После смерти Кира его сын и преемник Камбис предпринимает поход для покорения Египта (II, 1), что дает автору повод к подробному описанию этой страны: он сообщает сведения о природе, памятниках, нравах, обычаях и религии египтян. Это описание составляет вторую книгу.
В третьей книге Геродот продолжает рассказ о походе Камбиса против Египта, о покорении его, о смерти Камбиса (III, 1-66), о преемнике его Лже-Смердисе, о воцарении Дария. Разделение Дарием монархии на 20 сатрапий и исчисление наложенных на них податей дает автору повод описать огромные размеры и средства государства, находившегося в близком соседстве с европейской Элладой. Описанием завоевания персами острова Самоса и усмирения возмутившегося Вавилона оканчивается третья книга.
В четвертой книге Геродот рассказывает о походе Дария против скифов. Скифы когда-то вторглись в Азию, сокрушили могущество мидян и господствовали в Азии 28 лет. За это Дарий и решил наказать их (IV, 1). Но, прежде чем рассказывать об этом походе, Геродот подробно описывает страны, лежащие к северу от Понта (Черного моря), живущие там народы, особенно самый южный из этих народов — скифов, их происхождение, деление на племена, их жилища, нравы, обычаи (IV, 2-82). Описание Скифии особенно важно для нас, так как оно является древнейшей историей южной части нашей страны.
Затем следует описание похода Дария. Хотя Дарий и не достиг своей цели — завоевания Греции, — он все-таки показал персам путь в Европу и дал им возможность стать твердой ногой во Фракии (IV, 83-114). Так как одновременно с этим походом персы готовились к походу против народов, живших на севере Ливии (Африки), то по этому поводу автор рассказывает историю греческих колоний в Ливии, особенно историю Кирены, и кстати сообщает собранные сведения о ливийских народах (IV, 145-205). Этим кончается четвертая книга.
В начале пятой книги Геродот рассказывает о том, как персидский полководец Мегабаз, которого Дарий оставил с войском во Фракии, при его возвращении из похода на скифов, покорил приморскую часть Фракии; при этом описываются нравы фракийцев (V, 1-11). Большую часть книги занимает описание восстания малоазийских ионийцев, служащее как бы предисловием к описанию греко-персидских войн. Гистией, тиранн города Милета, оказавший важную услугу Дарию во время скифского похода, был заподозрен Дарием в измене и, хотя жил в почете, на самом деле держался как пленник при дворе персидского царя. Зять Гистиея и его преемник по управлению Милетом, Аристагор, по наущению Гистиея, сильно тяготившегося своим пребыванием в Сузах, побудил ионийские города к восстанию против персов (V, 26-38). Аристагор обратился за помощью к Спарте и Афинам. По этому поводу Геродот продолжает историю этих обоих государств с того времени, на котором рассказ его остановился в первой книге (V, 39-48 и 55-96). Спарта в помощи отказала, а Афины, только что освободившиеся от тираннии Писистратидов, и Эретрия (на острове Эвбее) послали небольшой флот и приняли участие в завоевании Сард. Однако война шла неудачно для эллинов: много малоазийских городов было взято персами. Ввиду этого Аристагор предложил своим единомышленникам выселиться из Милета; сам он так и поступил. Взяв с собой добровольцев, он отплыл во Фракию, где и поселился, но при осаде одного фракийского города погиб со всем своим отрядом. Этим оканчивается пятая книга.
В шестой книге продолжается описание борьбы малоазийских эллинов с персами. Борьба окончилась полной победой персов и разрушением Милета (VI, 1-20); вслед за этим персы овладели Карией (VI, 25). Гистией, бежавший из Персии, сделал попытку вести при помощи лесбосцев борьбу, но попал в плен и был распят на кресте (VI, 30). Последствием победы персов было их дальнейшее продвижение на запад. Персидский флот покорил некоторые острова, лежащие около материка Азии (VI, 31). После покорения Ионии Дарий предпринял, для отмщения эллинам, два похода. Первый поход, под предводительством Мардония, был направлен против Эретрии и Афин, но персидский флот потерпел крушение от бури около Афона, сухопутное войско тоже сильно пострадало в Македонии, и остатки войска и флота вернулись в Азию с позором (VI, 43-45). Мардоний был отрешен от должности главнокомандующего (VI, 94). Второй поход был совершен под предводительством Датиса и Артаферна: персы направились по морю к Эретрии. Овладев Эретрией, они высадились в Аттике. Здесь произошло знаменитое Марафонское сражение, в котором афиняне, под предводительством Мильтиада, победили персов (VI, 94-120).