Скоро и другой, как бы благоприятный для Годунова случай, великою, неожиданною опасностию взволновав Москву и всю Россию, отвлек мысли народа от ужасной Димитриевой смерти: нашествие варваров. Маня Феодора уверениями в дружестве, Хан Казы-Гирей сносился с Королем Шведским, требовал от него золота, обещал сильным впадением поколебать Москву и действительно к тому готовился, исполняя приказ Султана, врага нашего, и будучи сам недоволен Россиею: во-первых, он сведал, что мы тайно известили Литовских Панов о намерении его снова идти на их землю и предлагали им общими силами воевать Тавриду (о чем, вероятно, дал ему знать Король Сигизмунд); во-вторых, Феодор не отпустил Царевича Мурата к Хану, который убедил сего племянника забыть старое и хотел сделать Калгою, или главным Вельможею Орды Таврической: Мурат жил в Астрахани, неизменно усердствовал России, обуздывал Ногаев и, к искреннему сожалению Феодора, скоропостижно умер, испорченный, как думали, подосланными к нему из Крыма злодеями; но Хан утверждал, что Россияне ядом отравили Мурата, и клялся отмстить им. Третиею виною Казы-Гиреева ополчения на Россию была мысль его Князей, что каждый добрый Хан обязан, в исполнение древнего обычая, хотя однажды видеть берега Оки для снискания воинской чести: то есть они желали Русской добычи и верили бывшему у них послу Шведскому, что все наше войско занято войною с Королем его. Мы всегда имели друзей и лазутчиков в Крыму, чтобы знать не только действия, но и все замыслы Ханов; в сие время находились там и гонцы Московские: следственно Хан не мог утаить от нас своего вооружения чрезвычайного; но умел обмануть: уверил бдительного Правителя, что идет разорять Вильну и Краков; назначил знатное Посольство в Москву для заключения союза с нами; требовал, чтобы и Царь немедленно прислал к нему кого-нибудь из первых сановников. Между тем все Улусы были в сильном движении; все годные люди садились на коней, от старого до малого; с ними соединились и полки Ногайские Казыева Улуса, и Султанские, из Азова, Белагорода, с огнестрельным снарядом. Наступала весна, всегда опасная для южной России; а Царская Дума не тревожилась, выслав в начале Апреля знатных Воевод к нашей обыкновенной береговой рати: Князя Мстиславского, Ноготкова, Трубецких, Голицына, Федора Хворостинина, в Серпухов, Калугу и в другие места. Еще в Мае разъезды наши не встречали ни одного Татарина на берегах Донца Северского и Боровой: видели только следы зимнего кочевья и юрты оставленные. Но 26 Июня прискакали в Москву гонцы с вестию, что степь покрылась тучами Ханскими; что не менее ста пятидесяти тысяч Крымцев идет к Туле, обходя крепости, нигде не медля, не рассыпаясь для грабежа. Годунову надлежало оказать всю бодрость своего духа и загладить оплошность: в тот же час послали указы к Воеводам всех степных крепостей, велели им спешить к Серпухову, соединиться с Князем Мстиславским, чтобы встретить Хана в поле. К несчастию, главное войско наше стояло тогда в Новегороде и Пскове, наблюдая Шведов; оно не могло приспеть к решительной битве: о нем уже не думали. Объявили Москву в осаде; поручили блюсти Дворец Государев Князю Ивану Михайловичу Глинскому, Кремль Боярину Князю Дмитрию Ивановичу Шуйскому, Китай Голицину, Белый город Ногтеву-Суздальскому и Мусе Туренину. 27 Июня сведали о быстром стремлении неприятеля к столице, уверились в невозможности соединения всех полков на берегах Оки до прихода Ханского и переменили распоряжение: велели Мстиславскому идти к Москве, чтобы пред ее священными стенами, в виду храмов и палат Кремлевских, в глазах Царя и Царицы, за Веру, за отечество сразиться с неверными. В ободрение народу разглашали, что мы, оставляя берега Оки, заманиваем неприятеля в сети и хотим внутри России истребить его совершенно. В самом деле сие отступление прибавляло к береговому войску еще несколько тысяч лучших ратников Московских, благородную дружину Государеву, знатных Дворян и детей Боярских, кроме вооруженных граждан: давало нам важный перевес в силах и выгоду биться под стенами неодолимыми, под громом тяжелого огнестрельного снаряда, ужасного для варваров. Надлежало единственно взять меры, чтобы Хан не ввергнул огня и разрушения в недра столицы, как сделал Девлет-Гирей в 1571 году: для того с удивительною скоростию укрепили предместие за Москвою-рекою деревянными стенами с бойницами; обратили монастыри в твердыни: Даниловский, Новоспасский, Симонов; назначили стан войску верстах в двух от города, между Калужскою и Тульскою дорогою; соорудили там дощатый подвижный городок на колесах и церковь Св. Сергия, где поставили икону Богоматери, бывшую с Димитрием в Донской битве; пели молебны, обходили всю Москву с крестами и с нетерпением ждали Мстиславского. 29 Июня сей Воевода выступил из Серпухова, оставив на Оке малочисленную стражу, и ночевал на Лопасне, среди высоких курганов, славных памятников незабвенной победы 1572 года: шел тот же неприятель; но Россия уже не имела Воротынского! 1 Июля, ввечеру, полки расположились на лугах Москвы-реки, против села Коломенского, а Воеводы спешили к Государю с донесением и для совета; возвратились в следующее утро и ввели полки в изготовленный для них стан, против монастыря Даниловского. В тот день сам Государь приехал к войску, осмотрел его, жаловал Воевод и всех людей ратных милостивыми словами, спрашивал их о здравии, не оказывая робости, изъявляя надежду на Бога и на своих добрых Россиян.
Июля 3 известили Феодора, что Хан перешел Оку под Тешловым, ночует на Лопасне, идет прямо к Москве; что передовой отряд неприятельский, встретив мужественного Воеводу, Князя Владимира Бахтеярова, высланного на Похру с двумястами пятьюдесятью детьми Боярскими, разбил его и гнал, жестоко уязвленного, до селения Биц. Тогда войско наше изготовилось к сражению; каждый полк занял свое место, не выходя из укреплений, и ввечеру пришла к ним вся дружина Царская, явился наконец и Борис Годунов, в полном доспехе, на ратном коне, под древним знаменем Великокняжеским: кто был душою Царства в Совете, тому надлежало одушевить и воинов в битве за Царство. Феодор отдал ему всех Дворян своих и телохранителей, дотоле неразлучных с особою Монарха; заключился в уединенной палате с супругою и с духовником для молитвы; не боялся опасности, ибо считал за грех бояться, и сделав все, что мог, для спасения отечества, с Ангельским спокойствием предавал себя и Державу в волю Всевышнего. За Правителем ехали и все Бояре, как бы за Государем; но, встреченный, приветствуемый Воеводами, он не взял главного начальства из рук знатнейшего или опытнейшего вождя, Князя Мстиславского; удовольствовался вторым местом в большом полку, составив для себя воинскую Думу из шести сановников, в числе коих находился и знаменитый изгнанник, Богдан Яковлевич Бельский, властию Годунова уже примиренный с двором и с народом, витязь, украшенный знаками отличия и славы.
Всю ночь стояла рать под знаменами; всю ночь бодрствовал Годунов: ходил по рядам, укреплял дух Воевод и воинов, советовал и принимал советы, требовал доверенности и находил ее, великим умом заменяя недостаток в опытности ратной. Знали о близости неприятеля; слышали вдали шум, топот коней и на рассвете увидели густые толпы Ханские. Казы-Гирей шел осторожно, стал против села Коломенского, и с Поклонной горы обозрев места, велел своим Царевичам ударить на войско Московское. Дотоле все было тихо; но как скоро многочисленная конница неприятельская спустилась с высоты на равнину; загремели все бойницы стана, монастырей, Кремлевские, и Сотни отборные из каждого полку с отборными Головами, дружины Литовские, Немецкие с их Капитанами выступили из укрепления, чтобы встретить Крымцев; а Воеводы с главным войском оставались в дощатом городке и ждали своего часа. Битва началась вдруг во многих местах: ибо неприятель, осыпанный пушечными ядрами, разделился, пуская стрелы и в схватке действуя саблями лучше наших; но мы имели выгоду, искусно стреляя из ручных пищалей, стоя и нападая дружнее. Песчаная равнина покрывалась более Мусульманскими, нежели Христианскими трупами, в виду у Хана и Москвитян, коими стены, башни, колокольни были унизаны, вооруженными и безоружными, исполненными любопытства и ужаса: ибо дело шло о Москве: ее губили или спасали победители! Народ то безмолвствовал, то вопил, следуя душою за всеми движениями кровопролитной сечи, зрелища нового для нашей древней столицы, которая видала приступы к стенам ее, но еще до сего времени не видала полевой битвы на своих равнинах. Не имели нужды в вестниках: глаз управлял чувством страха и надежды. Другие не хотели ничего видеть: смотрели только на святые иконы, орошая теплыми слезами помост храмов, где пение Иереев заглушалось звуком пальбы и курение фимиама мешалось с дымом пороха. Сказание едва вероятное: в сию торжественную, роковую годину, когда сильно трепетало сердце и в столетних старцах Московских, один человек наслаждался спокойствием души непоколебимой: тот, чье имя вместе с Божиим призывалось Россиянами в сече, за кого они умирали пред стенами столицы: сам Государь!.. Утомленный долгою молитвою, Феодор мирно отдыхал в час полуденный; встал и равнодушно смотрел из высокого своего терема на битву. За ним стоял добрый Боярин, Григорий Васильевич Годунов, и плакал: Феодор обратился к нему, увидел его слезы и сказал: «Будь спокоен! Завтра не будет Хана!» Сие слово, говорит Летописец, оказалось пророчеством.