Кроме сих любимцев, Иоанн удивительным образом честил тогда некоторых Ливонских пленников. В июне 1565 года, обвиняя Дерптских граждан в тайных сношениях с бывшим Магистром, он вывел оттуда всех Немцев и сослал в Владимир, Углич, Кострому, Нижний Новгород с женами и детьми; но дал им пристойное содержание и Христианского наставника Дерптского Пастора Веттермана, который мог свободно ездить из города в город, чтобы утешать их в печальной ссылке: Царь отменно уважал сего добродетельного мужа и велел ему разобрать свою библиотеку, в коей Веттерман нашел множество редких книг, привезенных некогда из Рима, вероятно Царевною Софиею. Немцы Эберфельд, Кальб, Таубе, Крузе вступили к нам в службу, и хитрою лестию умели вкрасться в доверенность к Иоанну. Уверяют даже, что Эберфельд склонял его к принятию Аугсбургского исповедания, доказывая ему, словесно и письменно, чистоту онаго! По крайней мере Царь дозволил Лютеранам иметь церковь в Москве и взыскал важную денежную пеню с Митрополита за какую-то обиду, сделанную им одному из сих иноверцев; хвалил их обычаи, славился своим Германским происхождением, хотел женить сына на Княжне Немецкой, а дочь выдать за Немецкого Князя, дабы утвердить дружественную связь с Империею. В искренних беседах он жаловался чужестранным любимцам на Бояр, на Духовенство, и не таил мысли искоренить первых, чтобы Царствовать свободнее, безопаснее с Дворянством новым, или с опричниною, ему преданною: ибо она видела в нем своего отца и благодетеля, а Бояре жалели о временах Адашевских, когда им была свобода, а Царю неволя (так говорил Иоанн)! Естественно не любя России, страшной для соседственных держав, и желая только угождать Царю, иноземцы без сомнения не думали выводить его из мрачного заблуждения и гневить смелым языком истины; могли даже с тайным удовольствием видеть сию бурю, которая сокрушала главные столпы великой Монархии: ибо Царь губил лучших Воевод своих, лучших советников государственных. Иноземцы молчали, или, вопреки совести, хвалили тирана. Знаменитые Россияне, лишаемые свободного доступа к Государю, ознаменованные как бы презрительным именем земских, нагло оскорбляемые неистовыми кромешниками, угрожаемые опалою, казнию без вины, также молчали, вместе с Духовенством. Но когда старец Митрополит Афанасий, изнуренный тяжкою болезнью, а может быть и душевною горестию, оставил Митрополию: тогда явился муж смелый добродетелию и ревностною любовию к отечеству, который подобно Сильвестру предприял исправить Царя, но, менее счастливый, мог только умереть за Царство в венце Мученика.
[1566 г.] Изъявляя усердие ко благу Церкви, Иоанн хотел дать ей Пастыря отличного Христианскими достоинствами. Выбор пал сперва на Архиепископа Казанского Германа, который долго уклонялся от сана опасного в таких обстоятельствах России и при таком Царе, но должен был, исполняя решительную волю его, согласиться. Уже все Епископы съехалися в Москву; уже написали грамоту избирательную, и Герман несколько дней жил в палатах Митрополитских, готовясь к посвящению. В сие время, беседуя с Иоанном наедине, он хотел испытать его сердце: начал говорить с ним, как должно Первосвятителю, о грехах и Христианском покаянии, тихо, скромно, однако ж с некоторою силою; упомянул о смерти, о Страшном Суде, о вечной муке злых. Иоанн задумался; вышел от него с лицом мрачным, пересказал любимцам своим речи Архиепископа и спрашивал, что они думают? Алексей Басманов ответствовал: «Думаем, Государь, что Герман желает быть вторым Сильвестром: ужасает твое воображение и лицемерит в надежде овладеть тобою; но спаси нас и себя от такого Архипастыря!» Германа изгнали из палат, и Царь искал другого Первосвятителя.
Среди хладных волн Белого моря, на острове Соловецком, в пустыне дикой, но знаменитой в России святостию своих первых тружеников Савватия и Зосимы сиял добродетелями Игумен Филипп, сын Боярина Колычева, возненавидев суету мира в самых цветущих летах юности, и служа примером строгой жизни для Иноков-отшельников. Государь слышал о Филиппе: дарил его монастырю сосуды драгоценные, жемчуг, богатые ткани, земли, деревни; помогал ему деньгами в строении каменных церквей, пристаней, гостиниц, плотин: ибо сей Игумен был не только мудрым наставником братии, но и деятельным хозяином острова, дотоле дикого, неприступного: очистил леса, продолжил дороги, осушил болота каналами; завел оленей, домашний скот, рыбные ловли, соляные варницы; украсил, сколько мог, пустыню; смягчил суровость климата: сделал воздух благораствореннее. Бессмертный Сильвестр кончил дни свои в монастыре Соловецком, любимый, уважаемый Филиппом. Вероятно, что они вместе сетовали о перемене Иоаннова нрава; вероятно, что первый открывал Игумену свою душу, некогда блаженную исправлением юного Царя, устройством и счастием Царства: сии беседы могли приготовить Филиппа к великому его подвигу, хотя он, ревностию труженика удаленный на край вселенныя, и не мог ожидать такой славы. Никто без сомнения не мыслил об нем, кроме Иоанна: отвергнув Германа, Царь вздумал — мимо Святителей, мимо всех Архимандритов — возвести Филиппа на Митрополию, желая изъявить тем свое особенное уважение к Христианским добродетелям, и показать, что самые отдаленные пустыни не скрывают их от глаз его. Филипп, Царскою милостивою грамотою призываемый в Москву для совета духовного, отслужил Литургию, причастил всю братию, и со слезами выехал из своей любимой обители, как бы предчувствуя, что одно мертвое тело его туда возвратится. За три версты от Новагорода встретили смиренного Соловецкого Игумена все жители сей древней столицы с приветствием, с дарами и с молением, да ходатайствует за них пред троном: ибо носился слух, что Иоанн угрожает им гневом. Царь принял Филиппа с отменною честию, обедал, беседовал с ним дружелюбно, и наконец объявил, что ему быть Митрополитом. Пустынный Инок изумился, плакал, не хотел сей блестящей тягости; убеждал его не вверять бремени великого ладии малой. Царь был непреклонен. Тогда Филипп предложил условие; сказал Царю: «Повинуюся твоей воле; но умири же совесть мою: да не будет опричнины! да будет только единая Россия! ибо всякое разделенное Царство, по глаголу Всевышнего, запустеет. Не могу благословлять тебя искренно, видя скорбь отечества». Иоанн имел власть над собою: остановил движение гнева в сердце своем; ответствовал тихо: «Разве не знаешь, что мои хотят поглотить меня; что ближние готовят мне гибель?» и доказывал необходимость сего учреждения; но скоро выведенный из терпения смелыми возражениями старца, велел ему умолкнуть. Все думали, что Филипп, подобно Герману, будет удален с бесчестием: увидели проттивное. Иоанн на сей раз не хотел дать ему славы гонимого за добродетель: желал склонить его к безмолвию, явить слабым в глазах России, сделать как бы соучастником в новых правилах своего Царствования. Главные Пастыри церковные служили для того орудием. Повинуясь воле Иоанновой, они убеждали Филиппа принять сан Митрополита без всякого условия, думать единственно о благе Церкви, не гневить Государя дерзостию, но утолить гнев его и пременить в милосердие кротостию; доказывали, что мнимая твердость Филиппова в сем случае будет действием гордости, несогласной с духом истинного слуги Христова; что долг Святителя есть молиться и наставлять Царя единственно во спасении души, а не в делах Царства. Некоторые из Святителей внутренно одобряли Филиппову смелость, но сами не имели ее; другие — именно, Пимен Новогородский, Филофей Рязанский — искали мирской чести и раболепствовали страстям Иоанновым. Убеждения их поколебали Филиппа, не устрашенного Царским гневом, не ослепленного блеском Архипастырства, как доказало следствие, но, может быть, смятенного мыслию отвергнуть сей верховный сан действительно по внушению тайной гордости, по упрямству и недоверенности к Провидению, которое властвует над Царями и не дает им выступать за черту Его вышних уставов, без сомнения мудрых, хотя и неизъяснимых для ума человеческого. Филипп ответствовал: «Да будет, что угодно Государю и Церковным Пастырям!»
Написали грамоту, в коей сказано, что новый, избираемый Митрополит дал слово Архиепископам и Епископам не вступаться в опричнину Государеву и не оставлять Митрополии под тем предлогом, что Царь не исполнил его требования и запретил ему мешаться в дела мирские. Святители утвердили сию хартию своими подписями, и Филипп, заявленный враг опричнины, был немедленно [25 Июля] возведен на Митрополию, к общему удовольствию народа, к досаде развратных любимцев Иоанновых. Казалось, что Государь одержал счастливую победу над собою, воздав честь добродетели. Митрополит уступил, но обнаружив свою важную мысль: Россияне узнали, чего он желает, и могли надеяться на будущее, имея такого Первосвятителя. Все добрые слушали с восторгом приветственную речь нового Митрополита к Иоанну, истинно Пастырскую: о долге державных быть отцами подданных, блюсти справедливость, уважать заслуги; о гнусных льстецах, которые теснятся к престолу, ослепляют ум государей, служат их страстям, а не отечеству, хвалят достойное хулы, порицают достохвальное; о тленности земного величия; о победах невооруженной любви, которые приобретаются государственными благодеяниями и еще славнее побед ратных. Казалось, что сам Иоанн внимал с умилением гласу наставника, уже давно молчавшему в сем храме, что сей некогда любезный для него глас напомнил ему время счастливое и дал вкусить сладость, им забвенную. — Первые дни и месяцы протекли в мире, в надеждах для столицы. Затихли жалобы на кромешников: чудовище вздремало. Царь ласкал Митрополита; а сей добродетельный старец, как бы опасаясь забыть Соловецкую пустыню и строгий обет своей юности, начал строить в Москве церковь во имя ее Святых Зосимы и Савватия.