Быстро сломив сопротивление графа, Филипп IV разместил во Фландрии свои гарнизоны, и население сразу же почувствовало тяжелую руку Железного короля. К финансовому гнету примешивался гнет социальный (поскольку вся полнота власти вернулась к патрициату) и этнический (поскольку основное население графства говорило на фламандском языке). Однажды ночью ремесленники Брюгге вырезали весь французский гарнизон и семьи местного патрициата. «Брюггская заутреня» стала началом всеобщего восстания во Фландрии 1302 г. Карательная армия, направленная королем, неожиданно потерпела поражение в битве при Куртре. Вся Европа была поражена тем, что ополчению ремесленников и крестьян удалось разбить французскую рыцарскую конницу, считавшуюся непобедимой. Трофейные шпоры французских рыцарей были вывешены в городском соборе Куртре, поэтому сражение получило название «Битва шпор». В дальнейшем, в ходе долгих войн, королю удалось вернуть контроль над мятежным графством. Но власть его здесь никогда не была прочной.
Распространяя свои судебные и налоговые прерогативы, Филипп IV не мог не вступить в конфликт с церковью. Бонифаций VIII, в свою очередь, стремился приумножить традиции папской теократии. В 1296 г. папа запретил светской власти взимать поборы с духовенства. Король ответил на это запретом на вывоз из Франции драгоценных металлов, отрезав папскую казну от платежей французского духовенства. Конфликт нарастал. Стороны обменивались все более жесткими взаимными обвинениями. Королевские легисты обвинили Бонифация VIII в тяжких преступлениях. В ответ папа стал готовить отлучение Филиппа Красивого от церкви. Это грозное оружие уже не раз заставляло склонять голову самых сильных монархов Западной Европы. Ситуация была очень тревожной для короля. В условиях неудач во Фландрии и нарастания недовольства королевской политикой внутри страны он рисковал утратить все рычаги власти. Опережая события, в 1302 г. Филипп IV впервые созывает так называемые Генеральные штаты — сословное собрание представителей от духовенства, дворянства и «добрых городов». Несмотря на претензии к королю, депутаты, особенно горожане, поддержали его в борьбе с папой.
В дальнейшем подобные собрания на уровне королевства (Генеральные штаты) или на уровне провинций (провинциальные штаты) станут созываться в особо важных случаях для «совета с королем» и для вотирования (одобрения) налогов. На деле королю приходилось торговаться с сословиями. Он уведомлял о своем решении ввести новый налог. Сословия либо предлагали альтернативные, менее обременительные варианты, либо давали свое согласие, но добивались от короля новых привилегий. Даже такой властный монарх, как Филипп IV, не мог управлять страной без помощи сословий.
Филиппу IV удалось нанести поражение Бонифацию VIII. Королевская дипломатия не жалела денег на поддержку политических врагов папы. Посланный в Италию с особой миссией королевский легист Гийом Ногаре сумел добиться того, что на папу было совершено нападение в его собственном замке в городе Ананьи. Понтифик подвергся оскорблениям и, по слухам, даже получил пощечину. Не перенеся унижений, Бонифаций VIII вскоре умер. В 1305 г. под давлением Филиппа Красивого на папский престол был избран Климент V, француз по происхождению. В 1309 г. он перенес папскую резиденцию в город Авиньон на Роне и обосновался на землях, принадлежавших Анжуйской династии — младшей ветви Капетингов. Так началось известное «Авиньонское пленение пап», продолжавшееся до 1378 г.
Победа над папством позволила Филиппу IV обрушить свой следующий удар на орден тамплиеров. Этот духовно-рыцарский орден был основан в XII в. для поддержки крестоносного движения. В XIII в. тамплиерам, рыцарям Храма, находящимся под особым покровительством папства, принадлежали огромные богатства и земли во всех странах Западной Европы. Утрата Святой земли подорвала престиж этого ордена, но жесткая дисциплина и политическое могущество превратили его, по сути, в корпорацию, не зависимую ни от духовных, ни от светских властей и ведущую крупные ростовщические операции. Говорят, что Филипп Красивый был поражен богатством и роскошью тамплиеров, укрывшись в их замке во время Парижского восстания 1306 г. Характерная для этого короля жажда золота и борьба с ростовщиками в сочетании с нелюбовью ко всему, что ускользало от королевского контроля, делали тамплиеров следующей мишенью для преследований.
Начался знаменитый процесс тамплиеров, вокруг которого возникло немало легенд и загадок. Не следует забывать, что король для своих подданных и соседей продолжал выступать как будущий глава крестоносного воинства. Вся его жесткая, а порой и жестокая политика представлялась лишь средством для достижения этой великой цели. Но, несмотря на все усилия королевских судей и палачей, обвинить орден в ереси не удалось. Однако его земли и казна были конфискованы, а сам он распущен по решению церковного собора 1312 г. Через год в Париже был сожжен последний гроссмейстер ордена Жак де Молле.