороться с еретической критикой церкви.
Однако ни проповеди, ни компромиссы, ни угрозы не могли ослабить непримиримых катаров. За отсутствие должного рвения в искоренении ереси папский легат отлучил Раймонда VI, графа Тулузского, от церкви. Возмущенный этим, оруженосец графа убил легата. Раймонд заявил о своей готовности принести покаяние, но в 1208 г. папа Иннокентий III призвал к крестовому походу против еретиков, пообещав крестоносцам земли графа Тулузского.
Французский король отказался возглавить поход, но многие рыцари севера двинулись на юг под предводительством бретонского барона Симона де Монфора. Пообещав поначалу поддержку крестоносцам, Раймонд VI примкнул затем к их противникам, но в 1213 г. был разбит в битве при Мюрэ. Крестоносцы, несмотря на упорное сопротивление, брали город за городом. Хронист так описывает один из характерных эпизодов этого похода — взятие города Безье. Узнав из криков осажденных, что в городе вместе с еретиками находятся и католики, крестоносцы спросили у сопровождавшего их папского представителя аббата Арнольда из Сито: «Что нам делать, отче? Не умеем мы отличать добрых от злых». Аббат ответил: «Бейте их всех, ибо Господь познает своих!»
Ж. Фуке. Св. Франциск со стигматами
Графством Тулузским завладел Симон де Монфор и его бароны. Страна была разорена, многие из «совершенных» шли на костер, но не отрекались от своих взглядов. Вскоре в Тулузе вспыхнуло восстание, во время которого Монфор был убит. Тогда, наконец, вмешался французский король. Сын Филиппа Августа Людовик VIII отправился на юг и добился присоединения графства Тулузского к королевскому домену. Впервые его земли включали побережье Средиземного моря. В 1229 г. был создан особый церковный трибунал для расследования преступлений против веры — инквизиция. Руководить ею было поручено доминиканцам. Они разыскивали еретиков и вели дознания и процессы в соответствии со строгой процедурой.