Но этого не произошло. «Далее начинались Юрты Остяков и Кондинских Вогуличей; там, на высоком берегу Иртыша, Князь их Демьян, имея крепость и в ней две тысячи воинов, готовых к битве, отверг все предложения Ермака».
Покоривши и эту волость, «Атаманы вступили в страну знатнейшего Князя Остяцкого Самара, который соединился с другими осьмью Князьками и ждал Россиян для битвы, чтобы решить судьбу всей древней земли Югорской. Хваляся мужеством и силою, Самар забыл осторожность; спал крепким сном вместе с войском и стражею, когда Атаманы в час рассвета ударили на его стан; пробужденный шумом, он схватил оружие и пал мертвый от первой пули; войско разбежалось…»
В Москве к тому времени правил уже Борис Годунов, который довершил завоевание Сибирского Ханства. Еще не зная о гибели Ермака, но прослышав об ослаблении его отряда из-за болезней и голода, он немедленно выслал отряд стрельцов под командованием воеводы Ивана Мансурова, а также воевод Василия Сукина, Ивана Мясного и Данила Чулкова с большим войском и огнестрельным оружием.
По совету казаков, Мансуров со стрельцами поплыли далее Иртышом, несмотря на осень, холод и морозы и, выйдя на берег при впадении Иртыша в Обь, основали деревянную крепость.
Воеводы Сукин и Мясной остановились на берегу Туры и на месте города Чингия (Чинги-Тура) основали город Тюмень.
Чулков заложил Тобольск и в нем в 1587 г. первую в Сибири христианскую церковь. Когда князь Сейдак, сменивший Кучума, подступил к Тобольску с войском, Чулков сообщил Мансурову и Мещеряку и, соединясь с ними, разбил Сейдяка. По другому преданию, Чулков пригласил к себе в гости Сейдяка и других его князей, там связал и отправил в Москву.
Позднее был еще поход нового воеводы Сибирского, князя Кольцова-Мосальского, который «ходил во глубину пустынь Ишимских и 1 августа 1591 года близ озера Чили-Кула истребил большую часть конницы изгнанника Кучума, который с шайками Ногайцев разбойничал в Барабинской степи».
Так довершилось падение Ногайского Иртышского ханства. Столицей Сибири стал Тобольск.
Россияне все более и более укреплялись в Сибири заложением новых городов от Печоры до Кети (приток Оби в Томской обл.) и Тары (приток Иртыша в Омской обл.) для безопасного сообщения с Пермью и Уфой. В 1592 г. были основаны Пелым, Березов, Сургут, в 1594 Тара, в 1596 Нарым и Кетский Острог – «неодолимые твердыни для диких Остяков и Вогуличей» (для освобождения которых, между прочим, согласно царской грамоте, как помнит читатель, россияне, собственно и были направлены в Сибирь).
Впрочем, мудрый и благоразумный Годунов, кроме воинов, стрельцов и казаков, посылал в Сибирь и земледельцев из Перми, Вятки и других областей Московского государства, закрепляя это важное приобретение для обеспечения государства новыми доходами. Он указал, в частности, «…земледельцев казенных и самых диких жителей Сибирских освободить от податей на год». И весьма предусмотрительно: в 1586 г. Сибирь доставляла в казну 200 000 соболей, 10 000 чернобурых лисиц и 500 000 белок, не считая бобров и др.
С тех пор, уже не имея военных действий, Россия продолжала заниматься основанием в Сибири новых городов – Верхотурья в 1598 г., Мангазеи и Туринска в 1600 г., Томска в 1604 г., населяя их, в основном, литовскими и малороссийскими казаками.
Согласно «Краткому историческому очерку административных учреждений Горного ведомства в России 1700–1900 гг.» (СПб.: Типография Г. А. Бернштейна, 1900), уже в XVI в. усиливается поиск руд, в первую очередь, таких, которые необходимы для приготовления монеты, но и разных других, в том числе железных, причем этим занимаются уже не только по заданию правительства, но и частные лица. Как утверждается в этом издании, «одно время рудоискательская горячка охватила все сословия, и в XVII в. и духовные, и военные, и купцы, и иностранцы и другие лица пытали счастье в горном деле». Разведочные работы производились частью самостоятельно русскими людьми, частью под руководством приглашаемых правительством иноземных рудознатцев, по всему пространству тогдашних новых владений Московского Государства: по Двине, Мезени, Печоре, Цильме, на Урале, в Сибири до Нерчинска и даже в таких труднодоступных в то время местностях, как Югорский шар на самом Севере.
В качестве примера можно назвать «Наказ Дьяку Василию Шпилькину, отправленному для отыскания серебряной руды на Канином Носу, на Югорском Шаре и близ реки Косвы», от 12 мая 1661 г.
В другом указе от 1666 г. говорится «О всевозможном всепомоществовании, отправленным из Москвы для сыска в Кевроли и на Мезени серебряной и других руд рудознатцам Князьям Милорадовым и Стрелецкому сотнику Некрасову», а в Указе Петра Первого от 18.12.1696 г. – «О посылке в Томск Грека Александра Левандианы для изыскания в Сибири серебряной руды и о размножении рудников».