Как бы то ни было, Русской миссии не удалось ничего сделать для решения ее задач."Не позже как через год после своего прибытия наша миссия, без всякой поддержки со стороны своего правительства, без достаточных средств, оказалась не более как гостем Иерусалимского патриархата, да к тому же гостем, тяготящим своего хозяина, не упускающего ни одного случая заявить это своему гостю. Крымская война положила конец отношениям, становившимся невозможными."
С окончанием этой войны русское представительство во св. граде найдено было необходимым опять поручить Духовной миссии, обставив ее для поднятия нашего политического значения более торжественно, чем при архимандрите Порфирии. Во главе ее был поставлен Кирилл, епископ Мелитопольский. Новая миссия прибыла в Иерусалим в самом начале 1858 г. В любопытнейшей инструкции, которая была вручена миссии, между прочим излагались следующие требования:"1) Миссии поручается не смотреть более на Церковь в Сирии и Палестине сквозь греческую призму (sic!), подобно тому как мы поступали прежде, а заботиться прямо о настоящих интересах России. 2) Ей предоставляется действовать преимущественно на арабский элемент, притесняемый греками (sic!), дабы удержать арабов в Православии и не допускать их к переходу в латинскую веру. 3) Миссии поручается не ограничивать своей деятельности одним Иерусалимом, но распространить оную на всю Палестину, Сирию, Ливан, Синай и Египет."
Как видим, перед новой миссией в Иерусалиме были поставлены задачи более широкие, чем прежде. Не удивительно, если и результат получился неудовлетворительный. Денег в распоряжении миссии почти не было, а без денег ничего не сделаешь на чужбине. А главное — "недружелюбное отношение Иерусалимской патриархии к Русской миссии ни в чем не изменилось."Дело дошло до того, что сам патриарх Иерусалимский, по имени Кирилл, по уверению начальника Русской миссии преосв. Кирилла, епископа Мелитопольского,"употреблял деятельнейшие меры к тому, чтобы вооружить против присутствия Русской миссии на Востоке Антиохийского патриарха, как он вооружил перед тем Александрийского."К этому еще нужно прибавить, что и из Константинополя был выписан агент для соответствующей деятельности, ученый митрополит Типальдос, назначением которого сделалось"ослабить силу и влияние русского епископа."Поэтому уже в 1858 г. начальник Русской миссии писал Петербургскому митрополиту Григорию:"Вижу, что принято за правило — мешать мне во всем, что могло бы иметь тень покушения утвердиться в Иерусалиме, открыть способы к лучшему вспомоществованию здешним христианам."К чему же все это свелось?"К печальному концу."Преосв. Кирилл, ученый и энергичный, сердечно отдавшийся своему призванию, против собственной воли должен был бросить дело. Скорая смерть положила конец его бедствиям.
После этого Русская Духовная миссия в Иерусалиме не прекратила своей деятельности, но размеры этой деятельности были очень скромны, и сама миссия держала себя, что называется, тише воды. Но вот в 1882 г. открывает свою деятельность Императорское Православное Палестинское общество, богатое материальными средствами и сильное своим нравственным авторитетом. Дела, направленные к утверждению и развитию Православия на Востоке, приобретают более оживленное течение, хотя и это Общество достигает своих благотворительных целей не без борьбы и не без препон. Оно поставило себе целью (кроме устроения разного рода удобства для русских паломников) построение храмов в Палестине для местного арабского православного населения."Видя, что во многих местах храмы рушатся, Общество старалось исправить и устроить их, но делать это только там, где у местной высшей духовной власти и у населения не было средств построить или исправить храм Божий."По–видимому, дело столь похвальное, что ему следовало только сочувствовать. Но не то вышло в действительности. Общество, зная, что со стороны турецкого правительства не может быть препятствий к восстановлению полуразрушенных церквей, полагало, что высшее греческое духовенство с радостью встретит даровое воссоздание церквей в Палестине и окажет этому делу полное содействие. Но ожидания Общества не всегда сбывались. В отчете Общества за 1893 г. встречаем следующие строки:"Рамеская церковь (т. е. в селении Раме), которую, как известно, бывший патриарх Никодим запретил нам (т. е. Обществу) возобновлять, пришла в совершенное разрушение, и значительное православное селение более года пребывало даже без священника. Прежнее недоверие патриархии, думаем, не лично к нам (Обществу), а вообще ко всему русскому, остается в прежней силе, а пока оно будет существовать, мы в отношении удовлетворения этой духовной потребности (восстановления и построения храмов) местного населения бессильны."А в отчете Общества за 1898 г. говорится: в Палестине"мы стеснены по вопросу о сооружении церквей. Года проходят, нужны исключительные обстоятельства, чтобы Общество могло добиться разрешения на сооружение одной только церкви"(речь идет о разрешении со стороны патриархии). Сколько при таких условиях Общество успело возобновить или устроить храмов для местного православного населения, точно не знаем.