Штаты собрались в Блуа в октябре 1588 г. Почти все депутаты были сторонниками лиги (все духовенство, 150 из 191 членов третьего сословия и большинство дворян). Штаты решили продолжать войну с протестантами. Но одновременно буржуазия выставила ряд требований о контроле над исполнением постановлений Штатов и др., которые не нравились и Гизу.
Генрих III уступал по всей линии. Он знал, что оппозиционность Штатов поддерживалась Гизом. Ему доносили, что кардинал Гиз пил за здоровье своего брата, «французского короля». Сестра Гиза, герцогиня Монпансье, хвастала, что ей придется выстричь на голове короля иную корону, чем та, которую он носит теперь (т. е. выстричь монашескую тонзуру). Терпение Генриха III истощилось.
Вечером 22 декабря он приказал своим дворянам убить Гиза. На следующий день утром герцог был приглашен к королю и убит ударами кинжала. Та же участь постигла его брата день спустя. Штаты были распущены 15 января 1589 г., а за два дня до этого умерла Екатерина Медичи.
Все эти события произвели в Париже впечатление удара молнии. Париж заклокотал. Сдерживаемые Гизом партии и группировки пришли в движение. В Париже оказалось сразу много властей: парижский комендант, генеральный совет лиги, состоявший из 50 человек, старшина купцов, парламент, 16 начальников кварталов и, наконец, совет шестнадцати. Этот последний превратился фактически в 16 комитетов по 9 человек в каждом. Был учрежден генеральный совет для руководства государственными делами и для связи с провинциями.
Агитация против короля дошла до своего апогея. Особенно свирепствовали представители низшего католического духовенства. Улицы сделались театром бесконечных процессий: похороны Гиза превратились в грандиозную демонстрацию, в которой участвовало более 100 тыс. человек. Люди по сигналу гасили свои свечи и кричали: «Так да погасит господь династию Валуа!». Сорбонна издала декрет, освобождающий всех от присяги королю. В парламенте были арестованы te его члены, которые оставались верными королю. Богатых граждан сажали в Бастилию, требуя уплаты выкупа. Когда Генрих III запретил парламенту и должностным лицам города выносить судебные решения, парламент начал процесс против короля.
Примеру Парижа последовали и другие города. Лига стала центром антироялистского движения. В результате ее деятельности, так же как и в сфере деятельности протестантской конфедерации, во Франции образовывались городские республики, вступавшие в переписку между собой. Такой сепаратизм не ограничился городами. По словам одного современника, «не было ни одной деревни, которая не стала бы независимым государством по примеру деревень немецких, швейцарских или нидерландских».
Протестанты не отставали от католиков. Собравшись в Ла-Рошели в 1588 г., депутаты от гугенотских общин старались навязать свою волю Генриху Наваррскому. «Настало время, — говорил один гугенот, — когда хотят сделать королей подневольными рабами».
Войска короля были разбиты лигистами. С юга надвигался Генрих Наваррский с большой армией. Генриху III, разбитому лигистами и третируемому парижанами, не оставалось ничего другого, как отдаться под покровительство своего кузена Генриха Наваррского. 14 апреля 1589 г. он заключил с ним соглашение и 30 апреля явился со своими отрядами в Плесси ле Тур. Отсюда оба короля двинулись к Парижу. Генрих III заранее предвкушал удовольствие отомстить за «день баррикад» и за все унижения. В Париже поползли зловещие слухи о новой Варфоломеевской ночи. Вожди лигистов арестовали 300 знатных представителей буржуазии в качестве заложников. Пламенные проповедники взывали к молящимся: неужели среди них не найдется ни одного, кто наказал, бы виновника убийства Гиза. 1 августа доминиканский монах Жак Клеман пробрался в лагерь к королю и заколол его кинжалом. Проповедник монархомах Буше воспел этот поступок, как пример самоотверженности и геройства.
После смерти Генриха III легальным наследником престола становился Генрих Бурбон. Но он был гугенот, и католики, организованные в лигу, в особенности парижские фанатики, не желали признавать его королем. Генриху приходилось завоевывать себе королевство. У него было мало средств и военных сил, чтобы разбить своих врагов, а главное: завладеть сердцем Франции — Парижем. Во главе лиги стал брат Генриха Гиза, герцог Карл Майенский, мечтавший о короне Франции. Генриху Бурбону помогали немецкие протестантские князья, боявшиеся усиления Испании и Габсбургов, и заклятый враг Филиппа II — Елизавета Английская.