Затем апостольский престол оставался незанятым целый год, и только по истечении его Фока утвердил папой римлянина Бонифация III, сына Иоанна Катааудиоцеса; это имя говорит о греческом происхождении Бонифация III. Краткое правление этого папы также не ознаменовалось никакими событиями; хроники отмечают только, что Бонифацию III удалось получить от императора Фоки декрет, которым был положен благополучный конец спору римского епископа с константинопольским патриархом из-за первенства. Император объявил, что Рим должно считать апостольскою главой христианства. Бонифаций III умер, как полагают историки церкви, 10 ноября 607 г., а 15 сентября следующего года был признан папой Бонифаций IV, родом из Валерии.
Более чем шестилетнее правление этого папы было полно бедствий от голода чумы и неприятельских нашествий. Нетрудно представить себе, как быстро приближался к полному упадку Рим, уже не составлявший предмета ничьих забот.
И тем не менее при Бонифации IV одно из великолепнейших сооружений города восстает из глубокого мрака забвения, которым оно было окутано целые века. Обширное Марсово поле было покрыто всякого рода величественными зданиями, но все они, как то: портики, купальни, храмы, стадии, театры и увеселительные парки – служили только народным развлечениям, и население здесь не могло быть многочисленным. Появившиеся в этой местности церкви сосредоточили вокруг себя новую жизнь и так же, как другие церкви в покинутых местах Кампаньи, явились в опустелых округах Рима центрами новой группировки населения. Из многих церквей, возникавших в городе, на Марсовом поле, как мы видели, были построены только две церкви и обе на его окраинах: S.-Laurentius in Lucina и in Damaso. В центре Марсова поля существовали только небольшие капеллы. Здесь же, окруженный зданиями, построенными из мрамора и пострадавшими от наводнения 590 г., стоял Пантеон. Окружавшие его здания были: термы Агриппы, термы Нерона или Александра, храм Минервы Халкидской, Iseum, Odeum и Stadium Домициана; затем с одной стороны расстилались обширные сады Антонинов, с другой – стояли театр Помпея и примыкавшие к нему портики. Все эти великолепные сооружения были заброшены, ветхи и полуразрушены, но едва ли уже обратились в совершенные развалины.
Пантеон, прекраснейший памятник Агриппы, уже более 600 лет боролся с разрушительным действием стихий; ни наводнения Тибра, почти ежегодно до настоящего времени подступающие к Ротонде и бурным потоком вливающиеся в нее, ни зимние ливни, низвергающиеся на опустившийся мраморный пол через отверстие в куполе и отводимые подземными каналами, не могли нанести ущерба этому прочному зданию. Его великолепный портик, к которому вели пять ступеней, стоял неповрежденным со всеми своими шестнадцатью колоннами из гранита и их коринфскими капителями из белого мрамора. Возможно, что в обеих нишах еще стояли поставленные здесь Агриппой статуи Августа и его самого. Стропил крыши, сделанных из позолоченных медных балок, не могло разрушить никакое время, и точно так же еще не была расхищена бронзовая позолоченная черепица, которой были покрыты и портик, и купол. Нам неизвестно, существовало ли еще тогда на фронтоне украшение; описание его не дошло до нас. Первоначально Пантеон не мог служить храмом, так как примыкал к термам Агриппы, но портик, пристроенный позднее по приказанию самого Агриппы в его третье консульство, указывает, что Пантеон назначался для этой цели. Уже Плиний дает этому зданию имя «Пантеон», а Дион Кассий видел в нем, кроме статуй Марса и Венеры, также статую причисленного к богам Цезаря, поставить рядом с которым свою статую Август счел себя недостойным. Эти статуи указывают, что храм служил местом возвеличения цезарей, хотя он и носил общее название храма Матери богов Кибелы и в частности храма Юпитера Ультора в воспоминание великой победы Августа при Акциуме. Эдиктами христианских императоров было предписано закрыть все языческие храмы и потому, вероятно, внутрь Пантеона уже в течение двух веков не проникал никто из римлян; окованные медью створы дверей (едва ли двери, существующие в настоящее время, те же самые) были, конечно, взломаны вестготами и вандалами. Но никаких сокровищ внутри Пантеона не было, а сверкающая мраморная облицовка и украшенные металлическими розами кассеты свода едва ли могли прельстить отдавшихся грабежу хищников. В шести внутренних нишах и в эдикулах (aediculae), устроенных между нишами, находились заброшенные статуи богов; более ценные из них могли быть похищены вестготами и вандалами, некоторые же оставались на месте и были найдены Бонифацием IV
С большими надеждами взирал папа на это изумительное создание искусства, вполне подходившее для устройства в нем церкви. Отступавшая от обычной формы храмов округленная форма здания, стоявшего на открытом месте, пленила папу, и ему казалось, что подымающийся к небу прекрасный купол с его отверстием, через которое видны были мерцающие звезды, будет для Царицы Небесной Марии вполне соответствующим кровом. В эдиктах последних императоров ясно выражен тот принцип, что языческих храмов не следует разрушать, а должно посвящать их христианскому культу; сам Григорий, по крайней мере по отношению к Британии, подтверждает это своим распоряжением на имя епископа Мелита. В Риме этому началу стали следовать только в позднейшее время; между тем оно уже было применено в древних Афинах, где Партенон, храм девственной Афины, был превращен в церковь Девы Марии. Несомненное доказательство тому, что папам не принадлежало никакого права собственности на древние сооружения Рима, мы находим в совершенно определенных указаниях летописцев, что Бонифаций просил императора Фоку уступить ему Пантеон и получил его в дар. Судя по этому отношение римской церкви к Византии были дружественного характера, и тому же императору римляне тогда же, именно в 608 г., воздвигли почетную колонну на форуме.
На торжество освящения Бонифаций собрал все римское духовенство: осененные крестом двери Пантеона были раскрыты, и в величественную ротонду в первый раз вошли процессии поющих священников; все следы язычества были удалены и папа окропил мраморные стены святой водой. Под сводами громко зазвучало пение Gloria in excelsis, и римляне могли видеть, как перепуганные этим пением бесы спасались через отверстие в куполе. Бесов было столько же, сколько было языческих богов, и до Бонифация на Пантеон не переставали смотреть в Риме как на настоящее бесовское местопребывание. В позднейшие годы Средних веков было известно, что Пантеон был посвящен Агриппой Кибеле и всем богам, и полагали, что позолоченная медная статуя этой богини была поставлена Агриппой над куполом. То, что рассказывалось в XII веке, могло быть народным поверьем еще 600 лет назад; во всяком случае, Пантеон считался храмом Кибелы. Сделать такое заключение мы можем уже по тем названиям, которые дал Бонифаций IV Ротонде: он посвятил ее именно Деве Марии и всем мученикам. Христианская церковь была склонна посвящать языческие храмы, приспособленные для богослужения таким святым, которые до некоторой степени соответствовали упразднявшимся богам. Так, предполагаемый храм братьев-близнецов Ромула и Рема был посвящен близнецам Косьме и Дамиану; св. Сабина заступила на Авентине место богини Дианы; двое военных трибунов – свв. Себастьян и Георгий – были преемниками бога войны Марса.
Бонифаций таким образом следовал установившейся традиции: место великой матери Кибелы заступила новая Magna Mater и храм «всех богов» превратился в храм «всех мучеников». Условие, которому стремился удовлетворить установившийся в Риме культ, а именно – собрать в городе святых всех стран, было таким образом вполне осуществлено в этом христианском пантеоне. Мы не сомневаемся, что Бонифаций ограбил катакомбы Рима и похоронил в исповедальне нового святилища целые возы костей предполагаемых мучеников.
По свидетельству Martirologium Romanum, освящение нового храма в здании Пантеона происходило 13 мая, относительно же года показания расходятся: помечены 604, 606, 609 и 610 года. Празднование освящения происходит в Риме и в настоящее время в указанный выше день; праздник Всех Святых справляется 1 ноября, праздник всех почивших в вере – 2 ноября, что могло быть установлено или уже Бонифацием, или позднее Григорием IV, так как это первоначально собственно римское празднество перешло к народам по другую сторону Альп только уже в IX веке. Таким образом общехристианский обычай поминовения умерших получил начало в Ротонде Агриппы; из Пантеона всех богов на христианский мир излился дух кроткой скорби и священных воспоминаний – дух, в котором музыкальный гений Италии и Германии позднейших веков еще черпал свое вдохновение, создавая некоторые из своих лучших произведений. Так Пантеон стал храмом молитвы об умерших, и до сих пор люди, переступая его порог, проникаются чувством благоговения. Таким образом одно из самых замечательных сооружений Рима своим спасением от разрушения было обязано церкви, обратившей это здание в место своих богослужений. Не случись этого, нет сомнения, что великолепный памятник древности был бы превращен в Средние века в укрепленный замок какого-нибудь знатного лица, испытал бы бесконечные осады, подвергался бы разрушению и, подобно мавзолею Адриана, уцелел бы разве только в виде развалин. Эта заслуга Бонифация была по справедливости достаточно великой, чтоб быть начертанной на его могиле и сделать его имя бессмертным. По своей древности, красоте и святости, новая церковь получила для римлян значение святыни города и стала собственностью пап, которую они ревниво оберегали. Еще в XIII веке каждый римский сенатор, давал папе клятву, наряду с базиликой Св. Петра, замком Ангела и другими папскими владениями, защищать и охранять S.-Maria Rotunda.