Затем Геродот защищает Алкмеонидов от обвинения, будто они имели в виду подчинить афинян персам и Гиппию, и излагает историю их рода" кончая Клисфеном и Периклом (VI, 121-131) Рассказом о дальнейшей судьбе Мильтиада кончается шестая книга (VI, 132-140).
В последних трех книгах (VII, VIII, IX) подробно описывается поход Ксеркса на Элладу.
В начале седьмой книги Геродот рассказывает о смерти Дария и воцарении его сына Ксеркса. Затем он говорит о военном совете персов, об огромных приготовлениях к походу, о шествии бесчисленного персидского, войска по Азии и Европе, об участвовавших в походе народах, об их различных видах вооружения.
Эллины, под гегемонией Спарты, тщетно пытались заключить союз с греками Южной Италии и Сицилии. По этому поводу Геродот рассказывает о борьбе греков Южной Италии и Сицилии между собой и против Карфагена. Затем он продолжает рассказ о дальнейшем походе персов через Фракию, Македонию, Фессалию (VII, 179-201). Описанием битвы при Фермопилах кончается седьмая книга (VII, 202-239).
Восьмая книга начинается рассказом о морском сражении при Артемисии. После битвы при Фермопилах персы идут через Фокиду, Беотию и Аттику и занимают Афины. Между тем эллинский флот, собравшийся у Саламина, по предложению пелопоннесцев, готов был отплыть к Истму, но Фемистокл хитростью склонил персов дать сражение при Саламине, и они были разбиты эллинами. После этого Ксеркс возвратился в Азию, оставив в Фессалии Мардония с войском. Мардоний при посредстве Александра,, сына македонского царя, старался склонить афинян к союзу с персами. Спартанцы отговаривали афинян от этого союза, и афиняне отказались от него, а спартанцам заявили, что "нигде на земле нет столько золота и столь красивой и плодородной страны, чтобы они решились ради этого обратить Элладу в рабство" (VIII, 144). Таким ответом афинян оканчивается восьмая книга.
Девятая книга содержит рассказ об окончании войны с персами в Элладе. Большую часть книги занимает описание сражений при Платеях и при Микале, следствием которых было отпадение малоазийских эллинов от персов. Последнее событие, описанное Геродотом в "Истории", — это завоевание греками города Сеста в 478 г., — событие, которым и закончилась вторая война персов с эллинами. После этого следует рассказ о совете, который Кир дал персам, когда они выразили желание оставить свою страну, небольшую и суровую, и, воспользовавшись своей властью над многими народами, переселиться в другую, лучшую страну. Кир дал позволение персам поступить так, но при этом посоветовал "готовиться к тому, чтобы не властвовать, а находиться в подчинении, потому что в странах роскошных и люди бывают изнеженные; одной и той же земле не свойственно производить и достойные удивления плоды и храбрых воинов". Персы предпочли властвовать и жить в бедной стране, нежели обрабатывать землю ровную и быть в подчинении у других. Таким странным рассказом, не имеющим связи с только что описанной войной, оканчивается "История" Геродота.
Таково в общих чертах содержание "Истории" Геродота. Но главная нить повествования (о вражде и борьбе Востока с Западом) постоянно прерывается (особенно в первых пяти книгах) отступлениями, так называемыми эпизодами. Эпизоды бывают иногда значительного размера; рассказ о Египте, например, занимает всю вторую книгу. Эпизоды обыкновенно приводятся по какому-нибудь поводу: например, при упоминании о каком-либо лице, предмете, месте, действии попутно сообщаются сведения, имеющие к нему как более близкое, так и более далекое отношение. Так, рассказывал в первой книге о том, что Крез желал войти в дружбу с афинянами и спартанцами, Геродот излагает историю Афин и Спарты, хотя эта история не имеет прямого отношения к упоминаемому действию Креза. Перечисляя сатрапии, на которые Дарий разделил свое царство, и упомянув (III, 94) о том, что индийцы уплачивали Дарию подать золотым песком, автор делает длинное отступление, с описанием страны и образа жизни этого народа (111, 98-106). Равным образом, упомянув (III, 97) о том, что арабы добровольно дарили Дарию ладан, автор описывает Аравию (III, 107-113).