До учреждения Правительственного Сената Рудный Приказ находился под непосредственным началом Государя. В 1711 г. было решено вновь децентрализовать управление горным делом и перепоручить его губернаторам: «Приказу Рудных Дел особливо не быть…а рудосыскные дела, которые в том Приказе по сыску руд, и где по сыску заведены какие заводы, для ведома разослать по губерниям, дабы то дело каждый губернатор в своем деле усматривал».
Против такого порядка активно выступил известный горный специалист, «рудокопный офицер» Иоганн-Фридрих Блиер. А. М. Лоранский пишет: «Блиер приехал в Россию из Саксонии в 1699 году в качестве пробирного мастера, затем производил поиски руд в разных местах России и своими неутомимыми трудами много способствовал возникновению горного промысла в Олонецком крае, Урале и Сибири; он был человек довольно образованный, знакомый с горным управлением западно-европейских государств, хорошо знавший и любивший рудничное дело».
В 1712 г. Блиер подал докладную («мемориал»), в которой убеждал не передавать управление горными делами губернаторам и городским начальникам, а подчинить их лишь государю или Сенату. Он приводил в доказательство неправильное использование местным начальством крестьян на горных работах и их притеснения. От всего этого, по мнению Блиера, само горное дело, «за ниспослание которого должно Всевышнего благодарить, более проклинается». Вероятно, имелось в виду, что руководство горными делами людьми, не имеющими ни знаний, ни интереса к этому делу, но жаждущими конечного результата от исполнителей, превращало дело в кошмар для производителей работ, или останавливало его.
Для развития горного дела в России, по мнению Блиера, необходимо было «определить коллегиум, который состоит в искусных сему художеству особах, которому полную Дирекцию сего дела поверить».
Предложение Блиера тогда не было принято, но через четыре года все же было признано необходимым сосредоточить все сведения о минеральных богатствах страны в одном учреждении, и 17 мая 1715 г. «Великий Государь указал: Рудному Приказу быть по прежнему, и ведать его касимовскому царевичу Ивану Васильевичу».
Через два месяца восстановленный Рудный Приказ переводят из Москвы в Петербург и «для посылок и надзирания за рудными делами» в него определяют трех отставных офицеров и десять подъячих.
Вероятно, что, восстанавливая Рудный Приказ, Петр помнил и о предложении Блиера относительно создания Коллегии. Сохранились архивные данные о том, что незадолго до издания указа, а именно 23 марта 1715 г. он заносит в свою записную книжку: «о коллегиях к соображению», отмечая здесь же проекты шести Коллегий по другим направлениям.
К 1717 г. по поручению Петра два известных иностранца (Генрих Фика и барон фон Люберас), побывав во многих местах в Европе, собрали сведения о Коллегиях и представили царю проекты для устройства подобных Коллегий в России. В числе прочих предлагалась и Берг-Коллегия в соединении с Мануфактур-Коллегией, то есть поиски, промысел руд, выплавка металлов и изготовление из них изделий (главным образом монеты и вооружения) попадали в сферу общего управления.
15 декабря 1717 г. в созданные Коллегии по всем направлениям были назначены президенты. Первым президентом Берг-Коллегии и Мануфактур-Коллегии был назначен известный фельдцейхмейстер Яков Вилимович Брюс, любимец Петра.
Я. В. Брюс родился в Москве. Он был сыном полковника, выехавшего из Шотландии в Россию во время Кромвеля. Двое из предков Брюса были королями Шотландии в начале XIV столетия. В семнадцать лет Я. В. Брюс вступил в службу прапорщиком и принимал участие в Крымском, Азовском и Первом Нарвском походах, и в 1701 г. сопутствовал Петру в его посещениях Англии и Голландии. В 1701 г. был назначен губернатором в Новгород и участвовал при взятии Ноттенбурга. В 1704 г. получил пост главного начальника артиллерии, руководил ею при взятии Нарвы, Иван-Города, в сражении под Полтавой, возведен в звание генерал-фельдцейхмейстера. Участвовал в Померанском и Голштинском походах, командуя русской, датской и саксонской армиями. Я. В. Брюс был известен в Европе своими глубокими научными познаниями, особенно физико-математическими. По поручению Петра I перевел много книг с иностранных языков, сочинил краткую геометрию для самого царя, известный столетний календарь и занимался составлением подробной географии России.
При разделении сфер деятельности и ответственности созданных Коллегий к Берг- и Мануфактур-Коллегии отнесены: «рудокопные заводы и все прочие ремесла и рукоделия, и заботы о них и размножение, при том же и артиллерия».